لایحه جامع انتخابات سعی کرده است به مناقشه همیشگی بر سر دخالت نیروهای مسلح در انتخابات پایان دهد. در صورت تصویب نهایی این لایحه، بسیج و نیروهای مسلح از هرگونه دخالت در امور اجرایی و نظارت منع شده اند. به گزارش ایرناپلاس، اکنون ماده 40 قانون مجازات جرایم نیروهای مسلح مداخله، شرکت یا فعالیت کارکنان نیروهای مسلح در دسته بندی ها، مناقشه های سیاسی و تبلیغات انتخاباتی را ممنوع کرده و آن را جرم تلقی می کند. ماده 29 قانون ارتش جمهوری اسلامی ایران، ماده 16 قانون استخدامی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، ماده 16 قانون استخدام نیروی انتظامی جمهوری اسلامی ایران و ماده 47 اساسنامه سپاه پاسداران نیز بر این ممنوعیت تاکید می کنند. با این حال، در بسیاری انتخابات گروه ها و افرادی بودند که از دخالت نظامیان در انتخابات گلایه داشتند. دولت دوازدهم برای پایان دادن به این ماجرا در لایحه جامع انتخابات ماده ای ارایه داده است. ماده 18 لایحه جامع انتخابات تاکید دارد: «نیروهای نظامی و انتظامی حق دخالت در امور اجرایی و نظارت انتخابات را ندارند و استفاده از کارکنان نیروهای مسلح اعم از ارتش، سپاه، نیروی انتظامی جمهوری اسلامی ایران، سازمان بسیج و همچنین دستگاه های اطلاعاتی‏ و امنیتی‏ برای عضویت در هیات‏ های اجرایی، نظارت و بازرسی شعب اخذ رای ممنوع است.» تبصره این ماده همچنین کارکنانی را که در رده های مقاومت و سازمان بسیج قرار دارند، مشمول این ماده دانسته است.