تیم استقلال از مرحله نهایی لیگ قهرمانان آسیا در حالی بازماند که بازیکنان خارجی و گران قیمت این باشگاه نیمکت نشین بودند. تیم استقلال در مرحله یک چهارم نهایی لیگ قهرمانان آسیا در بازی برگشت مقابل السد به نتیجه تساوی رسید و از صعود به مرحله نهایی بازماند. استقلال در بازی رفت مقابل این تیم شکست خورده بود و نتوانست در بازی برگشت شکستش را جبران کند و در نهایت حذف شد.نکته ای که بعد از شکست استقلال مقابل السد مورد توجه استقلالی ها قرار گرفت، اشتباهات شفر در ارنج تیمی بود. از نظر پیشکسوتان این تیم شفر مقصر اصلی در حذف استقلال است چرا که او برای این بازی حساس ارنج مناسبی برای تیم خود انتخاب نکرد. شفر در فصل نقل و انتقالات الحاجی گرو و نیومایر را جذب کرد تا با این دو بازیکن جای خالی تیام و جباروف را پرکنند. اما بازی این دو بازیکن از نظر کیفیت به قدری ضعیف بودند که در حساس ترین بازی استقلال به میدان نرفتند و به جای آن بازیکنان جوانی مانند قائدی و صیادمنش در ترکیب تیم قرارگرفتند.البته یکی دیگر از اشتباهات شفر که پیشکسوتان استقلال آن را مورد نقد قرار دادند، عدم حضور وریا غفوری در ترکیب تیم بود. به اعتقاد آنها غفوری باید زودتر به میدان می رفت چرا که این بازیکن با تجربه ای که داشت می توانست شرایط را برای استقلال تغییر دهد.اما این روزها بحث در مورد بازیکنان خارجی استقلال خیلی زیاد است، برخی معتقدند اگر این دو بازیکن در یک بازی حساس به کاراستقلال نیامده اند اصلا چه دلیلی داشت استقلال این دو بازیکن گران قیمت را بخرد و برخی دیگرهم معتقدند مهره چینی شفر به استقلال ضربه زد وگرنه این تیم توانایی صعود به مرحله نهایی لیگ قهرمانان را داشت.