با وجود روابط نسبتا مناسب و پیشگامی ایران در کمک به بازسازی افغانستان و حمایت های تاریخی نظیر پناه دادن به مهاجران افغان در کشور، برخی موارد اختلافی تعمیق همکاری ها میان دو کشور را تحت تاثیر قرار داده و مانع از برقراری روابط کاملا حسنه میان دو کشور می شود. یکی از موارد اختلافی حساس میان دو کشور از گذشته تا به امروز موضوع آب بوده است. به گزارش ایسنا، به علت پیوندهای عمیق فرهنگی، زبانی و دینی میان ایران و افغانستان نیز، ملت های دو کشور بیشتر تمایل به همکاری و صلح داشته اند. چنانچه وقتی مشکلات حادی برای همسایه ما در موضوع امنیت به وجود آمد، مردمان بسیاری از آن سوی مرزها به ایران پناه آورده و امنیت