اعلام نظر مجمع تشخیص مصلحت نظام درباره لوایح مرتبط با «اف ای تی اف» ابهامات و سوالاتی را در پی داشته است از جمله اینکه مجمع در چه قالبی و با استناد به کدام اصل قانونی قبل از ارجاع موضوع به این نهاد، درباره مصوبه مجلس ایراد گرفته و حکم به مغایرت آن با سیاست های کلی داده است.

ظاهرا تنها استناد مجمع، نامه و درخواست دبیر شورای نگهبان از آیت الله هاشمی شاهرودی است که نظر مجمع هم در قالب پاسخ به همین نامه خطاب به آیت الله جنتی مطرح شده است. البته نظر هیات عالی نظارت مجمع را به نام کلیت مجمع مطرح کردن هم یکی دیگر از ابهامات اساسی است. با این حال، ایرنا مورد مشابهی از نظر کاملا متفاوت آیت الله جنتی با اعلام نظر مجمع تشخیص مصلحت نظام قبل از ارجاع مجلس را روایت کرده است.

بر این اساس مجلس ششم در واپسین روزهای فعالیت خود، پس از دریافت اشکالات متعدد شورای نگهبان به لایحه برنامه چهارم توسعه، لایحه را به مجمع تشخیص مصلحت ارجاع داد. اما آیت الله جنتی پس از روی کار آمدن مجلس هفتم، در سال 83 در نامه ای به مرحوم آیت الله هاشمی رفسنجانی این اقدام مجمع را مغایر اصل 112 قانون اساسی و خلاف صریح ماده 187 آیین نامه داخلی مجلس دانسته بود.

آیت الله جنتی در نظر تفسیری در پاسخ به مرحوم هاشمی رئیس وقت مجمع تشخیص مصلحت نظام نوشت: «مستفاد از اصل 112 قانون اساسی این است که مجمع تشخیص مصلحت نظام حق تشخیص مصلحت در مصوبه ای از مجلس شورای اسلامی را دارد که شورای نگهبان در مورد آن اعلام نظر نموده باشد و تمام یا قسمتی از آن را خلاف شرع یا مغایر قانون اساسی بداند. هرگاه شورای نگهبان قسمتی از مصوبه ای را مبهم دانسته و از مجلس شورای اسلامی خواستار بیان مراد خود از آن قسمت شده باشد تا پس از آن اعلام نظر کند قبل از تبیین مراد و اعلام نظر شورای نگهبان درباره آن، مجمع تشخیص مصلحت نظام حق بررسی و اعلام تشخیص مصلحت در موارد خلاف را ندارد.»

طبق آنچه که آیت الله جنتی در این نظر تفسیری از اصل 112 قانون اساسی اعلام کرد، مجمع تشخیص مصلحت نظام حق بررسی و اعلام نظر پیش از اعلام نظر شورای نگهبان را ندارد، اما امروز درباره لوایح چهارگانه، نه تنها از اصول مسلم قانون اساسی عدول شد، بلکه دبیر شورای نگهبان از نظر قانونی و تفسیر خود از قانون اساسی در سال 83 هم عبور کرده و از مجمع خواسته است که قبل از ارجاع موضوع از سوی مجلس به این نهاد، نظر بدهد. حسینعلی امیری، معاون پارلمانی رئیس جمهوری و عضو حقوقدان سابق شورای نگهبان در همین باره به «ایران» گفته است: «ما در قانون جایی نداریم که مجمع تشخیص مصلحت نظام بخواهد به شورای نگهبان نظر مشورتی بدهد. این یک اتفاق جدیدی بود که پیش آمد و ما معتقدیم چون صلاحیت مجمع تشخیص مصلحت نظام در قانون اساسی مشخص است، نیازی به چنین اظهار نظری نبود.» محمد هاشمی، حقوقدان هم گفته است: «مجمع تشخیص زمانی می تواند وارد بررسی موضوعی شود که شورای نگهبان نظر منفی بدهد و مجلس شورای اسلامی بر موضع خود اصرار کند، در غیر این صورت مجمع نمی تواند اظهار نظر کند.»