برخی از زائران ایرانی که به صورت انفرادی و جدا از کاروان های مجاز سازمان حج و زیارت به عراق می روند به دلیل داشتن ویزای جعلی یا رفتن به مناطق ناامن دستگیر و زندانی شده و حتی برخی از آنها به زندان های بلند مدت محکوم شده اند. به گزارش برنا،همچنین پیگیری های دیپلماتیک مقامات رسمی برای آزاد شدن این افراد بی تاثیر بوده است. براساس گزارش های رسیده همچنان ورود کاروان های غیرمجاز و زائران انفرادی مشکلات متعددی را در پایانه های مرزی (مهران و شلمچه) حتی برای تردد کاروان های مجاز تحت پوشش سازمان حج و زیارت ایجاد کرده و موجب می شود تا زائران با تاخیر زیادی وارد خاک عراق شوند. همچنین در فرودگاه نجف اشرف با وجود متوقف شدن انگشت نگاری از زائران کشورمان اخیرا ماموران مستقر در این فرودگاه هنگام ورود و خروج زائران از فرودگاه از آنها چهره نگاری می کنند. ماموران فرودگاه حتی از زائرانی که عینک طبی بر چشم دارند، می خواهند عینک خود را برداشته تا بدون عینک از آنها چهره نگاری کنند. کنترل های پی درپی در فرودگاه توسط ماموران عراقی نیز باعث اذیت و آزار زائران کشورمان شده و نارضایتی شدیدی میان آنها ایجاد کرده است.