علی مطهری با تاکید بر اینکه معتقد به تز شهید مطهری هستم که ایشان معتقد بودند استقلال روحانیون با پست های اجرایی دولتی خدشه دار می شود،گفت: «ولی شهید مطهری در عین حال بر این باور بودند که اشکالی ندارد روحانیون در شرایط اضطرار در این پست قرار بگیرند. اکنون نیز کشور، در شرایطی است: بنابراین معتقدم در چنین شرایطی تنها کسی که می تواند به وضع موجود سر و سامان دهد آقای هاشمی است. وی افزود: البته ایشان خوب است که بیایند و چهار سالی به اوضاع کشور سر و سامان دهند و وقتی شرایط عادی شد، بروند.» نماینده مردم تهران بر دخالت نکردن نهادهای حکومتی در انتخابات هم تاکید کرد و در بخش دیگری از سخنانش با اشاره به بررسی صلاحیت کاندیداها افزود: باید در بررسی صلاحیت ها هم سهل گیری و هم سختگیری شود و نسبت به منتقدان نظام سهل گیری شود. اشکالی ندارد که منتقدان نظراتی غیر از نظرات ولایت فقیه داشته باشند. ایشان فرمودند (رهبری) مرز التزام به ولایت فقیه، احکام حکومتی است. وی تاکید کرد: منتقدان نظام نباید رد صلاحیت شوند.