مرحوم آیت الله شاهرودی دومین رییس قوه قضاییه ای بود که بعد از بازنگری قانون اساسی و حذف شورای عالی قضایی و تمرکز مدیریت فردی در قوه قضاییه به ریاست آن منصوب شد. به گفته خودشان وارث ویرانه ای شد که در دوره ریاست آیت الله یزدی ایجاد شده بود، ویرانه ای که با حذف دادسرا گریبان دادگستری را گرفت و در امور کیفری آثار مخرب بیشتری داشت تا امور حقوقی، هرچند در امور حقوقی نیز تاثیر دادگاه های عام یا دادگاه های عمومی که منجر به حذف درجه بندی محاکم شد آثار سوء آن تا هم اکنون باقی است اما در امور کیفری حذف دادسرا و نهاد دادستانی منجر به نوعی رسیدگی شد که همه مراحل پرونده را یک نفر به اصطلاح از بدو الی الختم