«می دانم که با 33 سال به جام جهانی بعدی نمی رسم برای همین با تشکر از مربیان تیم ملی از بازی های ملی خداحافظی می کنم تا جا برای جوان ترها باز شود.» این صحبت های کریم باقری نشان می دهد این بازیکن چقدر حرفه ای و منطقی فکر می کند و می داند بهتر است در این سن و سال قید تیم ملی را بزند. کریم پس از بازی ایران و ایرلند و صعود نکردن ایران به جام جهانی 2002 از تیم ملی خداحافظی کرد. اصرار برانکو و مسئولان فدراسیون در آن روزها نتوانست هافبک ارزشمند تیم ملی ایران را راضی کند تا اجرای این تصمیم مهمش را به تعویق بیندازد. سال های بعد شرایط برعکس شد. کریم در پرسپولیس ثابت کرد که همچنان یک مدافع قابل اتکا است. آن موقع همه از برانکو می خواستند که این بازیکن را به تیم ملی دعوت کند. از طرفی حضور در جام ملت ها و جام جهانی خود کریم را وسوسه کرد تا از تصمیمش مبنی بر بازنشستگی از بازی های ملی منصرف شود، اما این بار نوبت برانکو بود که باعث جدایی باقری و تیم ملی شود. به هر حال خیلی ها تصور می کردند پس از رفتن برانکو کریم به تیم ملی برمی گردد تا چهار سال گذشته را جبران کند اما کاپیتان پرسپولیس تصمیم درستی گرفت و در 33 سالگی برای بار دوم از تیم ملی خداحافظی کرد و همچنین به بقیه بازیکنان سن و سال دار یادآوری کرد که با خداحافظی به موقع شان از تیم ملی باید راه را برای جوان ترها باز کنند. باقری 33ساله در سال 1372 اولین بازی ملی اش را برای ایران انجام داد و در همان بازی اولین گل ملی اش را جشن گرفت. ایران در آن بازی پنج بر صفر پاکستان را شکست داد. او در 9سال حضورش در تیم ملی در 80 بازی به میدان رفت و با به ثمر رساندن 47 گل به گلزن ترین هافبک تاریخ تیم ملی ایران تبدیل شد. باقری پس از دایی در رده دوم گلزنان برتر تیم ملی ایران قرار دارد. آخرین بازی ملی کریم هم به همان پیروزی تلخ برابر ایرلند در سال 1380 برمی گردد. فراموش نکنیم اگر باقری از تیم ملی خداحافظی نمی کرد با کنار رفتن علی دایی او کاپیتان جدید ایران بود و همین مسئله بیشتر ارزش کارش را نشان می دهد. تیم ملی ایران هرگز او را فراموش نمی کند.