در 19 ذی حجه 1258 ه.ق در کربلازاده شد. یک ساله بود که به همدان انتقال یافت و شش سال را نزد جدش آقا سید مهدی گذراند- در هشت سالگی به تهران آمد و مستقیما تحت سرپرستی پدرش سید صادق قرار گرفت که بیش از 60 سال در تهران از مجتهدان بزرگ و صاحب مرتبه به شمار می آمد و در عهد ناصرالدین شاه از جایگاهی ممتاز بهره مند بود. سید محمد علوم عربی و ادبی و فقه و اصول را نزد پدر و حکمت را در خدمت میرزاابوالحسن جلوه فیلسوف بزرگ عصر ناصری آموخت و به توصیه پدر چندی هم در محضر شیخ هادی نجم آبادی از منش آزادگی و تعلیمات اخلاقی شیخ بهره مند شد- آشنایی و تحصیل نزد چنین روشن اندیشانی، از جوانی مراتب آگاهی و آزادیخواهی