کشمکش های سیاسی حول محور دانشگاه آزاد اسلامی تمامی ندارد. ترکش های ریاست برادران دانشجو بر دانشگاه آزاد اسلامی با هموار شدن راه ریاست آنها از سوی احمدی نژاد با تفویض حکم به وزیر علوم حالادامن آنها و محمود احمدی نژاد را هم گرفته است. دلایل عقب نشینی احمدی نژاد از امضای حکم دانشجو و دستور او برای عضویت عبدالله جاسبی در شورای عالی انقلاب فرهنگی به شدت مورد انتقاد گروهی از اصولگرایان قرار گرفته است که تا پیش از این خود را در اردوگاه سیاسی او می دیدند. کسانی که مدافع تداوم سیاست های خاصی در دانشگاه آزاد در شورای عالی انقلاب فرهنگی بودند بعد ها به دلیل ایجاد سدی همچون امتناع احمدی نژاد و آیت الله