مدارس شبانه روزی کشور که به منظور تحت پوشش قراردادن دانش آموزان مناطق روستایی و عشایری کشور راه اندازی شده، با مشکلات و کمبودهای متعددی مواجه است از این رو وزیر آموزش و پرورش اخیرا در تازه ترین اظهار نظر خود از اختصاص دو درصد از بودجه امسال آموزش و پرورش به این مدارس برای بهبود شرایط آنها خبر داده است، هرچند که خود معتقد است که این مبلغ با توجه به حجم مشکلات این مدارس چندان جوابگوی مشکلات نخواهد بود.

کمبود بودجه سرانه، پرداخت دیرهنگام همین بودجه اندک، پراکندگی نامناسب، کمبود امکانات زیرساختی و وضع نامناسب تغذیه ای از جمله مشکلات مدارس شبانه روزی است که تاثیر نامطلوبی بر وضع تحصیلی و روحی و روانی دانش آموزان این مدارس که عموما از مناطق محروم روستایی و عشایر هستند، داشته است.