ارتباط ایران و سازمان انرژی اتمی به عنوان نهاد مرتبط با آژانس بین المللی انرژی اتمی در دوران اصلاحات، جلوگیری از خروج پرونده ایران از چارچوب شورای حکام آژانس اتمی بود. تجربه نشان داده است که اگرچه رفتن پرونده کشورها به شورای امنیت، اتفاقی ساده است اما خارج شدن از شورایی که در آن، قدرت ها به شکل مستقیم تصمیم گیر هستند، موضوعی بس دشوار است. در آن مقطع به دلیل آگاهی نسبت به هزینه های فراوان طرح پرونده هسته ای ایران در شورای امنیت، تمایل داشتیم مسایل میان ما و آژانس در چارچوب این نهاد بین المللی حل وفصل شود و رییس جمهور دوران اصلاحات، روزهای پس از آن را می دید که می گفت، خط قرمز من و دولتم، نرفتن