جامعه مدرسین حوزه علمیه قم اظهارات اخیر پاپ را محکوم کرد. جامعه مدرسین حوزه علمیه قم با صدور اطلاعیه ای، اظهارات غیرمسئولانه پاپ درباره اسلام و پیامبر (ص) را محکوم کرد. در این اطلاعیه آمده است: سخنان غیرمسئولانه پاپ در مورد اسلام و مسلمانان، موجب نگرانی، تاسف و تاثر عمیق گردیده است. چگونه است در سخنان ایشان اسلام عزیز، دینی که منادی رحمت و صلح در سراسر جهان بوده و پیام اصلی و مطابق با فطرت و عقلانیت آن انتشار مکارم اخلاقی می باشد، یک دین غیراخلاقی معرفی می شود و در عین حال به انحطاط اخلاقی که نظام سلطه و استکبار جهانی برملت های مظلوم مسیحی در جوامع غربی تحمیل نموده است، اشاره ای نمی گردد. این اطلاعیه افزوده است: سکوت معنی دار وتاییدکننده ایشان در برابر جنایات آمریکا، انگلیس واسرائیل در عراق، افغانستان، لبنان، فلسطین و گوانتاناموا و... چه توجیهی در میان مسیحیان معتقد دارد؟ جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، سخنان پاپ راشدیدا محکوم نموده و آن را غیرموجه و تهدیدکننده صلح جهانی و زمینه ساز تفرقه دینی مسیحیان و مسلمانان وسایر فرق دیگر و مخالف صریح تعالیم مسیحیت تحریف نشده، می داند. این جامعه در اطلاعیه خود از همه آزاداندیشان معتقدبه مسیحیت و فرهیختگان مسلمان درخواست کرد، بامحکوم کردن این سخنان مغرضانه، به وظیفه خود عمل کنند. جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در پایان اطلاعیه خوداضافه کرده است: جناب پاپ با اعتراف به تقصیر بزرگ خود و عذرخواهی رسمی، گوشه ای از این گناه نابخشودنی یعنی اهانت به اسلام و مسلمانان را جبران کند. پاپ بندیکت شانزدهم روز سه شنبه گذشته درسخنانی با عنوان ایمان، خرد و دانشگاه - خاطرات وواکنش ها در دانشگاه رگنسبورگ آلمان، مدعی شده است که اسلام برخلاف مسیحیت، کمتر از منطق پیروی می کند. پاپ با اشاره به محتوای کتاب امپراطوری بیزانس، به پیامبر اسلام اهانت کرده و درباره جهاد در اندیشه اسلامی گفته است: فکر جهاد در اسلام، ناشی از خشونت است ومغایر با روش الهی و دور از منطق است.