حسن خمینی در اوایل دهه 80 هم در برخی از سخنرانی ها و گفت وگوها به برخی اتهامات درباره نقش پدر مرحوم خود در تصمیماتی که برای انقلاب گرفته شده، پاسخ می دهد. روزنامه رسالت به تاریخ 23 اسفند سال 80 از زبان سیدحسن خمینی، می نویسد: «شاید به ذهن گروهی برسد که ما بیاییم و بگوییم امام سال 65 فوت کرده و این سه سال آخر عمر بر سر کار نبوده و شخص دیگری آن را اداره می کرد و کسی را که کاندیدا کردند مرحوم یادگار امام بود». او سپس با اشاره به نامه امام خمینی به مرحوم احمد آقا می گوید: «پسرم آماده باش که بعد از من بر تو جفاها شود. برداشت اصلی این است که کسانی نمی توانند مرا اذیت کنند، همه چیز را بر گردن تو می