می گویند زمانی که پیکر مطهر امام جعفر صادق (ع) در تابوت نهاده شد و به سوی بقیع برای خاکسپاری می رفت، ابوهریره عجلی از شاعران خاندان رسالت، متضرعانه این شعر را می خواند که آیا می دانید چه شخصیتی را به سوی خاک قبر، حمل می کنید؟ کوه سر برافراشته ای بر فراز بلند و بسیار مرتفع را می نگرم و خاک قبر را بر روی جنازه او می ریزند، بهتر این است که آن خاک را بر سرهای خود بریزند.

آن شب عالمیان در فراق رئیس مذهب شیعه خمیده کمر شدند. پیشوای دین و امام ششمین در روزگاری که فضای جهان اسلام به واسطه دعوای قومی و قبیلگی بنی امیه و بنی عباس تیره و تار بود و از هر سو دوستداران اهل بیت در تنگناهای بسیاری بودند، در مدینه کرسی درس به راه انداخت و معارف اهل بیت را با همه رموز آن بیان می کرد و از بوستان معرفت گنجینه اسرار الهی، گل های تازه را می چید و به تشنگان آگاهی هدیه می کرد.

مساعی علمی آن امام همام و تلاش و کوشش ایشان برای بسط حوزه فکری معارف اهل بیت به تربیت شاگردانی دانشمند انجامید که هر کدام ذخیره علمی معتبری برای جهان اسلام و امت شیعی بودند.

فعالیت های علمی و فرهنگی اهل بیت که در زمان امام باقر(ع) پایه گذاری شد و در دوره امام ناطق جعفربن محمدالصادق(ع) به ثمر نشست، باعث سازماندهی فکری مکتب شیعی شد و از این رو نام ایشان بر قله رفیع ریاست مذهب شیعه قرار گفت. تحرک علمی ایشان زمینه ای فراهم کرد تا با ایجاد کرسی های آزاد اندیشی و تعامل با جریان های مختلف دینی و مذهبی و حتی دگراندیشی باب مناظره های متعدد باز شود و از این مسیر حقانیت مذهب اهل بیت عصمت و طهارت بیش از گذشته معلوم شود. چنین کار سترگی در زمانه ای اتفاق افتاد که به واسطه عملکرد تبلیغاتی بنی امیه بسیاری از جوامع اسلامی در آستانه فراموشی اهل بیت بودند، اما با مجاهدت های علمی امام صادق(ع) مکتب شیعی دوباره احیا شد و عامه مردم به فهم و درک جدیدی از اسلام شیعی رسیدند.

شهادت آن حضرت در 25 شوال 148 هجری قمری، در 65 سالگی به دستور منصور دوانیقی، خلیفه عباسی با سمی که به آن بزرگوار خوراندند در شهر مدینه اتفاق افتاد و محل دفن پیکر ایشان در قبرستان بقیع است.