سازمان های مردم نهاد،سازمان هایی برآمده از اراده مردمی هستند که دغدغه ای اجتماعی و فرهنگی دارند. این سازمان ها با فعالیت خود می توانند مسیر طولانی پیش روی دولت ها را به واسطه رودررویی با مشکلات مردم و اقشار مختلف کوتاه تر کرده و در رسیدن به جامعه مطلوب همکاری کنند. با این حال فرایند تشکیل و تداوم فعالیت های این سازمان ها با مشکلاتی روبه رو است. یکی از این مشکلات وجود بوروکراسی سخت و طولانی برای ثبت این گونه از سازمان ها است. این مساله شامل قوانین دست و پاگیر پس از ثبت موسسه نیز می شود.

همچنین عدم اطلاع مراجع قانونی از قوانین موجود و عدم وجود مدارک، سایت و یا مراجع آگاه که موسسات خیریه به آن مراجعه نمایند هم از این دست مشکلات است.

این عدم آگاهی از مسائل حوزه NGOها به موارد مالیاتی نیز تسری پیدا می کند. مشکلات موجود بر سر راه تقاضای ناظر مالیاتی، عدم آگاهی و آشنایی کارکنان شاغل در حوزه های مالیاتی با امور موسسات خیریه که منجر به سرگردانی موسسات و کندی انجام امور مربوطه گردیده؛ یکی از این موارد است. در کل به نظر می رسد تنها با سعی و خطا می توان به نتیجه رسید و گاهی نیز در این بین ضررهای جبران ناپذیری به پیکره جوان موسسه تحمیل می گردد.

در پروسه طولانی استعلامات گاهی فرصت هایی از بین می رود. اصرار جدی مرجع صادر کننده مجوز فعالیت به کتبی بودن استعلامات و عدم پاسخگویی سریع آنها گاهی «خیر» را از ساخت مدرسه منصرف می کند! عدم پاسخگویی به موقع اداره ثبت شرکت ها به نامه ها و درخواست های موسسات نیز از مشکلات ماست که شوربختانه کوچکترین تغییرات نیز پیش از اجرایی شدن، باید از کانال این اداره انجام شود. از سوی دیگر تعلل و دیرکرد ایشان، خسارات بزرگی را نیز به روند انجام امور وارد می نماید. موارد فوق تنها گوشه ای از مشکلات موجود بر سر راه موسسه های خیریه در چند سال اخیر بوده که بیشتر آن ها به دلیل قوانین دست و پاگیری که غیر منطقی وضع شده اند و عدم تطابق آن ها با امور موسسات خیریه است. انتظار می رود پس از بررسی مشکلات، مرجع صدور مجوز با بررسی امور انجام گرفته در موسسه نسبت به هموار ساختن این مشکلات تمهیداتی اتخاذ نماید.