سالی نبود که بیماری های همه گیر و کشنده مانند آبله، وبا، طاعون، سل، مالاریا، حصبه و دیگر بیماری های مهلک بسیاری را به دست مرگ و نابودی نسپارد و اگر این بیماری ها موجب کمبود جمعیت نمی شد قحطی و فقر و بیچارگی به جان مردم می افتاد.

در 1336ه، قحطی در کاشان چنان بیداد کرد که مردم از دفن فقرا امتناع می کردند. قحطی به مردم فشار آورده بود و بالغ بر ششصد نفر تلف شدند. علما جدا از دولت تقاضا داشتند اقلا اموات را دفن کند چراکه جنازه ها در کوچه و خیابان افتاده و مردم توان دفن آنها را نداشتند. بیماری های یاد شده همیشه همراه مردم بودند. میزان شیوع بیماری ها و کشتار آنها آن چنان زیاد بود که گاه یک سوم جمعیت را تلف می کرد.