آلودگی های نفتی، پسماندهای صنعتی، شیمیایی و خانگی، جنگ هایی که در طول سال ها درخلیج فارس رخ داده و حتی افزایش ساحل و خشک کردن دریا همگی از عوامل آلوده کننده خلیج فارس به شمار می روند.

همین طور از جایی که خلیج فارس، بیشترین دکل ها و سکوهای نفتی را در خود جای داده، بنابراین بیشترین آلودگی نفتی نیز از آن خلیج فارس است تا جایی که رتبه نخست آلودگی های نفتی را در دنیا از آن خود کرده و از 21 مورد نشت نفت بزرگ با بیش از صد میلیون بشکه در دنیا هفت مورد آن در منطقه خلیج فارس رخ داده است.

در کنار آلودگی های نفتی، ورود پسماندهای فاضلاب صنعتی و خانگی به خلیج فارس نیز یکی دیگر از عوامل آلودگی خلیج فارس به شمار می رود؛ آلودگی هایی که سبب بروز پدیده کشند قرمز شد که به دنبال آن تعداد زیادی از آبزیان خلیج فارس از بین رفتند. بخش اعظم فاضلاب شهری بندرعباس و جزایر قشم و کیش و برخی فاضلاب های صنعتی بدون تصفیه مستقیم به دریا می ریزد.

خورهای گورسوزان، شیلات، سورو، دوهزار عمده ترین راه های ورود فاضلاب به سواحل بندرعباس هستند و گاهی تجمع فاضلاب و زباله در این کانال ها موجب رشد نیزارها و تجمع حشرات و حیوانات ولگرد می شود که علاوه بر نازیبا کردن ظاهر شهر، می تواند موجب شیوع برخی بیماری های میکروبی و انگلی شود.

حتی در مواردی دیده می شود ساحل نشینان و گردشگران به دلیل ناآگاهی و گاه نبود امکانات مناسب، ضایعات مصرفی و فضولات خود را در سواحل رها می کنند و موجب پیدایش مناظری تاسف بار در سواحل می شوند. در همین باره احمد مرادی، عضو مجمع نمایندگان استان هرمزگان در مجلس با بحرانی خواندن وضعیت آلودگی خلیج فارس می گوید: حدود 700 لیتر در ثانیه پساب های حاصل از فاضلاب های خانگی و صنعتی به خلیج فارس سرازیر می شود. ورود فاضلاب نسل آبزیان خلیج فارس را در معرض تهدید قرار داده و معضلی جدی است، به نحوی که اگر مدیریت نشود، آینده روشنی در انتظار این دریای استراتژیک نخواهد بود.