وقتی علی نقی عالیخانی به ریاست دانشگاه تهران منصوب شد، در همه جا شایع بود که او به سبب فساد مالی از کار برکنار شده، اما نکته تعجب برانگیز این بود که چرا چنین آدم ناصالحی را به ریاست دانشگاه تهران گماشته اند. در مردادماه 1348 حدود یک ماه پس از انتصاب عالیخانی به ریاست دانشگاه طی گزارشی به وضع نابسامان اقتصادی دولت در ایام وزارت اقتصاد او اشاره شده است:

«راجع به سوءاستفاده های دکتر عالیخانی و نحوه خیانت هایی که به خاطر تامین منافع شرکت های بزرگ مورد نظر، به اقتصاد مملکت و تجار درجه دوم و سوم نموده و از طرف اشخاص غیرمغرض و وارد به امور اقتصاد مطالبی گفته می شود که هر فرد با شرف و وجدانی را