حضور فعالان فتنه 88 در بخش های مهم وزارت علوم از زمان حضور رضا فرجی دانا در این وزارتخانه باعث حاشیه ساز شدن این وزارتخانه طی دو سال اخیر شد، به طوری که اقدامات وزیر و سرپرستان اسبق در بکارگیری محکومان و چهره های شاخص در اغتشاشات انتخابات سال 88 این وزارتخانه را به یکی از سیاسی ترین وزارتخانه های دولت یازدهم تبدیل کرد.

حضور و سپردن مسئولیت به افراد سابقه دار در قسمت های مهم وزارت علوم طی چند سال اخیر باعث شد که رهبر انقلاب حتی در دیدار امسال دانشجویان با هشدار به دو وزیر علوم و بهداشت، هشدار دهند که از بکارگیری آنها پرهیز شود: «هر دو وزیر محترم مورد اعتماد من هستند منتهی مراقب زیردستانشان باشند؛ کاملا مراقب کسانی که کلید کارها دست آنها است، باشند؛ بدانند چه کار دارد انجام می گیرد.»