با وجود اینکه قدرت شیعه و حوزه های علمیه بسیار زیاد بود، اما این سکوت حوزه ها درباره سرنوشت مسلمانان و عدم دخالت در مسائل سیاسی باعث می شد که ایشان رنج ببرند و در عین حال سکوت کنند. به عنوان مثال در سال 56 که انتفاضه اربعین اتفاق افتاد، رژیم بعث عراق جلوی زایرین را گرفت، درگیری رخ داد و عده ای را به گلوله بستند و شهید کردند و تعدادی از جمله پنج نفر از حزب الدعوه از جمله آقایان قپانجی، تبریزی، نوری، طعمه و دو نفر از طلبه های نجف را دستگیر و محکوم به اعدام کردند: حضرت امام در این واقعه به شدت با دولت بعث عراق برخورد کرد و خطاب به حسن البکر نامه تندی نوشت و سپس تماس گرفت و قائم مقام و استاندار را خواست و تاکید کرد که این افراد نباید اعدام شوند.