بورسیه داخل و خارج و نحوه گزینش دانشجویان دکترا یکی از موضوعاتی بود که در سالهای گذشته به دلیل وجود ایراداتی در دستورالعمل اعطای بورس مورد سوء استفاده و رانت بعضی افراد خاص قرار گرفت و اعتراضات بسیاری را نیز به همراه داشت. آغاز بحث «عدالت آموزشی و فرصت برابر» فرصتی شد برای مسئولان وقت وزارت علوم تا آزمون سراسری را برای ورود به مقطع دکترای تخصصی اعمال کنند. پس از دایر شدن آزمون سراسری ورود به دوره دکترا، برخی متقاضیان بخصوص افراد خاص با استفاده از نفوذ خود سهمیه بورسیه خارج از کشور را دریافت می کردند و به بهانه هایی مثل کمبود ارز، بورس خود را تبدیل به داخل کرده و دانشجوی بهترین دانشگاه های کشور می شدند.