هر ضایعه ای در ناحیه دستگاه تناسلی، زگیل تناسلی نیست؛ بنابراین باید با روش های خاصی وجود زگیل تناسلی را ثابت کرد. گرفتن شرح حال از بیمار و سابقه فعالیت جنسی وی، ما را تا حدودی به طرف تشخیص این بیماری هدایت می کند ولی قطعی نیست؛ بنابراین باید از روش های دقیق آزمایشگاهی استفاده کرد.

عامل ایجاد زگیل تناسلی ویروسی از خانواده (HPV) است که بیش از 40 نوع دارد و به دو دسته پرخطر و کم خطر تقسیم می شود. انواع خاصی از این ویروس، عامل ایجاد سرطان دهانه رحم در خانم ها و سرطان مقعد، دستگاه تناسلی و حفره دهان در خانم ها و آقایان است. بنابراین صرف این که آزمایش یک فرد برای زگیل تناسلی مثبت است، کفایت نمی کند، بلکه باید نوع ویروس نیز مشخص شود. حتی همه آزمایشات نوع ویروس را مشخص نمی کنند. برای تشخیص نوع ویروس آزمایش خاصی لازم است.