مطهری، شک اولیه را معبر ورود به یقین و تعمیق اعتقادات می دانست. به همین دلیل آن را «شک مقدس» می نامید. با این حال نمی گذاشت شک عبوری و آگاهی بخش و هشداردهنده در میان افکار جوانان جا خوش کرده! و موقعیت خود را تثبیت کند.

او معتقد بود، جوانی یعنی پرسشگری! یعنی میل به تغییر! یعنی شک کردن در هر چیزی که در دوره کودکی بر او گذشته است. زیرا جوان می خواهد طور دیگری ببیند. نمی خواهد کورکورانه راه پدران را برود و این همان حقیقتی است که قرآن بر آن تاکید دارد و با همین نگرش هم انقلاب اسلامی پدید آمد. او معتقد بود برای هر سوالی پاسخ درخور در اسلام وجود دارد و اسلام برای هر تحول و نظریه جدید، ظرفیت پاسخگویی دارد، که باید به درستی کشف و در اختیار قرار گیرد. او با طرح و نقد برخی شکیات مانند تشکیکات امام فخر رازی می گوید که او برای هر موضوعی، آن قدر حالات تکثر و مختلف تصور می کند که به عقل جن! هم نمی رسد. اما وقتی می خواهد یکی را انتخاب کند، مثل این است که جن او را می زند!