در سالهایی که رشد و نمو کودکان به علت نبود امکانات طبی مرهون دعا و نذر و نیاز بود، محمد که بعدها به ملاصدرا معروف شد، در 9 جمادی الاول سال 980 ه. ق در خانواده یی شیرازی که جزو طبقه ملاکین بودند، دیده به جهان گشود. علم پزشکی هنوز پیشرفت چندانی در دنیا نکرده بود و اطفال به بیماری های مختلف دچار می شدند و با تجربه تب و عوارض دیگر در برابر بیماری ها واکسینه می شدند. اما در این بین بیماری آبله، از همه بیماری ها رعب برانگیزتر بود چرا که با خود امکان مرگ و نابینایی در پی داشت. محمد کوچک در سنین کودکی همچون همه همسالان خود، این فراز و نشیب بیماری ها را طی کرد اما از ابتلا به آبله مصون ماند. شاید به این دلیل که در آن دوره، این بیماری درشهر زادگاه او، شیوع نداشت.