بودجه سال 88 بخش آموزش عالی در مرکز پژوهش های مجلس بررسی شد. به گزارش ایسنا، دفتر مطالعات اجتماعی مرکز پژوهش ها در پاسخ به درخواست کمیسیون برنامه و بودجه و محاسبات مجلس اعلام کرد: در لایحه بودجه سال 88، بودجه بخش آموزش عالی، تحقیقات و فناوری در قالب سه زیربخش؛ وزارت علوم، وزارت بهداشت و معاونت علمی و فناوری رئیس جمهور توزیع شده و به رغم اینکه تغییر در ساختار بودجه با هدف شفاف سازی و پرهیز از پیچیدگی صورت گرفته است، با این وصف بودجه بخش آموزش عالی در سال 88، از مبانی قانونی لازم برخوردار نیست. همچنین میزان اعتبارات هزینه ای دستگاه ها و افزایش یا کاهش آنها، به دلیل روشن نبودن وضعیت قیمت حامل های انرژی و میزان اعتبارات طرح های تملک دارایی های سرمایه ای آنها به دلیل لحاظ کردن کل اعتبارات طرح به جای اعتبارات پیش بینی شده برای سال 88 با ابهام و عدم شفافیت روبه رو است، اما در مورد اعتبارات هزینه ای دانشگاه ها و موسسه های آموزش عالی تابعه وزارتخانه های علوم و بهداشت می توان گفت که اعتبارات هزینه ای با اعتباری معادل 796/21 میلیارد ریال از رشد 18 درصدی و درآمدهای اختصاصی با اعتباری معادل 884/9 میلیارد ریال از رشد 23 درصدی برخوردار شده است. همچنین مرکز پژوهش های مجلس پیشنهاد کرد که اعتبارات دانشگاه ها و موسسات آموزش عالی، پژوهشی و فناوری به تفکیک در لایحه بودجه منظور و اعتبار مربوط طی ردیف های مستقلی به طور مستقیم به آنها اختصاص یابد.