فهرست مطالب

فصلنامه ژنتیک نوین
سال یازدهم شماره 1 (پیاپی 44، بهار 1395)

  • تاریخ انتشار: 1395/03/28
  • تعداد عناوین: 16
|
  • زهرا صادقی*، سعید نصرالله نژاد، فروه سادات مصطفوی نیشابوری، احمد یامچی صفحات 83-89
    در سال های اخیر علائم بیماری ویروسی (موزائیک و زردی) در سطح وسیعی از مزارع باقلا استان گلستان مشاهده شده است. ویروس های گیاهی متعلق به جنس پوتی ویروس، یکی از شایع ترین و مهم ترین عوامل بیماری زای ویروسی در گیاهان می باشند. به منظور ردیابی پوتی ویروس ها حبوبات گیاهانی با علایم موزائیک، زردی، بدشکلی و پیچیدگی برگ ها طی فصل زراعی از استان گلستان جمع آوری شد. به منظور تایید آلودگی نمونه ها، RNA کل از نمونه های مذکور استخراج شد. پس از بررسی با جفت آغازگر عمومی پوتی ویروس (Oligo1n/Oligo2n) از بین 35 نمونه، تعداد 12 نمونه آلوده تشخیص داده شد. از بین نمونه های آلوده، تعدادی از نمونه ها به منظور ردیابی ویروس تعیین توالی شدند. نتایج نشان داد که نمونه های استان گلستان آلوده به ویروس موزائیک زرد لوبیا (Bean yellow mosaic virus، BYMV) می باشند. تجریه های تبارزایی، محاسبه فاصله ژنتیکی و تنوع نشان داد که جدایه گلستان در کنار جدایه های استرالیا و ژاپن در یک گروه قرار می گیرند. تعیین جایگاه جدایه ایرانی ویروس BYMV و مقایسه آن با سایر جدایه های دنیا منشا تکاملی و پیدایش این جدایه در ایران را مشخص کرد و به نظر می رسد منشا خارجی دارد. بیش ترین تنوع مولکولی و میزبانی در شرق آسیا موجود می باشد. براساس این نتایج باقلا با علایم موزائیک و بدشکلی برگ بیش ترین میزان آلودگی را به ویروسBYMV در بین میزبان های دیگر دارد.
    کلیدواژگان: آغازگر عمومی، پروتئین پوششی، واکنش زنجیرهای پلی مراز معکوس، ویروس موزائیک زرد لوبیا
  • سیده آمنه حسینی*، علی شعبانی، حمیدرضا رضایی صفحات 91-99
    مطالعه حاضر با هدف بررسی تنوع ژنتیکی ماهی گورخری زاگرس (Aphanius vladykovi) که ماهی کوچکی از خانواده کپور دندان داران و بومی استان چهارمحال وبختیاری است، با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره صورت گرفت. بدین منظور تعداد 46 قطعه ماهی در پاییز 90 از چشمه چهل-گزی و چشمه مادر و دختر جمع آوری شد. در این بررسی از 6 جایگاه ریزماهواره چندشکل استفاده شد. تعداد آلل مشاهده شده در جمعیت ها به طور میانگین 41/11 و هتروزیگوسیتی مشاهده شده در چشمه چهل گزی 993/0 و در چشمه مادر و دختر 957/0 محاسبه شد که نشان می دهد دوره تولیدمثلی طولانی آفانیوس دلیلی بر موفقیت تولیدمثلی و افزایش هتروزیگوسیتی است. نتایج حاصل از Fst (023/0) و Rst (092/0) تمایز ژنتیکی پایینی را میان مناطق نشان دادند. تجزیه واریانس ملکولی تنها دو درصد تنوع بین جمعیت ها نشان داد و فاصله ژنتیکی بین جمعیت ها 322/0 محاسبه شد. جریان ژنی بین دو منطقه 097/19، نسبتا بالا بوده و می تواند متاثر از نحوه محاسبه آماری جریان ژنی باشد. در بررسی تعادل هاردی- واینبرگ پس از اعمال ضریب تصحیح بونفرونی از بین 12 تست جایگاه ژنی، در سه تست پیروی از تعادل مشاهده شد. این بررسی دلایل و نتایج اولیه را برای وجود جمعیت های متمایز ماهی گورخری زاگرس نشان می دهد، بنابراین توجه و اقدامات جدی برای حفظ ذخایر ژنتیکی آن ضروری است.
    کلیدواژگان: Aphanius vladykovi، تنوع ژنتیکی، چهارمحال و بختیاری، ریزماهواره
  • سپیده علیجانی*، سعید نصرالله نژاد، مجید جعفری، فاطمه زینتی فخرآباد صفحات 101-109
    اخیرا علائم بیماری ویروسی موزاییک کاهو (Lettuce mosaic virus، LMV) در سطح وسیعی از مزارع کاهو استان گلستان شایع شده است. این ویروس از بیمارگرهای مخرب و مهم اقتصادی است که متعلق به جنسPotyvirus و خانواده Potyviridaeمی باشد. طی سال زراعی 93-1392 به منظور ردیابی ویروس LMV، 93 نمونه که دارای علائم موزاییک، پیسک، کوتولگی و عدم تولید تاج طبیعی بودند از مزارع کاهو استان گلستان جمع آوری شده و آلودگی ویروسی در نمونه ها به وسیله آزمون DAS-ELISA و آنتی سرم منوکلونال LMV بررسی شد. نتایج آزمون سرولوژیکی نشان داد که 80 نمونه از نظر آلودگی به ویروس مثبت بودند، در حالی که علائم زردی منفی بود. از نمونه های آلوده، تعدادی از آن ها به منظور ردیابی ویروس تعیین ترادف شدند.RNA کل از نمونه های مذکور استخراج شد و در آزمون RT-PCR با استفاده از آغازگر عمومی پوتی ویروس، قطعه 327 جفت بازی تکثیر شد که مربوط به ژن Cp می باشد. توالی های بدست آمده، با توالی های موجود در GenBank، مقایسه شدند. هم ردیف سازی های چندگانه و آنالیزهای تبارزایی با نرم افزارهای DNASTAR، DNAMAN، Clustal X انجام و درخت فیلوژنتیک به روش Neighbor-joining ترسیم شد. نتیجه ترادف توالی نشان داد که نمونه های استان گلستان به LMV آلوده می باشند و آنالیزهای تبارزایی تعیین کرد که جدایه گلستان شباهت 7/99 درصدی در سطح نوکلئوتیدی با جدایه فرانسه (Z78229) داشت. این اولین گزارش از آلودگیLMV و تعیین توالی Cp ژنوم این ویروس در استان گلستان می باشد.
    کلیدواژگان: RT-PCR، آزمون سرولوژیکی DAS، ELISA، تجزیه تبارزایی، ویروس موزاییک کاهو (LMV)
  • احسان نصیری فر*، علی اسماعیلی زاده کشکوییه، حسن مرادیان، سعید سهرابی صفحات 111-119
    برای شناسایی جایگاه های صفات کمی (QTL) موثر بر لاشه و اجزاء آن روی کروموزوم دو در بلدرچین ژاپنی از یک طرح ناتنی پدری استفاده شد. از آمیزش متقابل دو سویه سفید (تخمگذار) و وحشی (گوشتی) بلدرچین ژاپنی تعداد 34 پرنده در نسل اول ایجاد شد و از آمیزش پرندگان نسل اول در قالب 9 خانواده ناتنی پدری تعداد 422 نتاج در طی پنج هچ متوالی تولید شد. رکوردگیری فنوتیپی از صفات مربوط به لاشه پرندگان انجام شد و تمامی پرندگان مربوط به 9 خانواده ناتنی پدری برای 4 نشانگر ریزماهواره موجود بر روی کروموزوم دو تعیین ژنوتیپ شدند. تجزیه QTL به روش مکان یابی درون فاصله ای مبتنی بر رگرسیون به صورت طرح ناتنی پدری توام و انفرادی انجام شد. در طرح ناتنی پدری توام، صفات وزن پیش معده و درصد پیش معده نزدیک نشانگر GUJ0084 و در موقعیت 49 سانتی مورگان و درصد پانکراس نزدیک نشانگر GUJ0093 و در موقعیت 60 سانتی مورگان دارای QTL معنی دار بودند و در طرح ناتنی پدری انفرادی، علاوه بر سه QTL معنی دار ذکر شده در طرح توام، 12 QTL معنی دار دیگر در موقعیت های مختلف و با اثر جایگزینی آللی یافت شد. درصد واریانس QTL در تجزیه انفرادی در محدوده 67/6 تا 87/33 و در تجزیه توام در محدوده 35/2 تا 10/6 قرار داشت. QTL های شناسایی شده برای صفات لاشه در این تحقیق می توانند در بررسی ژن های کاندیدا و نیز انجام انتخاب به کمک نشانگر برای صفات لاشه در بلدرچین ژاپنی مفید باشند.
    کلیدواژگان: بلدرچین ژاپنی، جایگاه صفات کمی، صفات لاشه، طرح ناتنی پدری
  • لیلا علیخانی، نقی شعبانیان، هدیه بدخشان*، محمد شفیع رحمانی صفحات 121-133
    به منظور مقابله با پیامدهای فشار تخریبی ساکنان محلی بر تنوع ژنتیکی جنگل های غالبا بلوط زاگرس، شناسایی مراکز تنوع ژنتیکی و مدیریت پایدار ذخایر ژنتیکی این جنگل ها ضروری است. هدف از این مطالعه، بررسی تنوع ژنتیکی در میان 150 پایه مازودار (Quercus infectoria) برگرفته از 10 جمعیت طبیعی این گونه درجنگل های زاگرس شمالی با استفاده از نشانگر چندشکلی کدون آغاز هدف (SCoT) و خصوصیات ریخت شناختی و بیوشیمیایی برگ بود. بر اساس خصوصیات ریخت شناسی و بیوشیمیایی برگ تنوع بالایی در جمعیت ها وجود داشت. تجزیه خوشه ایمبتنی بر داده های ریخت شناسی و بیوشیمیایی جمعیت ها را در سه خوشه اصلی گروه بندی کرد. از مجموع 10 آغازگر SCoT مورد استفاده 136 نوار تکثیر شد که از این تعداد، 135 نوار (99 درصد) چند شکل بودند. با تفکیک تنوع ژنتیکی مشاهده شده در جمعیت ها توسط تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA) مشخص شد که بخش عمده تنوع ژنتیکی (76 درصد) مربوط به درون جمعیت هاست. اما، بین جمعیت ها هم تفاوت معنی داری وجود داشت. به نظر می رسد که جریان ژنی گسترده ناشی از گرده افشانی وسیع گونه های بلوط به کمک باد یکی از عوامل اصلی ایجاد کننده چنین وضعیتی است. تجزیه خوشه ایمبتنی بر نشانگر SCoT، جمعیت های مورد مطالعه را بدون این که رابطه مشخصی با منشا جغرافیایی آن ها داشته باشد در خوشه های مجزا گروه بندی کرد. اطلاعات این مقاله می تواند برای پایه ریزی راهبردهای حفاظت از ذخایر ژنتیکی مازودار در جنگل های زاگرس سودمند باشد.
    کلیدواژگان: بلوط، تنوع ژنتیکی، چندشکلی نواحی هدف کدون شروع، (SCoT)، نشانگر مولکولی
  • نرجس عالمی، حسن سلطانلو*، احمد یامچی، سیده ساناز رمضانپور، سعید نواب پور صفحات 135-142
    قارچ فوزاریوم از قارچ های آلوده کننده گندم در سطح جهان می باشد که باعث بیماری ویرانگر بلایت فوزاریومی گندم (FHB) می شود که علاوه بر کاهش تولید جهانی گندم، به دلیل آلودگی دانه ها به تجمع مایکوتوکسین ها از جمله توکسین دی کسی نیوالنول در سلامت و ایمنی مواد غذایی تاثیر بسیاری دارد. در مطالعه حاضر، پاسخ ژن الکل دهیدروژناز در آلودگی به توکسین خالص DON، اسپور و عصاره قارچ در بافت ها و مراحل رشدی مختلف سه رقم متحمل و حساس گندم نسبت به FHB مورد بررسی قرار گرفت. نتایج واکنش زنجیره ای پلیمراز در زمان واقعی نشان داد میزان بیان ژن الکل دهیدروژناز در سنبله های آلوده به توکسین DON در 12 ساعت پس از آلودگی در رقم مقاوم سومای تری و فرونتانا افزایش شدیدی داشته است. همچنین الگوی تظاهر مشابهی از ژن الکل دهیدروژناز در هیپوکوتیل، ریشه و برگ در مرحله گیاهچه ای مشاهده شد، این در حالی است که بیان ژن الکل دهیدروژناز در بافت سنبله گیاه بالغ بیش از مرحله گیاهچه ای بوده است. الگوی بیان ژن الکل دهیدروژناز در پاسخ به توکسین DON، سوسپانسیون و عصاره قارچ نشان داد که DON می تواند به عنوان یک الیسیتور در بیان ژن الکل دهیدروژناز عمل کرده و منجر به تولید آنزیم الکل دهیدروژناز نوع یک شود که احتمالا نقش مهمی در سم زدایی توکسین DON و سایر مایکوتوکسین ها در مراحل اولیه آلودگی به فوزاریوم در ارقام متحمل دارد.
    کلیدواژگان: الکل دهیدروژناز، بلایت فوزاریومی سنبله، خنثی سازی، گندم، DON
  • رویا حقیقی، ولی الله محمدی*، علیرضا عباسی صفحات 143-148
    تنش های محیطی مهم ترین عامل کاهش عملکرد محصولات زراعی هستند. ژن AtCDPK5 یکی از ژن های خانواده بزرگ CDPK در گیاهان است که نقش مهمی در پاسخهای دفاعی گیاه نسبت به تنش های غیر زیستی دارد. هدف از این پژوهش همسانه سازی ژن AtCDPK5و انتقال آن به توتون به منظور افزایش تحمل به تنش های غیر زیستی بود. بدین منظور ابتدا RNA از برگ گیاه آرابیدوپسیس استخراج و cDNA ساخته شد. ژن AtCDPK5 توسط انجام واکنش زنجیره ای پلیمراز با آغازگرهای اختصاصی تکثیر و به ناقل pGEM-T وارد و در باکتری E.coli کلون شد. سپس قطعه ژن مورد نظر درون ناقل pBI121 قرار داده شده و در باکتری E.coliکلون شد. یکپارچگی سازه حاوی ژن AtCDPK5 توسط انجام کلونی PCR تایید شد و توالی یابی قطعه، وجود ژن را اثبات کرد. پلاسمید نوترکیب حاصل از طریق تکنیک اگرواینفکشن به گیاه توتون منتقل شد. پس از هم کشتی با اگروباکتریوم، رشد ریزنمونه های گیاه توتون در محیط انتخابی حاوی غلظت های مختلف کانامایسین و سفوتاکسیم تراریختی آن ها را تایید کرد. گیاهچه های تراریخت به محیط ریشه زایی و سپس به گلدان منتقل شدند. واکنش زنجیره ای پلیمراز با آغازگرهای اختصاصی تراریخت بودن گیاهان توتون را در سطح DNA وcDNA تایید کرد.
    کلیدواژگان: تراریزش، توتون، ژن AtCDPK، همسانه سازی
  • داود نادری، محمود سلوکی، براتعلی فاخری صفحات 149-154
    در این مطالعه، بیان ژن فلاونول سنتاز (FLS) در نمونه های تیمار شده با کاربرد خارجی هورمون اسید آبسزیک با غلظت ppm 300 در مرحله رویشی و پس از گذشت 4 ماه از رشد گیاه اسپری در دو زمان به فاصله 8 روز و غلظتppm 500 ABA و BAP با استفاده از روش Real Time PCR، بررسی شد. هدف از بررسی اثر هورمون اسید آبسزیک در دو زمان، بررسی اثر غلظت و مدت زمان ماندگاری هورمون اسید آبسزیک در گیاه علف مورچه بر روی بیان ژن FLS بود. تجزیه داده ها با روش «پافل و REST» انجام شد. ارزیابی داده ها با استفاده از نرم افزار SAS و از طریق آزمون دانکن نشان داد که میانگین تغییرات بیان ژن فلاونول سنتاز برای تیمارها در مقایسه با شاهد 4/2 -4/1 برابر شد. تیمار دوم که به کارگیری مرحله دوم هورمون اسید آبسزیک با غلظت ppm 300 است، بیش ترین تاثیر را در بیان ژن فلاونول سنتاز داشت و در سطح یک درصد معنی دار شد (01/0p<). مرحله اول به کارگیری هورمون اسید آبسزیک در بیان ژن فلاونول سنتاز نیز تاثیر داشت اما میزان بیان ژن ناچیز بود. تحلیل نتایج و مقایسه میزان بیان ژن FLS در دو زمان نشان داد که هر چه هورمون اسید آبسزیک در گیاه بیشتر باقی بماند میزان بیان ژن فلاونول سنتاز بیشتر خواهد بود. بیان ژن FLS طی به کارگیری ppm 500 هورمون سیتوکینین افزایش می یابد. طی مقایسه دو روش پافل و نرم افزار REST، روش پافل به منظور تجزیه داده ها پیشنهاد می شود.
    کلیدواژگان: روش پافل، طب سنتی Cressa cretica، علف مورچه، REST
  • محمد مهدی سوهانی*، مینا خوشبخت، محمدحسین رضادوست، امیرحسین زمانی، بنفشه فتاح، بهروز گلعین، علیرضا افشاریفر صفحات 607-618
    استفاده از اگروباکتریوم جهت انتقال ژن به مرکبات از روش های رایج و معمول است. در این تحقیق قطعه ای موزاییک از دو ژن کد کننده پوشش پروتئینی ویروس تریستزای مرکبات (CTV) جداسازی و در وکتور خاموشی pFGC5941 کلون شد. انتقال وکتور به روش الکتروپوریشن به اگروباکتریوم سویه EHA105 انجام و با استفاده از PCR حضور ژن خارجی تایید شد. دانهال های نارنج به مدت 4 هفته در تاریکی و 10 روز در دوره نوری 16 ساعته در شرایط In vitro رشد کرده و سپس ریز نمونه از اپی کوتیل و هیپوکوتیل آن ها تهیه شد. ریزنمونه ها با اگروباکتریوم هم کشت و در محیط شامل غلظت های مختلف هورمون هایBAP و NAA قرار گرفتند. تاثیر شکاف طولی در انتهای ریزنمونه ها، نقش غلظت های مختلف استوسرینگون در محیط القایی، هم چنین اثر استفاده از خلا جهت هم کشتی و نیز نقش منبع هیدروکربن (گلوکز و ساکارز) بر کارایی تراریختی بررسی شد. در این تحقیق شاخساره ها به روش باززایی مستقیم و بدون ورود به مرحله کالوس زایی از ریزنمونه ها تولید شد که مزیت مهمی در ممانعت از ایجاد تنوع سوماکلونال بود. تایید انتقال تراژن به ژنوم گیاه میزبان با کشت ریزنمونه های حامل شاخساره در محیط گزینشی حاوی علف کش بستا و انجام واکنش PCR با دو ژن داخل T-DNA انجام شد. بر اساس تکنیکPCR Real-Time نیز تعداد نسخه های رونوشت برداری شده ژن CTV در گیاهان تراریخت تعیین شد. بالاترین کارایی انتقال ژن در تیمارهای حاوی mg/l2 BAP و mg/l25/0 NAA همچنین از ریز نمونه هایی به دست آمد که به روش هم کشتی تلقیح شده و دارای برش طولی در انتها بوده اند. در این تیمار برگزیده هم کشتی تحت تیمار استوسرینگون صفر، و با استفاده از منبع هیدروکربن گلوکز در محیط کشت القایی انجام شده بود.
    کلیدواژگان: استوسرینگون، Agrobacterium tumefaciensکارایی ترانسفورماسیون، نارنج، باززایی
  • اباصلت حسین زاده کلاگر*، مستانه تیموری، سید غلامعلی جورسرایی، محمد کریمیان صفحات 619-621
    ژن NR5A1، که تنظیم کننده رونویسی از ژن های درگیر در محور استروئیدوژنیک هیپوتالاموس-هیپوفیز است، عضوی از خانواده رسپتورهای هسته ای می باشد. برخی از موتاسیون های موجود در این ژن از قبیل c.712G>A، c.634G>A، c.571C>T و c.392C>T می تواند با اختلالات اسپرم زایی ارتباط داشته باشد. هدف از این مطالعه بررسی ارتباط ترانسورژن G>C368 و ترانزیشن C>T 386 ژن NR5A1 با ناباروری در مردان است. در این مطالعه مورد-شاهدی، از 70 مرد نابارور و 75 مرد بارور، به عنوان گروه کنترل، نمونه خون تهیه شد. پس از استخراج DNA ژنومی افراد بیمار و کنترل، ژنوتیپ G>C368 و C>T386 موجود در ژن NR5A1 با کمک RFLP-PCR تعیین شد. در مورد جابجایی G>C368، آنالیز آماری نشان داد که هیچ یک از ژنوتیپ های GC (43/0P=، 26/6-46/0= CI 95% و 69/1OR= ) و یا CC (46/0P=، 41/84-13/0= CI 95% و 38/3OR=) با ناباروری ایدیوپاتیک مردان ارتباط ندارد. آلل C هم فاقد ارتباط با ناباوری (20/0=P،52/7-65/0 CI=95% و 21/2 OR=) بود. اما در مورد جایگاه C>T386، فقط یک نمونه در گروه شاهد دارای ژنوتیپ CT بوده و بقیه نمونه ها ژنوتیپ CC داشتند. بنابراین ژنوتیپ CT فاقد ارتباط با ناباروری مردان (52/0 =P، 79/8-01/1 =CI95% و 35/0 OR=) بود. یافته های این مطالعه نشان داد جابجایی های فوق، نمی تواند مارکر مناسبی جهت استعداد ژنتیکی ابتلا به ناباروری ناشناخته باشد و بنابراین نیاز به بررسی رابطه سایر جهش های تک نوکلئوتیدی این ژن با ناباروری مردان است.
    کلیدواژگان: ژن NR5A1، موتاسیونناباروری مردان، PCR، RFLP
  • حمیدرضا رنجبر*، مهتاب یارمحمدی، میرمسعود سجادی، رضوان الله کاظمی صفحات 623-631
    ژن SOX9 در میان مهره داران یکی از مهم ترین فاکتور های رونویسی جهت تکامل بسیاری از بافت-ها و ارگان ها و به طور ویژه تعیین جنسیت و غضروف زایی است. تاسماهی ایرانی (Acipenser persicus) یکی از گونه های مهم خانواده تاسماهیان بوده که بومی سواحل جنوبی دریای خزر می باشد. این گونه به دلیل ارزش اقتصادی آن و هم چنین بلوغ زودرس نسبت به دیگر گونه های پرورشی از جمله فیل ماهی، از گونه های موردنظر آبزی پروری در کشور می باشد. هدف از این تحقیق، شناسایی بخشی از توالی SOX9 و بررسی الگوی بیان آن در بافت های مختلف تاسماهی ایرانی با استفاده از تکنیک Real time PCR، بود. به این منظور ده بافت مختلف تاسماهی ایرانی جوان (آبشش، پیلوریک، طحال، گناد، کلیه، روده، قلب، پوست، کبد، ماهیچه) مورد مطالعه قرار گرفت. پس از توالی یابی قطعه ای به طول 210 نوکلئوتید شناسایی و سپس در بانک ژن NCBI (KP300013) ثبت شد. نتایج نشان داد که ژن SOX9 در اکثر بافت ها بیان شده و بیشترین میزان بیان (26/0 ± 5/0) در بافت آبشش مشاهده شد. با توجه به نتایج این تحقیق به نظر می رسد که در سنین پایین، احتمالا ژن SOX9 نقش کمتری در تعیین جنسیت داشته و بیشتر در فرآیند های تکاملی دیگر نظیر غضروف سازی دخالت دارد.
    کلیدواژگان: بیان ژن، تاسماهی ایرانی، تعیین جنسیت، غضروف سازی، Real time PCR
  • فرشید گلشنی*، براتعلی فاخری صفحات 633-646
    به منظور مکان یابی نواحی ژنومی کنترل کننده برخی صفات فیزیولوژیک آزمایشی در جامعه هاپلوئیدهای مضاعف حاصل از تلاقی استپتو و مورکس جو به همراه والدین آن ها تحت شرایط بدون تنش و تنش نیکل اجرا شد. صفات شاخص کارایی فتوسنتز (PI)، حداکثر مقدار بهره وری از فتوسیستم II (Fv/Fm)، محتوای کلروفیل برگ، محتوای رطوبت نسبی برگ، ضریب پایداری غشاء و میزان عناصر نیکل، روی، منگنز، مس و آهن کل اندازگیری شدند. تجزیه Qantitive traits loci با استفاده از نقشه پیوستگی ژنتیکی حاصل از 327 نشانگر مولکولی RFLP به روش مکان یابی فاصله ای مرکب (CIM) انجام گرفت. نتایج تجزیه واریانس تفاوت معنی دار را برای لاین ها در شرایط بدون تنش و تنش نیکل نشان داد. حداکثر همبستگی در شرایط بدون تنش و تنش نیکل بین منگنز و روی کل مشاهده شد. برای صفات مورد بررسی در مجموع 36 جایگاه واجد QTL (20 و 16 جایگاه به ترتیب برای شرایط بدون تنش و تنش نیکل) بدست آمد. حداقل و حداکثر واریانس فنوتیپی توجیه شده به وسیله این QTL ها از 09/10 (QMnk2H.1n) تا 82/54 (QMnk7H.3n) درصد برای میزان منگنز کل در شرایط بدون تنش متغیر بود. حداقل و حداکثر LOD (53/2 و 55/4) به ترتیب برایQTL های حداکثر مقدار بهره وری از فتوسیستم II (QFv/Fm5H.1s و QFv/Fm5H.2s) و روی کل (QZnk6H.2s) در شرایط تنش نیکل بدست آمد. والد P1 در انتقال آلل های موثر صفات فیزیولوژیک نقش بیشتری داشت. QTL های QFek4H.n و QFek4H.1s در دامنه 50/48 تا 50/49 سانتی مورگان کروموزوم 4H مربوط به صفت آهن کل، QTL های QNik5H.1n و QNik5H.1s در موقعیت 30/145 سانتی مورگان وQTL های QNik5H.2n و QNik5H.2s در جایگاه 50/151 سانتی مورگان کروموزوم 5H مربوط به صفت نیکل کل، از پایداری لازم برخوردار بودند. بنابراین، در صورت تکرار نتایج فوق در شرایط محیطی، سال ها و ژنوتیپ های متفاوت، احتمالا در گزینش به کمک نشانگر بتوان از آن ها استفاده کرد.
    کلیدواژگان: تنش نیکل، جو، صفات فیزیولوژیک، QTL نقشهیابی
  • فاطمه خیری*، کامران رهنما، احد یامچی صفحات 649-659
    بیماری پژمردگی فوزاریومی ناشی از قارچ Fusarium oxysporum f.sp melonis متداول ترین بیماری در خربزه است که در چند کشور جهان و از جمله ایران گزارش شده است. استفاده از ارقام متحمل یکی از موثرترین روش های مدیریت این بیماری محسوب می شود، اما به منظور انتخاب و توسعه ارقام متحمل آگاهی از تنوع ژنتیکی جمعیت های این قارچ ضروری است. در این مطالعه تنوع ژنتیکی جمعیت این بیمارگر در استان خراسان رضوی بررسی شد. بدین منظور 20 جدایه قارچF. oxysporum f.sp. melonis ، عامل پژمردگی خربزه از استان خراسان (کلکسیون گروه گیاه-پزشکی دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان) انتخاب و با استفاده از گروه های سازگاری رویشی و روش ISSR تنوع ژنتیکی آن ها بررسی شد. برای بررسی گروه های سازگاری رویشی، ابتدا جهش یافتگان نیت به صورت قطاع هایی در محیط های مختلف کلرات دار تولید شده، سپس کلاس فنوتیپی جهش یافتگان براساس مشخصات رشدی پرگنه آن ها روی محیط پایه حاوی یکی از پنج نوع منبع نیتروژن (نیترات سدیم، نیتریت سدیم، تارتارات آمونیوم، اسید اوریک و هیپوزانتین) تعیین شد. بر این اساس 68 درصد از موتانت های نیت در کلاس فنوتیپی nit1، 18 درصد آن ها در کلاس nit3 و 14 درصد آن ها در کلاس فنوتیپی nitM قرار گرفتند. به منظور انجام آزمون های مکمل سازی و تعیین گروه های سازگاری رویشی، بین تمامی جهش یافتگان nitM هر جدایه با جهش یافتگان nit1 یا nit3 سایر جدایه ها کشت متقابل انجام شد. در نتیجه بین جدایه ها، سازگاری رویشی مشاهده نشد و جدایه ها در 20 گروه سازگاری رویشی قرار گرفتند. همچنین تنوع ژنتیکی این جدایه ها با استفاده از بیست آغازگر بررسی شد. تجزیه خوشه ایداده های ISSR با استفاده از روش UPGMA و ضریب تشابه SM جدایه ها را در سطح تشابه 60 درصد در پنج گروه قرار داد. این نتایج نشان داد که تنوع ژنتیکی قابل ملاحظه ای در بین جدایه های قارچ عامل پژمردگی فوزاریومی خربزه در استان خراسان رضوی وجود دارد. تجزیه خوشه اینشان داد که به جز موارد محدود بین پراکنش جغرافیایی و گروه های ژنتیکی ارتباط مشخصی وجود ندارد.
    کلیدواژگان: هتروکاریون، سازگاری رویشی، تنوع ژنتیکی، نشانگر مولکولی، فوزاریوم
  • مجتبی نجفی، قدرت رحیمی میانجی، زربخت انصاری پیرسرایی، محمد علی روحی صفحات 661-667
    تعیین ژنوتیپ با استفاده از تجزیه و تحلیل مستقیم DNA اهمیت به سزایی در به نژادی گیاهان و جانوران و نیز برای تشخیص و بررسی بی نظمی های ژنتیکی در موجودات مختلف اعم از گیاه، حیوان و همچنین در علم پزشکی قانونی دارد. در حال حاضر روش تجزیه منحنی ذوب یکی از کم هزینه ترین روش های تعیین ژنوتیپ به حساب می آید که می تواند در مطالعات ژنتیکی مورد استفاده قرار گیرد. پژوهش حاضر به منظور شناسایی چند شکلی های تک نوکلئوتیدی در جایگاه ژن پرایون گوسفندی انجام گرفت. پس از استخراج DNA از نمونه خون 145 راس گوسفند نژاد نائینی و تکثیر قطعه مورد نظر توسط واکنش زنجیره ای پلیمراز، ژنوتیپ ها تعیین و برای تایید نتایج به دست آمده از دو روش PCR-SSCP و روش تعیین توالی مستقیم استفاده شد. نتایج نشان داد که در جایگاه ژنی پروتئین پرایون، در مجموع نه ژنوتیپ مشاهده شد. اما به دلیل وجود چندین SNP در قطعه تکثیری، تفکیک هر یک از ژنوتیپ ها با استفاده از تجزیه منحنی ذوب به طور اختصاصی میسر نشد. بنابراین روش تجزیه منحنی ذوب، ژنوتیپ های حاصل از جا به جایی تک نوکلئوتیدی در یک قطعه تکثیری (تک جایگاه) را به راحتی از هم تفکیک کرده، اما به دلیل پیچیدگی های حاصل از حضور چندین جا به جایی در یک قطعه تکثیری (جایگاه های چندگانه) امکان جداسازی اختصاصی ژنوتیپ ها به راحتی میسر نمی باشد. با توجه به مزایای روش تجزیه منحنی ذوب در جداسازی ژنوتیپ ها، پیشنهاد می شود با انجام پژوهش های جدید بتوان محدودیت های این تکنیک برای قطعات تکثیری حامل چند جا به جایی تک نوکلئوتیدی را رفع کرد.
    کلیدواژگان: ژن پرایون، PCR SSCP، MCAتعیین توالی مستقیم، گوسفند نژاد نائینی
  • سارا رئیسی، محمدرضا نقوی، علیرضا طالعی، حسن سلطانلو، مجتبی رنجبر صفحات 669-676
    گیاهان دارویی از زمان های دور نقش مهمی در طب سنتی داشته اند. متابولیت های ثانویه تولید شده توسط گیاهان، کاربردهای فراوانی در علم پزشکی، داروسازی و صنعت دارند. جنس آرتمیزیا به دلیل تولید سسکویی ترپن آرتمیزینین و بسیاری دیگر از ترکیبات مفید حائز اهمیت است. سسکویی ترپن های مختلف توسط آنزیم های ترپن سنتاز از پیش ماده مشترک فارنسیل دی فسفات حاصل تولید می شوند. در این مطالعه هفت گونه آرتمیزیای بومی ایران کشت شدند. نمونه گیری از بافت گل ها در مرحله به گل رفتن گیاهان در سه تکرار زیستی انجام گرفت و بیان نسبی یک پرنیل ترنسفراز (فارنسیل دی فسفات) و دو سسکویی ترپن سنتاز (بتاکاریوفیلن سنتاز، بتافارنسین سنتاز) توسط Real-time PCR مورد بررسی قرار گرفت و گونه Artemisia annua به عنوان گونه مرجع در نظر گرفته شد و سایر گونه ها نسبت به آن مقایسه شدند. همچنین روش GC-MS برای اندازه گیری میزان ترکیبات تولید شده نهایی توسط هر یک از ترپن سنتازها به کار گرفته شد. نتایج نشان داد که داده های حاصل از بررسی بیان ترپن سنتازها با داده های به دست آمده از GC-MS تا اندازه ای هم خوانی داشت. گونه A. scoparia بیش ترین سطح رونویسی برای ترپن سنتازهای مورد مطالعه را نشان داد. به علاوه نتایج حاصل از GC-MS بالاترین میزان تولید بتاکاریوفیلن سنتاز و بتافارنسین سنتاز را در این گونه نشان داد. بر اساس نتایج این تحقیق می توان بیان کرد که مسیرهای بیوسنتزی سسکویی ترپن ها توسط سسکویی ترپن سنتاز های اختصاصی همان مسیر تنظیم می شود.
    کلیدواژگان: آرتمیزیا، آرتمیزینین، ترپن سنتاز، متابولیت های ثانویه
  • بابک عبداللهی مندولکانی، زهرا آقاعلی، هادی علی پوریامچی، محمدرضا بی همتا صفحات 675-684
    تنش خشکی عامل اصلی کاهش تولید در گیاهان زراعی به خصوص نخود زراعی می باشد. به طوری-که تنش خشکی انتهای فصل موجب کاهش بیش از 50 درصدی عملکرد در این گیاه می شود. در این پژوهش به منظور شناسایی نشانگرهای پیوسته با صفات مرتبط با تحمل به خشکی در 64 توده نخود زراعی از مکان یابی ارتباطی استفاده شد. ژنوتیپ ها در قالب طرح لاتیس ساده (8 × 8) کشت و 17 صفت مختلف مرتبط با خشکی اندازه گیری شد. ثبت ژنوتیپ و ارزیابی ژنتیکی جمعیت با استفاده از 18 آغازگر IRAP (Inter retrotransposon amplified polymorphism) و REMAP (Retrotransposon-microsatellite amplified polymorphism) انجام گرفت. در کل 129 مکان تکثیر شد که از این تعداد، 88 مکان (34/64 درصد) در بین توده ها چند شکل بودند. مطالعه ساختار جمعیت با استفاده از روش Bayesian، توده های مورد مطالعه را در 11 گروه قرار داد. میانگین شاخص تثبیت (Fst) همه گروه ها بیشتر از 5/0 بود که بیانگر تمایز قابل ملاحظه ای بین گروه-ها بود. به منظور شناسایی نشانگرهای پیوسته با عملکرد دانه و صفات زراعی مرتبط با تنش خشکی، از مکان یابی ارتباطی به روش Mixed linear model (MLM) استفاده شد. با استفاده از این روش 28 مکان پیوسته با 17 صفت مورد مطالعه (در سطوح پنج و یک درصد معنی داری) در شرایط تنش خشکی شناسایی شد. صفت عرض شاخه های اصلی بیشترین تعداد مکان پیوسته را به خود اختصاص داد. تعدادی از مکان های شناسایی شده با بیشتر از یک صفت پیوسته بودند. با توجه به نتایج حاصله، می توان بعد از ارزیابی و تایید نشانگرهای پیوسته با صفات مورد بررسی، از آن ها در برنامه های به نژادی نخود به منظور توسعه واریته هایی با تحمل به خشکی بیشتر استفاده نمود.
    کلیدواژگان: تنش خشکی، نخود زراعی، مکانیابی ارتباطی، روش Mixed linear model
|
  • Z. Sadeghi*, S. Nasrollahnejad, Fs Mostafavy Neishaboori, A. Yamchi Pages 83-89
    In recent years, the viral symptoms (mosaic and yellowing) have been observed in a wide range of broad bean fields in Golestan province in Iran.Viruses of Potyvirus genus are one of the most important viral pathogens in plants. In order to detect these viruses, plants with symptoms of mosaic, leaf deformation and rolling were collected during the growing season in 2013 from legume fields of Golestan Province. Total RNA of the samples was extracted, to confirm the infection. Then, samples were tested by reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) using potyvirus universal primers (Oligo1n/Oligo2n). Twelve out of 35 samples showed infection. Some of the infected samples were sequenced. Sequencing results revealed that samples are infected by Bean yellow mosaic virus (BYMV). The results showed that all BWMV sequences can be placed into 4 clades. Golestan isolate was grouped with isolates from Japan and Australia. Determination of the taxonomic position of CP gene in Iranian strain of BYMV and comparison with other strains of worldwide, identified origin, evolution and emergence of the strains in Iran and seems having foreign origin and maximum molecular and host variation occur in Eastern Asia. For result of this study, the broad bean with symptoms of mosaic, leaf deformation were Maximum infection of BYMV in other hosts.
  • Sa Hosseini*, A. Shabani, Hr Rezaei Pages 91-99
    This study was aimed to investigate the genetic diversity of zagros Mosquito fish (Aphanius vladykovi) which is a small plagic fish from cyprinodontidae family and an endemic fish of Chaharmahall-o-Bakhtiari Province, by using microsatellite markers. For this purpose 46 fishes were collected in fall 2011 from Chehelgazi and Madar-o-dokhtar spring. Six polymorphic microsatellite loci were used in this study. Number of observed alleles in populations with an average was 11.41 and the observed heterozygosity in the Chehelgazi and Madar-o-dokhtar spring was 0.993 and 0.957, respectively that indicated Aphanius long-term reproductive is a proof on reproductive success and increasing heterozygosity. The result of Fst (0.023) and Rst (0.092) indicated low genetic differentiation among populations. Analysis of Molecular Variance indicated only 2 percent genetic diversity between populations and genetic distance between populations was 0.322. Gene flow between two regions was equal to 19.097 that this high amount of gene flow may be affected by the statistical calculations. In the study of Hardy-Weinberg equilibrium, after Bonferroni correction factor, among the 12 tests of population-loci, 3 tests were in equilibrium. The present study indicated preliminary reasons and results for the existence of distinct populations of zagros Mosquito fish so attention and strict measures to protect of its genetic resources is essential.
  • S. Aligani*, S. Nasrollahnejad, M. Jafari, F. Zinati Fakhrabad Pages 101-109
    lately the symptoms of this viral diseases Lettuce mosaic virus (LMV) have become prevalent in lettuce farms. This virus destructive and economically important disease which is belonging to the genus potyvirus of potyviridae. In order to detect these viruses plants were visited, and 93 samples with mosaic, mottle, stunting and absence of natural crown symptoms were collected in 2013- 2014 from lettuce fields around Gorgan and transferred to the lab in plastic bags and beside the ice. samples were examined using DAS-ELISA serological test by LMV-IgG monoclonal antibodies. 80 samples with symptoms of mosaic, and mottle showed positive reactions to the ELISA test and yellowing symptoms had negative results. Some of the infected samples were chosen for sequencing. Total RNA of the samples was extracted to confirm the virus infection after cDNA syntheses, to amplify a partial fragment of protein coat gene (CP) by reverse transcription polymerase chain (RT-PCR) using potyvirus universal primers (Oligo1n/Oligo2n). The sequence were compared by different countries in Gen Bank. Multiple alignment and phylogenetic analysis performed by DNASTAR, DNAMAN, ClustalX programs and the neighbor-joinin method was drawn for phylogenetic tree. Sequencing results revealed the samples were infected by LMV. Phylogenetic analysis of iranian isolate (Golestan) showed 99.7% similarity at the nucleotide level with french isolate ) Z78229). this is the first report of sequencing of LMV virus protein coat from lectuce fields in Golestan province of Iran.
  • E. Nasirifar*, A. Esmailizadeh Koshkoiyeh, H. Moradian, S. Sohrabi Pages 111-119
    To identify quantitative trait loci (QTL) on chromosome 2 affecting carcass traits and its components, a paternal half-sib design was implemented in Japanese quail. Using a reciprocal cross between two strains, white (laying) and wild (broiler) of Japanese quail, 34 birds were obtained in F1 generation and 422 offspring related to 9 paternal half-sib families in 5 consecutive hatches were generated. Progeny from 9 paternal half-sib families were measured for carcass traits, and genotyped for four microsatellite markers on chromosome 2. QTL analysis was performed with least squares interval mapping method based on regression in across and individual paternal half-sib family. In across paternal half-sib family design traits of Pre-stomach weight and percentage close to the GUJ0084 marker in position 49 cM and pancreas percentage in 60 cM position and close to GUJ0093 marker were significant. In individual paternal half-sib family design in addition to the three traits mentioned in across family, 12 other traits in different situations and with the allele substitution effect had significant QTL. Percentage of QTL variance in individual family ranged from 6.67 to 33.87 and in across family ranged from 2.35 to 6.10. QTLs discovered for carcass traits in this study can be useful to survey candidate genes and marker-assisted selection for carcass traits in the Japanese quail.
  • L. Alikhani, N. Shabanian, H. Badakhshan*, M. Shafie Rahmani Pages 121-133
    Identification of genetic diversity and sustainable management of genetic resources is essential for confronting against degrading pressures of local dwellers on genetic resources of oak-dominated Zagros forests. The goal of this study was to investigate genetic diversity among 150 individuals of Quercus infectoria representing ten populations from north-Zagros forests using start codon targeted (SCoT) polymorphism marker and leaf morphological and biochemical characteristics. High variability was revealed between populations according to both morphological and biochemical characteristics of leaves. Based on morphological and biochemical data the studied populations divided into three main clusters. Ten selected SCoT primers generated 136 bands, of which 135 bands (99%) were polymorphic. Genotypic analysis of molecular variance (AMOVA) indicated that most of the genetic variability (76%) existed within populations but significant differences were also found between populations. Extensive gene flow via wind-mediated pollination in oaks might be important factor for explaining this situation. SCoT primers-based cluster analysis grouped the populations into distinct clusters without any clear relationship with their geographic origin. The information documented in this paper could be valuable for establishment of conservation strategies for genetic resources of gall oak of north-Zagros forests.
  • N. Alemi, H. Soltanloo*, A. Yamchi, Ss Ramezanpour *, S. Navabpour Pages 135-142
    Fusarium pathogen infect wheat globally and cause a devastating disease namely Fusarium head blight (FHB) which have a significant impact not only on global wheat production, but also on food safety because of grain contamination during infection with trichothecene mycotoxins, such as deoxynivalenol (DON). In the present study, the response of wheat alcohol dehydrogenase (ADH1) gene to DON, Fusarium culture extract and vital Fusarium infection has been investigated in different tissue and developmental stages of wheat FHB resistance and susceptible genotypes. Real-time PCR analysis revealed that treatment of wheat spikelet with DON rapidly induced transcripts of ADH1 gene within 12h more highly in FHB resistance genotype, Sumai3 and Frontana. However similar pattern of gene expression was observed in hypocotyl, root and leaf tissue at seedling stage while ADH1 gene were more highly expressed in wheat spikelet tissue at adult plant rather than seedling stage. Expression pattern of ADH1 gene in response to DON infection singly and or within culture extract and vital pathogen are consistent with a model in which DON could be act as an elicitor for expression of ADH1 gene which encode class I alcohol dehydrogenase enzyme may plays a major role in detoxifying deoxynivalenol and related trichothecene mycotoxins compounds during early stage of fusarium infection in resistance cultivar.
  • R. Haghighi, V. Mohammadi*, A. Abasi Pages 143-148
    Enviromental stresses are the most important factors limiting crops production worldwide. Being a member of CDPK family, AtCDPK5 gene plays an important role in plant defense responses to abiotic stresses. The objective of this study was to clone AtCDPK5 and transfer it to tobacco in order to increase abiotic stress resistance. Total RNA extracted from Arabidopsis thaliana leaves and converted into cDNA. AtCDPK5 was amplified by PCR with specific primers and transformed to pGEM-T easy vector and cloned in E.coli. The integrity of the construct was verified by colony PCR on the clones grown in LB medium containing Ampycilin. The gene fragment was inserted into pBI121 vector and then cloned in E.coli. The clones were grown in LB medium containing kanamycin and the integrity of the construct was verified by colony PCR. The recombinant plasmid was introduced into Agrobacterium tumefaciens. The constructions were transformed by Agroinfection method into of tobacco explants. After plant adaptation period, plants were moved into pots and kept in greenhouse. Transgenic plants were selected by Kanamycin, Sephotaxim and Rifampsin resistance. Trasformation was also verified on cDNA level by PCR with specific primers.
  • D. Naderi*, M. Solouki, B. Fakheri Pages 149-154
    In this study, samples were treated with external application of abscisic acid (300 ppm) at two-stages in Vegetative stage after 4 months growth of 8-day spray interval and 500 ppm for abscisic acid (ABA) and cytokinine (BAP) hormone only at one stage for FLS gene expression using Real Time PCR. The purpose of using abscisic acid in two stages was to find the effect of hormone concentration and abscisic acid durability on FLS gene expression. Analysis of data performed using Pfaffl method and REST software. Evaluation of flavonol synthase gene expression using SAS software and Duncan test proved that the mean change for treatments was obtained to the 1.4- 2.4-fold compared to the control sample. Second treatment (implementation of 300 ppm ABA in second stage) resulted the greatest affect on flavonol synthase gene expression and was significant in 1%, (p
  • Khoshbakht M., Sohani Mm*, Rezadoost Mh, Zamani Ah, Fatah B., Golein B., Afsharifar A Pages 607-618
    Agrobacterium mediated transformation is a routine approach for stable transformation of crop plants. In the present research EHA105 strain of Agrobacterium harboring pFGC5941 binary vector was used to transform sour orange. A three-day culture was performed in order to induce virulence genes. Seeds were cultured in MS medium for three weeks in darkness followed by 10 days at 16-h photoperiod. Epicotyl-originated explants were extracted and cultured in regeneration medium at different concentrations and combination of BAP (0, 1 and 2 mg/l) and NAA (0, 100 and 200 mg/l). Effects of longitudinal incision at the end of explants on regeneration, concentration of Acetosyringone, effects of vacuum as well as two carbohydrate sources on transformation efficiency were analysed. Confirmation of transformation was achieved using selectable medium contain Basta herbicide as well as PCR analysis via three gene specific primers. The highest transformation efficiency was achieved in the presence of 2 mg/l BAP, 0.25 mg/l NAA from explants derived from dark grown seedlings. The highest transformation efficiency was achieved in the lack of Acetosyringone and presence of glucose in induction medium. Putative transformed seedlings are kept in growth room for further analysis regarding resistance to citrus tristeza virus pathogen.
  • Teimouri M., Jorsarayi Sga, Karimian M., Hosseinzadeh Colagar A.* Pages 619-621
    The NR5A1 gene, a member of the nuclear receptor family, is a key transcriptional regulator of genes involved in the hypothalamic-pituitary-steroidogenic axis. Some mutations in this gene such as c.392C>T, c.571C>T, c.634G>A and c.712G>A may be associated with abnormal spermatogenesis. The aim of this study was to investigate the association of 368G>C transversion and 386C>T transition in NR5A1 gene with male infertility. In a case-control study, blood samples were collected from 70 infertile men and 75 fertile men as control group. After DNA extraction from case and control samples, the genotypes of 367G>C and 386C>T in NR5A1 gene were detected by PCR-RFLP. Regard to 368G>C transversion, our statistical analysis revealed that GC genotype (OR: 1.69, 95%CI: 0.46-6.26, P= 0.43) and CC genotype (OR: 3.38, 95%CI: 0.13-84.41, P= 0.46) is not associated with idiopathic male infertility. Also C allele (OR: 2.21, 95%CI: 0.65-7.52, P= 0.20) is not associated with male infertility. Regarding to 386C>T, only one sample in control group was detected as CT genotype whereas other samples were CC genotype. Therefore CT genotype (OR: 0.35, 95%CI: 0.01-8.79, P= 0.52) is not associated with male infertility. Our finding showed that aforementioned substitutions are not appropriate biomarkers for idiopathic male infertility. Therefore it is important to study the association of other single nucleotide mutations with male infertility.
  • Ranjbar Hr*, Yarmohammadi M., Sajjadi Mm, Kazemi R Pages 623-631
    The SOX9 gene is one of the important transcription factors in the development of many tissues and organs, particularly in sex determination and chondrogenesis among vertebrates. Persian sturgeon (Acipenser persicus) is one of the most important species that is native to the southern coast of the Caspian Sea. This species due to economic value and early maturation compared to other farmed species such as Beluga is considered as main candidate species for aquaculture. The purpose of this study was to investigate the characterization of partial sequence of SOX9 and its expression in various tissues using Real Time PCR. Ten different tissues of Persian sturgeon (gills, pyloric, spleen, gonads, kidney, intestine, heart, skin, liver and muscle) were analyzed. Sequence analysis revealed a 210-bp cDNA and then it registered in NCBI gene bank (KP300013). The results showed that the SOX9 mRNA was detected in most tissues and the maximum expression was measured in gill (0.26±0.5). According to the present results, it seems that in early stages, SOX9 may have a lesser role in sex determination and more involved in other developmental processes such as cartilage forming.
  • Golshani F. *, Fakheri Ba Pages 633-646
    In order to map genomic regions controlling some physiological traits, an experiment was investigated in the Steptoe/Morex doubled haploid lines of barley with their parents under nickel stress and non stress conditions, Traits such as PI, Fv/Fm, Chlorophyll content, RWC, CMS, total Ni, Zn, Mn, Cu and Fe were measured. Qantitive Traits Loci analysis was carried out using genetic linkage map derived from 327 molecular marker of RFLP with composite interval mapping method. Analysis of variance showed significant difference between the lines of the studied traits in nickel stress and non stress conditions. The maximum correlation in non stress and stress conditions were observed between total Mn and Zn, respectively. We found 36 QTLs (20 and 16 QTLs for non stress and nickel stress conditions, respectively). For the studied traits. The minimum and maximum phenotypic variances which were explained by these QTLs changed from 10.09 (QMnk2H.1n) to 54.82 (QMnk7H.3n) percent, for total Mn in non stress condition. LOD scores were ranged from 2.53 to 4.55, for the Fv/Fm QTLs (QFv/Fm5H.1s and QFv/Fm5H.2s) and total Zn (QZnk6H.2s) in nickel stress condition respectively. P1 parent had higher role in transport of effective allele in physiological traits. QTLs QFek4H.n and QFek4H.1s is ranged from 48.50 to 49.50 cM of chromosome 4H, controlling total Fe, QTLs QNik5H.1n and QNik5H.1s in Location from 145.30 cM and QTLs QNik5H.2n and QNik5H.2s in place of 151.50 cM of chromosome 5H, controlling total Ni were quite stable. Therefore, if this result would repeat in different environment, years and genotypes, it can be used in marker assisted selection.
  • Khairy F.*, Rahnama K., Yamchi A. Pages 649-659
    Fusarium wilt of melon is one of the most common disease of this crop in the world and specially Iran. Using resistant cultivars is still the most effective method of management of this disease. However, for screening cultivars for resistance, knowledge of genetic diversity of a fungal population is necessary. In this study, genetic diversity of the pathogen in Khorassan provinces was studied. twenty isolates of F. oxysporum, the causal agent of melon wilt was from Khorasan province (collection of the department of plant protection at Gorgan Agricultural university) have been selected and their genetic diversity was studied using VCG and ISSR techniques. For VCG method, At first nit mutants were generated on chlorate media and then nit mutants were assigned to different phenotypic classes on the basis of their growth on media containing one of the five different nitrogen sources (NaNO3, NaNO2, Ammonium nitrate, uric acid and Hypoxanthine). 68% of nit mutants were classified to nit1, 18% to nit3 and 14% to NitM phenotypic classes. In order to complete tests and determining VCGs, all NitM mutants of every isolate were paired with nit1 or nit3mutants of other isolates. As a result, among the isolates vegetative incompatibility were observed, and isolates were grouped into 20 VCGs. In addition, genetic diversity of theses isolates was studied using twenty primers. Cluster analysis of ISSR data using UPGMA method and SM’s coefficient distinguished 5 main groups at 60% similarity level. This results showed there was significant genetic variation among F. oxysporum f. sp. melonis isolates in Khorassan. On the other hand according to cluster analysis it was determined that there was no specific correlation between geographical regions and genotypic groups.
  • Najafi M.*, Rahimi Mianji G., Ansari Pirsaraie Z., Rouhi Ma Pages 661-667
    Genotyping using direct analysis of DNA has a considerable importance in plants and animals breeding, also for diagnosis and evaluation of genetic disorders in plants, animals and in forensic science. The melting curve analysis method is one of the most cost-effective genotyping methods that can be used in relevant studies. In order to evaluate the performance of this technique, the current study was performed for detection of single nucleotide polymorphisms (SNPs) PrP gene in sheep. The DNA was extracted from 145 blood samples of Naieni sheep from Esfahan province with modified salting out method. After amplification of the desired fragment by polymerase chain reaction (PCR) genotyping of samples was carried out by melting curve analysis technique. In the following, the two methods of PCR-SSCP and direct sequencing method were used to confirm the genotyping results. The results of the present study showed that nine genotypes were observed at PrP locus in studied sheep population. But, due to multiple SNP at the amplified fragment, it cannot possible to exactly predict each genotype by melting curve analysis. With the results obtained from this study it can be concluded that melting curve analysis technique easily separates genotypes occurred by a single nucleotide substitution in one amplified fragment (single marker site), but because of the complexity of the presence of several SNP in an amplified fragment (multiple marker sites), it is not easily possible to separate each genotypes specifically. According to the advantages of melting curve analysis technique for isolation of genotypes, it is suggested that more research should be done for resolving the limitations of this technique for amplified fragments carrying multiple marker sites.
  • Raeisi S.*, Naghavi Mr, Taleei Al Soltanloo H., Ranjbar M Pages 669-676
    Medicinal plants have had important roles in traditional medicine since ancient times. Secondary metabolites produced in plants have many applications in medicine, pharmacology and industry. The genus Artemisia is very important due to the production of sesquiterpene Artemisinin and many other compounds. Various sesquiterpenes production is catalyzed from central intermediate farnesyl diphosphate, by sesquiterpene enzymes. In this study seven Artemisia species local to Iran were planted. Flower tissues were sampled in flowering phase, in three biological replications. The relative expression of one prenyle transferase (Farnesyl diphophate synthase) and two sesquiterpene synthases (beta-caryophyllene synthase and beta-farnesene synthase) was studied by Real-time PCR. Artemisia annua was considered as the reference species. Besides, gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS) was applied to investigate the end products produced by each terpene synthases. The results showed that the expression of terpene synthase genes is consistent with their products obtained in GC-MS. The maximum level of expression for terpene synthase-encoding genes was achieved for A. scoparia. Moreover, the results from GC-MS indicated the highest amount of production of beta-caryophyllene and beta-farnesene in this species. It can be concluded that the biosynthesis pathways of sesquiterpenes may be regulated by its specific sesquiterpene synthase.
  • Aghaali Z., Alipour Yamchi H., Bihamta Mr, Abdollahi Mandoulakani B.* Pages 675-684
    Drought stress is the major limiting factor to crop production especially chickpea. Terminal drought has been leading to more than 50% of yield losses in this plant. In this study, association mapping was used to identify molecular markers associated with traits related to drought tolerance in 64 chickpea landraces. Genotypes were cultivated in a simple lattice design (8×8) and phenotyped for 17 various traits related to drought stress. Eighteen IRAP (Inter retrotransposon amplified polymorphism) and REMAP (Retrotransposon-microsatellite amplified polymorphism) primers were used to assess the genetic diversity of the genotypes. 129 loci were amplified which 88 (64.34%) was polymorphic among landraces. Population structure analysis using Bayesian approach revealed 11 groups in studied chickpea landraces. Fst mean values of the groups was more than 0.5, indicating remarkable differentiation among the groups. Association mapping using mixed linear model (MLM) identified 28 markers associated with 17 traits at the 5% and 1% significant levels. Maximum number of associated loci was identified for width of main branches. Some markers were associated with more than one trait. After confirmation and validation of the identified markers, they can be used in chickpea breeding programs for developing superior varieties with enhanced drought tolerance.