انشعاب مجمع روحانیون از جامعه روحانیت مبارز زاییده اختلافاتی بود که اگرچه در سال های ابتدایی انقلاب فرصت و مجال بروز و ظهور نیافته بود اما نهایتا به عنوان امری ناگزیر در سال 66 اتفاق افتاد. فعالیت این تشکل در فروردین ماه سال 67 رسمیت پیدا کرد و مهدی کروبی، شخصیتی که در این انشعاب نقش مهمی را ایفا کرده بود، دبیرکلی آن را به عهده گرفت. انتخابات مجلس سوم نهایتا زمینه جدایی دو طیف آشتی ناپذیر جامعه روحانیت مبارز را فراهم کرد. انشعابی که برای مجمع روحانیون مبارز مبارک بود و پیروزی این جریان را در انتخابات موجب شد. اختلاف بر سر حضور فخرالدین حجازی و محمود دعایی در لیست جامعه روحانیت مبارز برای انتخابات مجلس سوم بود و اکثریت جامعه روحانیت موافق آن نبود.