مرحوم علامه طباطبایی می فرمود: اهتمام ما باید این باشد که قرآن را با روشی متقن مورد استفاده قرار دهیم تا ازلغزش ها برکنار بمانیم؛ و همان گونه که در مقدمه تفسیر المیزان و جای جای این تفسیر شریف می فرمایند، ایشان این حقیقت را از روش اهل بیت علیهم السلام الهام گرفته اند. روشی که اهل بیت علیهم السلام به دوستان خود آموختند و همچنین در برابر کسانی که در مقام مناظره با اهل بیت برمی آمدند سعی می کردند از این روش استفاده کنند، این بود که شبهات مطرح شده درباره بعضی آیات را با آیات دیگری پاسخ می دادند که معنای روشن تری دارند و به تعبیر معروف، قرآن را با قرآن تفسیر می کردند.