ماجرای تردید علی مطهری درباره نامه های امام درخصوص نهضت آزادی و خلع مرحوم آیت الله منتظری از قائم مقامی رهبری، این بار پای موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(ره) را به میان کشید تا با انتشار اسناد و دستخط هایی از آیت الله خامنه ای، مرحوم آیات مشکینی و هاشمی رفسنجانی و نیز آیت الله امینی ثابت کند که هر دو نامه دستخط خود امام بوده است. علی مطهری چندی پیش در اظهارنظری در برنامه اینترنتی «رودررو» گفته بود که «نهضت آزادی ایران یک گروه باسابقه اسلامی است؛ فکر نمی کنم نامه منسوب به امام درباره نهضت آزادی، واقعا از امام باشد». او همچنین نامه امام درباره آیت الله منتظری را محل تردید قرار داده بود.