روابط ایران و جمهوری آذربایجان روزهای خوبی را می گذراند؛ اگرچه روابط دو کشور فراز و فرودهای زیادی را به خود دیده است. از زمان استقلال جمهوری آذربایجان، رابطه تهران با باکو وارد دوره نوین روابط شده است؛ این دو کشور موضوعات مشترک زیادی را برای گفت وگو و تعامل با یکدیگر دارند، البته اختلاف های زیادی را هم پشت سر گذاشته اند. دین مشترک، فرهنگ مشترک، علایق تمدنی مشترک و سایر مولفه های متعدد، در این روابط تاثیرگذار است و می تواند مسیر تعامل و همکاری را هموار کند. عوامل مختلفی ازجمله اختلاف بر سر تعیین رژیم حقوقی دریای خزر، ترس باکو از اسلام شیعی و نفوذ اندیشه های انقلابی در کشور خود، تبلیغات منفی رسانه ها علیه ایران، همکاری های جمهوری آذربایجان با ناتو و...، باعث می شود گهگاه روابط دو کشور به سردی و تیرگی گراید؛ اما این روزها خیلی از این مشکلات برطرف شده است. درحال حاضر، حجم روابط دو کشور در مسیر مناسبی قرار دارد؛ در بیش از دو و نیم دهه گذشته، نوع نگاه رهبران جمهوری آذربایجان به مسئله اسلام گرایی و نگاه آنها به مولفه دین، از مولفه هایی بوده که بر جامعه تاثیر گذاشته است؛ آنها دین را به عنوان یکی از چالش های سطح روابط سیاسی عنوان کرده اند در حالی که دین در ایران نوعی فرصت در روابط به حساب می آید. یکی از چالش های میان روابط دو کشور، نوع نگاه متفاوت دو کشور به مسئله قره باغ است؛ ایران تلاش کرده در این مدت درباره مسئله قره باغ بین ارمنستان و جمهوری آذربایجان نقش میانجیگری را ایفا کند؛ اما برخی از مقامات در جمهوری آذربایجان خواهان این بودند که ایران با ارمنستان قطع رابطه کند. در حالی که ایران تلاش کرده با میانجیگری در کاهش سطح تنش در روابط دو کشور عمل کند. نوعی اعمال سیاسی قدرت های بزرگی مثل آمریکا و برخی از کشورهای اروپایی نیز این تنش ها را بین جمهوری آذربایجان و ارمنستان بیشتر کرده است. با وجود ویژگی های هم گرایی بسیاری که در روابط دو کشور وجود دارد و تلاش برای بسط روابط سیاسی، اقتصادی و امنیتی با این کشور، علل مختلف گفته شده باعث شده است تا دو کشور نتوانند آن طور که باید، از ظرفیت های موجود برای همکاری استفاده کنند.