علاوه بر اینکه دولت و نمایندگان مجلس به اسناد بالادستی صندوق چندان توجه نمی کنند، خود هیئت امنای صندوق هم در اجرای قانون اصراری ندارد. به عنوان مثال در اساسنامه صندوق ذکر شده که پرداخت تسهیلات به بخش عمومی غیردولتی نباید بیش از 20 درصد منابع صندوق باشد. این تاکید در بند 4 تبصره 3 ماده 84 برنامه پنجم توسعه و همچنین در بند 4 تبصره 3 ماده 16 قانون برنامه ششم توسعه مورد تاکید قرار گرفته است؛ اما بر اساس گزارش مرکز پژوهش های مجلس عملکرد صندوق توسعه ملی تا پایان 1395 خلاف این موضوع را نشان می دهد و 39 درصد از منابع صندوق تا پایان شش ماهه سال 1396 به بخش عمومی غیردولتی اعطا شده است.