تا به حال علت مشخصی برای آفت دهانی مشخص نشده است.

در مجموع می توان گفت در افراد مختلف علت های متفاوتی می تواند زخم هایی از نوع آفت ایجاد کند. در واقع، ژنتیک، تغذیه و واکنش های غیرطبیعی دستگاه ایمنی به طور کلی زمینه های بروز آفت را فراهم می کند. آلرژی به مواد غذایی و برخی داروها می تواند علت برخی آفت های دهانی باشد. در بیمارانی که شیمی درمانی می شوند هم بعد از دوره های درمان و افراد سیگاری بعد از ترک سیگار، گاهی آفت های دهانی مشاهده می شود.

برخی پزشکان بر این باورند که آفت به دلیل ضعف سیستم ایمنی، استرس ها، تغییرات هورمونی (مانند دوران بارداری یا دوره های ماهانه، کمبود برخی انواع املاح و مواد مغذی همچون آهن و ویتامینB) ظاهر می شود. با این حال هنوز هیچ نظر قطعی در این باره وجود ندارد.

همچنین برخی انواع مواد غذایی عامل ایجادکننده آفت ها هستند که از آن جمله می توان به شکلات، غذاهای تند، شور و اسیدی، بادمجان، موز، کیوی، گردو، توت فرنگی و ادویه اشاره کرد. این غذاها باعث می شود آفت ها تشدید شود. در بیشتر موارد آفت ها برای مدت یک تا دو هفته در فضای دهان باقی می ماند، اما در صورتی که مدت زمان آن طولانی تر شود می توان از پزشک کمک گرفت.