کلیات لایحه برنامه ششم حاوی نکات مثبت و منفی زیادی است. ازجمله نکات مثبت تجمیع مالیات ها و حذف بخشی از معافیت های مالیاتی است که البته ناقص است؛ زیرا مشخص نیست چرا تنها 50 درصد معافیت های مالیاتی صورت می گیرد و چرا تا پایان برنامه و نه در آغاز آن چنین می شود. در این لایحه به ادغام برخی دستگاه ها و بخش هایی از وزارتخانه ها اشاره شده که یکی از اقدامات پرمناقشه و سوال برانگیز است. تشکیل وزارت انرژی و ادغام چند وزارتخانه در وزارت نفت که اکنون مطرح شده، درحالی است که وزارت نفت کنونی به دلیل گستردگی هنوز با مشکلات بسیاری روبه روست. مشخص نیست وزارتخانه غول آسایی که قرار است ایجاد شود، چگونه قرار است