منتقدان، اخوان المسلمین مصر را متهم می کنند که تلاش می کند با ایجاد پلیس مخفی موازی و گروه های شبه نظامی مخالفان و منتقدان را از گود خارج کند. معترضان مصری که از قبل نیز به اخوان المسلمین به عنوان «دولت در سایه» بدبین بودند حالااین اتهام را به اخوان ها نسبت می دهند. به گزارش آسوشیتدپرس، منابعی در وزارت خارجه مصر محمد مرسی را متهم می کنند که در زمینه روابط خارجی به جای آنکه از کارشناسان این وزارتخانه استفاده کند از مشاوران اخوان المسلمین بهره می برد. آنها می گویند اخوان المسلمین نوعی پلیس مخفی را اداره می کند که می تواند مکالمات تلفنی را شنود کند و به پست های الکترونیکی دستیابی داشته باشد. به باور منتقدان دلیل تلاش اخوان المسلمین برای ایجاد ساختارهای امنیتی و شبه نظامی موازی می تواند این باشد که هنوز بسیاری از پست های دولتی را، از جمله در میان سازمان های امنیتی و قضایی، افراد وابسته به حزب حاکم مصر در دوران حسنی مبارک اشغال کرده اند. اما اخوان المسلمین اتهام تلاش برای ایجاد ارگان های امنیتی و پلیسی موازی با دولت را رد می کند. احمد عارف سخنگوی این تشکیلات این اتهامات را «افترا» خوانده و مخالفان را متهم کرده که می کوشند اعضای رژیم پیشین را به سرنگون کردن دولتی که به صورت دموکراتیک برگزیده شده، ترغیب کنند.