فهرست مطالب
دو ماهنامه میکروب شناسی پزشکی ایران
سال نهم شماره 4 (زمستان 1394)
- تاریخ انتشار: 1395/01/11
- تعداد عناوین: 13
-
- مقالات مروری
-
صفحات 1-15زمینه و هدفمطالعات متعدد آلودگی منابع آب طبیعی و مصنوعی را به باکتری لژیونلا بررسی کرده است. هدف این پژوهش، مرور نظام مند وضعیت آلودگی منابع آب طبیعی و مصنوعی به باکتری لژیونلا در ایران و جهان می باشد.مواد و روش هادر این مطالعه جستجوی نظام مند مقالات در منابع الکترونیکی معتبر PubMed، ScinceDirect، Springerlink و Google Scholar، SID،Iranmedex ، Irandoc و Magiran بدون محدویت زمانی صورت گرفت. بررسی و انتخاب مقالات بر اساس چک لیست PRISMA و استانداردهای ارزیابی کیفیت Cochrane انجام شد. از میان 1386 مقاله یافت شده تعداد 56 مطالعه مرتبط انتخاب شدند. مقالاتی که شناسائی و جداسازی گونه های لژیونلا را با روش کشت و واکنش های زنجیره ای پلی مراز انجام داده بودند وارد مطالعه شدند. اطلاعات استخراج شده در یک جدول طبقه بندی و آنالیز داده ها و رسم نمودارها با نرم افزار Excel انجام شد.یافته هااز 56 مقاله انتخاب شده به ترتیب 9 و 47 مقاله به مطالعات انجام شده در ایران و سایر کشورها مربوط بود. در ایران 70%-7/5% از نمونه ها به لژیونلا آلوده است. در مراکز بیمارستانی ایران 41/75%-2/85% نمونه ها به لژیونلا پنوموفیلا آلوده و در سایر کشورها 100-0% نمونه ها آلوده است. در مراکز بیمارستانی سایر کشورها 98/7-17% نمونه ها به لژیونلا پنوموفیلا آلوده هستند.نتیجه گیریهر چند در ایران آلودگی به لژیونلا کمتر از سایر کشورها است اما براساس استاندارد سازمان جهانی بهداشت (CFU/l 1) در مورد باکتری لژیونلابرنامه ریزی برای کنترل و عفونت های ناشی از آن از مهم ترین اولویت های بهداشتی است.کلیدواژگان: آب، لژیونلا، ایران، مرور نظام مند
- مقالات پژوهشی
-
صفحات 16-23سابقه و هدفعفونت های ناشی از گونه های استافیلوکوکوس مرتبط با بیوفیلم همچنان به عنوان یک نگرانی بالینی جدی در بیماران استفاده کننده از ابزارهای پزشکی مطرح بوده و به عنوان منبعی برای ایجاد عفونت های بیمارستانی محسوب می گردند. ژن های مربوط به اوپرون ica پلی ساکاریدهای چسبنده بین سلولی را تولید می کنند که مستقیما در تشکیل بیوفیلم وعفونت زایی این باکتری نقش اصلی را دارد. در این مطالعه به بررسی میزان حضور ژن های اپرون ica مرتبط با بیوفیلم و بررسی توانایی اتصال و پتانسیل تولید بیوفیلم در ایزوله های بالینی ایزوله استافیلوکوکوس اورئوس و استافیلوکوکوس اپیدرمیدیس پرداخته شده است.مواد و روش کاردر این مطالعه تعداد27 ایزوله استافیلوکوکوس اورئوس و 73 ایزوله استافیلوکوکوس اپیدرمیدیس با روش های بیوشیمیایی معمول تعیین هویت شدند. توانایی تشکیل بیوفیلم با استفاده از دو روش کنگورد و لوله ای بررسی شد. سپس با استفاده از روش PCR حضور ژن های اپرون ica در تمام ایزوله ها مورد ارزیابی قرار گرفت.یافته هادر این بررسی ازتعداد 27 و 73 ایزوله استافیلوکوک اورئوس و استافیلوکوک اپیدرمیدیس به ترتیب 25 و 70 ایزوله توانایی تشکیل بیوفیلم را داشتند. آنالیز ژنتیکی نشان داد که اپرونicaADBC به ترتیب در 4% و 11% ایزوله های استافیلوکوک اورئوس و اپیدرمیدیس یافت شدند. میزان فراوانی icaA ، icaB و icaC در استافیلوکوک اپیدرمیدیس بیشتر از استافیلوکوک اورئوس بوددر حالیکه ژن icaD در ایزوله های استافیلوکوک اورئوس بیشتر مشاهده گردید.نتیجه گیرینتایج به دست آمده نشان داد که مطابق با مطالعات دیگر؛ تشکیل بیوفیلم در ایزوله استافیلوکوکی با حضور اپران ica همراه نیست و احتمالا به عوامل متعددی بستگی دارد.کلیدواژگان: بیوفیلم، اپرون ica، فنوتیپ، استافیلوکوکوس
-
صفحات 24-31سابقه و هدفمایکوپلاسماها کوچک ترین باکتری های خود تکثیر پلئومورف با قطری در حدود 200-500 نانومتر و فاقد دیواره سلولی هستند. به دلیل اندازه کوچک و انعطاف پذیری ساختار آن ها به راحتی از فیلترهای غشایی عبور کرده و سبب آلودگی می گردند. این میکروارگانیسم های منحصربه فرد در طبیعت عامل طیف وسیعی از بیماری ها در میان جانداران به خصوص بیماری های تنفسی و تناسلی در میان جوندگان است. هدف از انجام این مطالعه جداسازی و شناسایی مولکولی مایکوپلاسما از موش های نژاد رت است.روش هابه منظور جداسازی مایکوپلاسما پالمونیس، نمونه های نای جمع آوری و روی محیط Medium 243 کشت داده شده و در محیط میکروآئروفیل قرار داده شد. از باکتری های رشد کرده DNA کروموزومی جدا کرده و بعد از PCR بر روی ژن 16s rRNA آن، محصول PCR تعیین ترادف بازی گردید و درنهایت جهت شناسایی دقیق باکتری جداشده، ترادف بازی مورد BLAST قرار گرفت.یافته هاباکتری های جداسازی شده ازنظر ماکروسکوپی، بر روی محیط کشت اختصاصی (Medium 243) کلنی هایی به فرم زرده تخم مرغی ایجاد کرد. نتیجه بررسی تعیین ترادف بازی ژن 16srRNA نشان داد که باکتری جداشده متعلق به جنس مایکوپلاسما است و دارای 99% شباهت به گونه مایکوپلاسما پالمونیس است.نتیجه گیریبا توجه به عدم شباهت 100%، باکتری جداشده سویه جدید است با نام مایکوپلاسما پالمونیس سویه IRMT179 نام گذاری گردید و درنهایت در بانک ژن جهانی با شماره دسترسی 836312KP ثبت گردید. این مطالعه اولین تحقیق در خصوص جداسازی مایکوپلاسما پالمونیس از سیستم تنفسی موش های نژاد رت شهری در کشور است.کلیدواژگان: جداسازی، مایکوپلاسما، رت، 16SrRNA
-
صفحات 32-39زمینه و هدفامروزه، میزان افزایش مقاومت به دارو در میان سویه های اسینتوباکتر بومانی یک نگرانی بزرگ در سرتاسر جهان است. رایج ترین مکانیسم مقاومت، تولید بتالاکتامازها می باشد که ژن های آنها اغلب بر روی عناصر ژنتیکی متحرک مانند پلاسمیدها قرار دارند، لذا، هدف از این مطالعه تعیین فراوانی ژن های blaNDM، blaGIM، blaAIM، blaDIM و blaVIM در ایزوله های اسینتوباکتر بومانی جدا شده از بیماران بستری می باشد.مواد و روش کاراز خرداد ماه سال 1391 تا مرداد ماه سال 1392 ، 108 سویه اسینتوباکتر بومانی از خون، زخم ، ادرار ، خلط و مجاری تنفسی بیماران بستری در بیمارستان های لقمان حکیم و بیمارستان میلاد جدا شد. برای تعیین الگوی حساسیت آنتی بیوتیکی از روش های دیسک دیفیوژن و میکرودایلوشن براث بر طبق رهنمودهای CLSI استفاده گردید. شناسایی سویه های تولید کننده متالوبتالاکتاماز (MBL) به وسیله Combined Disk Diffusion Test (CDDT) مورد بررسی قرار گرفت و سپس تشخیص ژنهای متالوبتالاکتاماز به روش های PCR انجام شد.یافته هامیزان مقاومت سویه های جدا شده به آنتی بیوتیک های تست شده به این ترتیب بود: 103 (95/4%) به سفتازیدیم، 108 (100%) به سفوتاکسیم، 105 (95/7%) به سفپیم، 99 (91/7%) به مروپنم، 87 (80/6%) به آمیکاسین، 105 (97/2%) به پیپراسیلین، 100 (92/6%) به سیپروفلوکساسین، 103 (95/4%) به پیپراسیلین-تازوباکتام، 44 (49/7%) به جنتامایسین، 106 (98/1%) به آمپی سیلین-سولباکتام، 106 (98/1%) به کوتریموکسازول ، 87 (80/6%) به تتراسایکلین، 1 (1/8%) به کلیستین. با استفاده از روش CDDT فراوانی اسینتوباکتر بومانی تولید کننده MBL به ترتیب 86 (80/6%) بود. 15(17/44%) از ایزوله ها دارای ژن blaVIM بودند و بقیه ژنها در سویه ها دیده نشد.
بحث: شیوع سویه های اسینتوباکتر بومانی تولید کننده متالوبتالاکتاماز شناسایی شده در این مطالعه نگران کننده می باشد که نیاز به اقدامات کنترل عفونت از جمله مدیریت مصرف آنتی بیوتیک ها و شناسایی سریع ایزوله های مقاوم می باشد.کلیدواژگان: اسینتوباکتر بومانی، متالوبتالاکتاماز، مقاومت آنتی بیوتیکی -
صفحات 40-46مقدمه و اهدافسودوموناس ائروژینوزا یک بیماری زای فرصت طلب است. درمان عفونت های ناشی از بیوفیلم با داروهای جاری مشکل است. در این مطالعه اثر ضد باکتریایی و ضد بیوفیلمی عسل در مقابل 40 ایزوله سودوموناس ائروژینوزا بررسی شده است.مواد و روش هااثر ضد میکروبی عسل توسط روش های حداقل غلظت مهارکنندگی (MIC) و حداقل غلظت کشندگی باکتری (MBC) ارزیابی شد. فعالیت ضد بیوفیلمی عسل مورد تست به روش میکرو پلیت ((MTP و کنگو رد آگار و روش لوله ای انجام گردید.نتایجغربالگری اولیه نشان داد که از 80 سودوموناس ائروژینوزا 40 ایزوله تولید کننده بیوفیلم بودند. نتایج حاصل از تست های انجام شده نشان داد که عسل دارای خاصیت ضد میکروبی روی نوع پلانکتونی سودوموناس ائروژینوزا می باشند. MIC عسل پولک کلیبر، بابونه سهند و یونجه سهند در مقابل ایزوله های سودوموناس ائروژینوزا به ترتیب 25- 6/25 و 25- 12/5 و 25- 12/5 w/v % بود. هم چنین عسل فعالیت ضد بیوفیلمی قابل توجهی دارند.نتیجه گیریاثرات ضد باکتریائی عسل در هر دو شکل آزاد و بیوفیلمی مشاهده شد، گرچه غلظت های بالاتری از عسل برای مهار بیوفیلم نیاز بود. این مطالعه پتانسیل ضد میکروبی و ضد بیوفیلمی عسل را تایید می کند و می توان از آن در درمان عفونت های باکتریایی استفاده کرد.کلیدواژگان: بیوفیلم، عسل، پسودوموناس ائروژینوز
-
صفحات 47-54زمینه و اهدافپروبیوتیک ها مکمل های غذایی میکروبی هستند،که با ایجاد تعادل میکروبی روده اثرات مفیدی بر روی میزبان می گذارند .در این مطالعه، هدف ما شناسایی و بررسی خواص پروبیوتیکی باکتری های اسید لاکتیک بومی بر اساس ویژیگی های فنوتیپی و ژنوتیپی است.مواد و روش هاتعدادی از باکتری های اسید لاکتیک جدا شده از محصولات لبنی براساس ویژگی های فنوتیپی شناسایی و سپس جهت ارزیابی خصوصیات پروبیوتیکی مورد بررسی قرار گرفتند. نمونه ها از نظر مقاومت به اسید و نمک صفرا، فعالیت ضد میکروبی، کاهش کلسترول مورد آزمایش قرار گرفته و آنهایی که به عنوان پروبیوتیک شناسایی شدند به وسیلهی پرایمر های عمومی 16SrRNA تعیین توالی و در سطح گونه شناسایی و ثبت گردیدند.یافته هااز 20 نمونه باکتری های اسید لاکتیک جدا شده، 3 نمونه نسبت به شرایط اسیدی (2/5 pH) و 5 نمونه به در صد های متفاوت نمک صفرا (1-0/3) مقاوم بودند. از بین این 5 نمونه، 3 نمونه به طور قابل توجهی توانایی کاهش کلسترول در عرض 2 ساعت انکوباسیون به میزانهای 95/73، 94/8 و 97/82 درصد را نشان دادند. در انتها 5 نمونه براساس 16SrRNA تعیین توالی و به عنوان L. plantarum سویه 22SN ،NPN0022SN ،24SN، 10 و Lactobacillus rhamnosus SN30 شناسایی شدند.نتیجه گیریباکتری های اسید لاکتیک جدا شده در این مطالعه دارای خواص پروبیوتیکی بوده و می توانند در آینده به عنوان پروبیوتیک در محصولات انسانی و دام و طیور مورد استفاده قرار گیرند.کلیدواژگان: باکتری های اسید لاکتیک، پروبیوتیک، RNA ribosomal 16S، واکنش زنجیره ای پلیمراز
-
صفحات 55-62زمینه و اهدافسویه های پاتوژن سودوموناس آئروژینوزا پیلی قطبی تولید می کند که برای تحرک، چسبندگی و تهاجم مورد نیاز است. هدف از این مطالعه تولید و تخلیص پروتئین نوترکیب پیلین می باشد.مواد و روش هاژن کد کننده پیلین (pilA) از سویه PAO1 سودوموناس آئروژینوزا با بوسیله PCR جدا گردید و در وکتور بیانی pET-22b کلون شد. تایید ساختار وکتور نوترکیب به وسیله ی هضم آنزیمی دوگانه و تعیین توالی صورت گرفت. وکتور نوترکیب به داخلی باکتری (E.coli BL21(DE3 ترانسفورم شد و تخلیص پروتئین نوترکیب بوسیله کروماتوگرافی تمایلی انجام شد. آزمون وسترن بلات با استفاده از توسط آنتی بادی ضد پلی هیستیدنی انجام شد.یافته هانتایج تعیین توالی و هضم آنزیمی صحت کلونینگ را تایید نمود. الکتروفورز پروتئین نشان داد که وزن مولکولی پروتئین نوترکیب پیلین حدود 19 کیلودالتون می باشد. همچنین نتایج آزمون وسترن بلات تولید پروتین نوترکیب را تایید کرد. مقدار پروتئین تولید شده که به روش اسپکتروفتومتری مستقیم اندازه گیری شد که مقدار ان.58/2 میلی گرم به هر میلی لیتر تعیین شد.نتیجه گیرینتایج وسترن بلات و الیزا به موازات نتایج تعیین توالی نشان دهنده صحت تولید پروتئین نوترکیب پیلین و حفظ ساختار نسبی آن می باشد.کلیدواژگان: پروتئین پیلین سودوموناس آئروژینوزا، کلونینگ، بیان
-
صفحات 63-72زمینه و اهدافآلودگی محیط زیست با آلاینده های نفتی یکی از نگرانی های جهانی است. هدف از این پژوهش جداسازی و بررسی توانمندی قارچ های بومی ایران به منظور پاکسازی مناطق آلوده به ترکیبات نفتی می باشد.مواد و روش هاابتدا نمونه های خاک آلوده به نفت جمع آوری و در محیط پایه حداقل نمک همراه با 1% نفت خام و کلرامفنیکل به مدت سه هفته غنی سازی و جدایه ها خالص سازی شد. در ادامه توانمندی هر یک از جدایه ها از نظر میزان تخریب نفت خام با استفاده از روش سنجش کل محتوای هیدروکربنی نفت (TPH) در420 نانومتر اندازه گیری شد. جهت تایید میزان حذف نفت، محتوای هیدروکربنی باقیمانده با روش FT-IR نیز بررسی شد. سپس فعالیت لاکازی جدایه منتخب ارزیابی گشت. در نهایت برترین جدایه از طریق ریخت شناسی و مولکولی شناسایی گردید.یافته هادر این مطالعه 30 گونه قارچی جداسازی شد. تست TPH در این جدایه ها نشان داد که جدایه G-05 با 66% میزان حذف نفت طی 15 روز توانمندترین جدایه در حذف هیدروکربن های نفتی می باشد. آنالیز FTIR نیز حاکی از حذف 90% ترکیبات آلیفاتیک توسط این جدایه بود. همچنین ارزیابی فعالیت لاکاز نشان داد این جدایه قادر به تولید U/L 1440 آنزیم در انتهای روز 15 می باشد. حضور آنزیم لاکاز در این جدایه نشان داد که استفاده از آنزیم های لیگنولیتیک و به صورت غیر اختصاصی مسیر تجزیه هیدروکربن های نفتی در این جدایه است. شناسایی های ریخت شناسی و مولکولی نشان داد که G-05 متعلق به جنس Phaeosphaeria spp. می باشد.
بحث: با وجود توانمندی بالای قارچ ها در حذف زیستی آلاینده ها مطالعات کمی در این زمینه صورت گرفته است. نتایج به دست آمده نشان می دهد جدایه Phaeosphaeria spp. UTMC 5003برای اولین بار در جهت حذف زیستی نفت به عنوان قارچی توانمند در پاک سازی خاک های آلوده به هیدروکربن های نفتی در دنیا گزارش شده است.کلیدواژگان: قارچ، حذف زیستی، نفت خام، Phaeosphaeria spp -
صفحات 73-78زمینه و اهدافدر ویروس هپاتیت B یکی از مشکلات اصلی درمان با لامیوودین، پیدایش موتاسیون در موتیف YMDD در ژن پلی مراز (P) ویروس است، که باعث موتاسیون مقاوم به لامیوودین می شود. هدف از این مطالعه، بررسی شیوع موتانت های YMDD در میان بیماران مبتلا به هپاتیت B مزمن و دریافت کنندگان پیوند کلیه را بود.مواد و روش هادر این مطالعه، 80 بیمار دریافت کننده پیوند کلیه در شهر تهران که آلوده به عفونت مزمن HBV بودند، مورد بررسی قرار گرفتند. سرم خون جمع آوری شده از بیماران توسط آزمایشات مولکولی(Nested PCR) برای آنتی ژن سطحی ویروس هپاتیت B مطالعه گردید. بعد از انجام تست های آزمایشگاهی، نتایج با نرم افزارهای اختصاصی مولکولی آنالیز شدند.یافته هادر این مطالعه از 80 نفر مورد بررسی ، 30 نفر HBV DNA آنها مثبت شد. این افراد در محدوده سنی 74-28 سال با میانگین سنی 23 ± 51 بودند. وجود موتاسیون های مقاومت به لامیوودین در ناحیه YMDDدر میان 12 بیمار هپاتیت B مزمن شناسایی شد (40%بیماران).
بحث: در مورد مصرف لامیوودین در بیماران دریافت کننده پیوند کلیه و مبتلا به عفونت مزمن اHBV هنوز ناشناخته های زیادی مطرح است. ولی آنچه که بیشتر مطالعات آن را تایید کرده اند آنست که مصرف این دارو در این بیماران مطمئن است و بهتر است قبل از پیوند کلیه مصرف آن آغاز شود. پیگیری Follow up)) بیماران مبتلا به HBV و دریافت کننده های پیوند کلیه که تحت درمان با لامیوودین قرار دارند، از نظر مصرف داروهای ایمنوساپرسیو و آنالیز مولکولی HBV-DNA در مراحل مختلف بیماری شان، توصیه می شود. به این ترتیب امکان بررسی تاثیر این موتاسیونها در درمان هپاتیت B در بیمارانی که دریافت کننده داروهای ایمنو ساپرسیو فراهم می شود.کلیدواژگان: ویروس هپاتیت B، دریافت کننده کلیه، موتاسیون -
صفحات 79-86زمینه و اهدافحدود 350 میلیون نفر در جهان حامل مزمن ویروس هپاتیت B می باشند. پرسنل علوم پزشکی یکی از مهم ترین گروه های شغلی در معرض خطر ابتلا به این ویروس هستند. علیرغم واکسیناسیون، در برخی از افراد پس از مدتی تیتر آنتی بادی کاهش می یابد و در صورت مواجهه با مواد آلوده، امکان ابتلا به عفونت با ویروس هپاتیت B وجود دارد. این مطالعه به بررسی برخی مارکرهای سرولوژیک هپاتیت B در بین دانشجویان دانشگاه علوم پزشکی بابل می پردازد.مواد و روش ها236 دانشجوی دانشگاه علوم پزشکی بابل وارد مطالعه شدند. برای تمامی دانشجویان شرکت کننده، پرسشنامه ای شامل اطلاعات دموگرافیک، سابقه اولین و آخرین دوز واکسیناسیون هپاتیت B، سابقه دریافت خون و فرآورده های خونی، سابقه اعمال جراحی و... تکمیل شد. مقدار 5 سی سی خون وریدی از هر فرد گرفته و سرم آن جدا و در فریزر 20- درجه سلسیوس نگهداری شد. آزمایش الیزا بر روی کلیه نمونه ها از نظر حضور مارکرهای Anti-HBs ، Anti-HBc و HBsAgبه صورت کیفی انجام شد.یافته هااز 236 دانشجوی مورد بررسی، 155 نفر (65/7%) دختر و 81 نفر (43/3%) پسر بودند که از این تعداد 194 نفر (82/2%) دوره واکسیناسیون کامل، 22 نفر (93/3%) دوره واکسیناسیون ناقص یا نزده و مابقی (8/5%) از وضعیت واکسیناسیون خود اطلاعی نداشتند. از نظر وجود Anti-HBs، 202 نفر (85/6%) مثبت و 34 نفر (14/4%) منفی بودند و Anti-HBc در 4 نفر (1/7%) مثبت گزارش می شود. همچنین، کلیه نمونه ها از نظر حضور HBsAg منفی هستند.نتیجه گیریحدود 15% از دانشجویان نسبت به HBV حساس هستند؛ بنابراین غربالگری قبل از ورود به دانشگاه برای آنتی بادی ضد HBV توصیه می شود. همچنین، مطالعات سرولوژیک در سالهای قبل از ورود به آموزشهای بالینی برای اطمینان از محافظت کافی پیش از تماس نزدیک دانشجویان با بیماران، ضروری می باشد.کلیدواژگان: هپاتیت B، مارکرهای سرولوژیک، واکسیناسیون، دانشجویان علوم پزشکی
-
صفحات 87-94زمینه و اهدافاکتینومیست های دریایی، باکتری های گرم مثبت، شمار زیادی متابولیت های ثانویه جدید تولید می کنند و منبع غنی از ترکیبات فعال زیستی ضدمیکروبی می باشند. از جمله منابع مهم اکتینومیست های جدید، رسوبات دریایی هستند که بعنوان منبعی از آنتی بیوتیک های جدید شناخته شده اند. هدف از این تحقیق جداسازی اکتینومیست های دریایی تولید کننده ترکیبات فعال زیستی از رسوبات بستر ساحل دیلم و بررسی پتانسیل تولید متابولیت های ضدقارچی توسط این میکروارگانیسم ها بود.مواد و روش هارسوبات از عمق ده سانتی متری ناحیه بین جزر و مدی ساحل دیلم جمع آوری شد. ابتدا نمونه های رسوب رقیق سازی شده و برای جداسازی اکتینومیست ها از محیط کشت استارچ کازئین آگار استفاده شد. جدایه ها توسط روش مورفولوژی و بیوشیمیایی شناسایی و جداسازی شدند. برای ارزیابی فعالیت ضد قارچی جدایه ها، از محیط کشت فاقد باکتری (سوپرناتانت) و از روش ایجاد چاهک استفاده شد.یافته هادر این تحقیق 8 جدایه اکتینومیست جداسازی و شناسایی شد. جدایه ها متعلق به جنس استرپتومایسس تشخیص داده شدند. نتایج تست های افتراقی نشان داد که همه جدایه ها کاتالاز و گرم مثبت، تعداد جدایه هایی که TSI، سیمون سیترات و اورنیتین دکربوکسیلاز مثبت بودند به ترتیب یک، دو و پنج جدایه بود. همه ایزوله ها لیزین دکربوکسیلاز، MR، VP، TSI و ایندول منفی بودند نتایج آزمون SIM نشان داد که همه ایزوله ها غیرمتحرک هستند، یک جدایه H2S تولید می کند و برخی از جدایه ها رنگیزه تولید می کنند. بیشتر جدایه ها فعالیت ضدقارچی مناسبی علیه قارچ های بیماریزا نشان دادند.
بحث: نتایج این تحقیق نشان داد که اکتینومیست های دریایی رسوبات ساحل دیلم منابع غنی از ترکیبات فعال زیستی هستند که فعالیت ضدقارچی قابل توجهی را نشان می دهند.کلیدواژگان: اکتینومیست های دریایی، ساحل دیلم، فعالیت ضدقارچی - مقالات کوتاه
-
صفحات 95-98زمینه و اهدافکمپیلوباکترها جزء باکتری های بیماریزاهای انسانی و حیوانی می باشند که از طریق حیوانات و محصولات حیوانی به انسان منتقل میگردند و باعث اسهال و بیماری های سیستمیک می شوند . کمپیلوباکتر ژژونی گونه اصلی و به عنوان بیماریزای شایع انسانی است . هدف از این تحقیق جد ا سازی کمپیلوباکتر ژژونی از مدفوع مرغ و بررسی الگوی مقاومت دارویی آنها می باشد.موادو روش هادر این مطالعه در طی دو سال، 600 نمونه مدفوعی بطورتصادفی از کشتارگاه اسلام کیش در حومه کرمان از قسمت سکوم مرغ جمع آوری شد. محتویات مدفوع بر روی محیط انتخابی کمپیلوباکتر حاوی آنتی بیوتیک و خون گوسفند تلقیح شد . سپس در شرایط میکروائروفیلیک در حرارت oc42 گرماگذاری شدند. کلنی های به دست آمده براساس تست های تشخیصی تائید شدند. الگوی مقاومت دارویی باکتری های جداشده، نسبت به سه آنتی بیوتیک تتراسیکلین ، آمپی سیلین و کوتریموکسازول با روش انتشار در آگار تعیین شد.
یافته ها و بحث : در این بررسی 190 (66/31درصد) باکتری کمپیلوباکتر ژژونی جدا شد. بررسی الگوی مقاومت داروئی میزان مقاومت کمپیلوباکترها نسبت به تتراسیکلین، آمپی سیلین و کوتریموکسازول را به ترتیب 54، 54 و 91 درصد نشان داد با توجه به نتایج به دست آمده درصد بالایی ازایزوله های کمپیلوباکترژزونی جداشده در کرمان نسبت به کوتریموکسازول مقاوم بودند.کلیدواژگان: مدفوع مرغ، کمپیلوباکتر، مقاومت داروئی -
صفحات 99-104زمینه و اهدافیکی از مهمترین عفونتهای کودکان، عفونت دستگاه ادراری می باشد. به منظور پیشگیری از عوارض جدی عفونت ادراری در کودکان مانند افزایش فشار خون و نارسایی کلیه تشخیص قطعی و درمان فوری ضروری می باشد. از آنجایی که باکتری های خانواده آنتروباکتریاسه عوامل شایع عفونت ادراری هستند، هدف از این مطالعه تعیین میزان فراوانی و الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی این باکتری ها در کودکان مبتلا به عفونت ادراری می باشد.مواد و روش هااین مطالعه بر روی نمونه های ادرار کودکان مبتلا به عفونت ادراری بستری و سرپایی در بیمارستان مرکز طبی کودکان در طی یکسال انجام گرفت. نمونه های ادرار بر روی محیطهای انتخابی کشت داده شدند و ایزوله ها توسط تستهای بیوشیمیایی شناسایی شدند. الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی ایزوله ها توسط متد دیسک دیفیوژن بررسی شد.
یافته ها و بحث: از 1348 ادرار مثبت از نظر باکتری آنتروباکتریاسه، 1050 (77/89%) مورد مربوط به کودکان سرپایی و 298 (22/11%) مورد مربوط به بیماران بستری بودند. اشریشیا کلی با شیوع 76% شایعترین باکتری جدا شده در بین خانواده آنتروباکتریاسه بود. ایزوله های بالینی بیشترین حساسیت را در برابر آمیکاسین (93%) و پیپراسیلین-تازوباکتام (98%) و بیشترین مقاومت را در برابر سفالوتین (80%) داشتند. با توجه به فراوانی عفونتهای ادراری بویژه در کودکان زیر دو سال و جنس مونث و به منظور پیشگیری از عوارض وخیم آن، بررسی الگوی مقاومت منطقه ای و درمان بموقع باید انجام شود. جهت درمان تجربی عفونت های ادراری در کودکان آنتی بیوتیک های آمیکاسین و پیپراسیلین تازوباکتام توصیه می شود.کلیدواژگان: عفونت دستگاه ادراری، کودکان، آنتروباکتریاسه، تست ضد میکروبی دیسک دیفیوژن
-
Pages 1-15Background And AimSeveral studies were investigated legionella contamination in natural and man- made water resources. The aim of this research was systematically review of legionella water contamination in natural and man-made resources.Materials And MethodsIn this systematic review study, the required data was collected using suitable keywords through PubMed, Science direct, Springer link, Google scholar, SID, Iranmedex, Irandoc and Magiran databases. The search was conducted without publication date limitation. Survey and selection of articles was conducted based on PRISMA checklist and Cochrane quality assessment standards. Out of 1386 articles, 56 articles were considered after excluding the remaining articles which were not related to the study objectives. Identification and isolation of legionella with PCR technique and culture in BCYE is one of the article selection criteria. The relevant data were classified in extracted table and analyzed manually. Excel 2007 software was used for to draw diagrams. Due to heterogeneity of data meta-analysis could not be conducted.ResultsOut of 56 articles, 9 and 47 articles were published in Iran and foreign countries respectively. In Iran, 5.7-70% of samples were contaminated. In Irans hospitals 2.85-41.75% of samples were contaminated by Legionella pneumophila. In foreign countries, 0-100% of samples were contaminated and in these countries hospitals Legionella pneumophila contamination was 17%-98.7%.ConclusionAlthough in Iran legionella water contamination is lower than foreign countries but, based on WHO guideline (1CFU/L) for legionella, planning for control of this bacteria and relevance infectious is one of the health priorities.Keywords: Water, Legionella, Iran, Systematic Review
-
Pages 16-23Background And AimInfections caused by Staphylococcus species associated with biofilm are considered as a serious clinical concern in medical devices used patients with serious clinical illness and are usually possible source of nosocomial infections. The polysaccharide adhesion mechanism encoded by the ica operon generate a direct role in biofilm formation and infection of the bacteria. In this study, the presence of ica operon were studied in clinical isolates of S. aureus and S. epidermidis in relation to the biofilm formation.Materials And MethodsIn this study, the 27 S. aureus isolates and 73 S. epidermidis isolates were identified by conventional biochemical methods.
The ability to biofilm formation was evaluated by colony morphology on Congo red agar (CRA) and test tube. Presence of the ica genes was detected by PCR method.ResultsIn this study, from 27 S. aureus isolates and 73 S. epidermidis, 25 and 70 isolates had the ability to form biofilms respectively. The results showed that 93% and 96% of the S. aureus isolates and S. epidermidis isolates had the potential to form biofilm respectively. Genetic analysis showed that icaRADBC operon was present in 4 and 11% of S. aureus isolates and S. epidermidis isolates respectively. The S. epidermidis isolates were more frequently positive for icaA, icaB and icaC than S. aureus while the most prevalent gene was icaD found in 30% of the S. aureus isolates.ConclusionThe results obtained showed that in consistent with other researches; biofilm formation in Staphylococcal isolates was not associated with present of ica operon and presumably depend on several factors.Keywords: Biofilm, ica operon, phenotype, Staphylococcus -
Pages 24-31Background And AimMycoplasma is the smallest self-replicating bacteria polymorphic are having a diameter of about 200-500 nm, and lees cell wall. Because of their small size and flexibility to easily pass through the filter membrane and contaminate represented. These organisms are unique in nature, the wide range of diseases among animals, especially respiratory & genitalia diseases were among the rodents.The aim this study was to isolate and identify the molecule Mycoplasma of Rats.MethodsWith aim to isolation of mycoplasmas pulmonis, the tracheal samples were collected and cultured on the medium 243 and Microaerophilic was placed. Genomic DNA was isolated from bacteria grown. 16srRNA gene amplified with PCR. The PCR products, finally to identify the bacteria was purified, sequenced were a BLAST.ResultsMacroscopic studies on the isolated colonies showed fried egg colonies were established. Based on the 16SrRNA sequencing studies, this bacterium belonging Mycoplasma genus & had 99% similarity to Mycoplasma pulmonis.ConclusionsDue to the lack of similarity of 100%, a new strain of bacterium, Mycoplasma pulmonis strain IRMT179 name were called. Finally, the gene bank was recorded with acceptation number KP836312. This study is the first time in Iran; Mycoplasma pulmonis was isolated from the respiratory tract an urban rat.Keywords: Isolation, Mycoplasma pulmonis, Rats, 16SrRNA
-
Pages 32-39Background And AimThe rising trend of antibiotic resistance among A. baumannii strains has become a global concern. The most common mechanism of resistance is betalactamase production with genes transferring on mobile genetic elements such as plasmids. The aim of this study was to determine the frequency of blaNDM, blaGIM, blaAIM, blaDIM and blaVIM type genes among A. baumannii isolates from hospitalized patients in Tehran, Iran.Materials And Methodsfrom May 2012 to July 2013, 108 A. baumannii strains were isolated from blood, wound, urine, sputum and respiratory tract of hospitalized patients in Loghman hakim and Milad hospitals. Antibiotic susceptibility tests were performed by Kirby-Bauer disc diffusion and broth microdilution methods according the CLSI guidelines. The frequency of MBL (Metallo-Beta-Lactamase) producers was evaluated by CDDT. The β-lactamases genes were detected by PCR method.ResultsThe resistance of A. baumannii isolates against tested antibiotics were as follows: 103 (95.4%) to ceftazidime, 108 (100%) to cefotaxime, 105 (95.7%) to cefepime, 99 (91.7%) to imipenem, 99 (91.7%) to meropenem, 87 (80.6%) to amikacin, 105 (97.2%) to piperacillin, 100 (92.6%) to ciprofloxacin, 103 (95.4%) to piperacillin/tazobactam, 44 (40.7%) to gentamicin, 106 (98.1%) to ampicillin/sulbactam, 106 (98.1%) to co-trimoxazole, 87 (80.6%) to tetracycline, and 1 (1.8%) to colistin. Using combined disk diffusion test, 86 (86.86%) were MBL producers. The prevalence of blaVIM-1 gene was 15 (17.44%) and other genes were not detected.ConclusionsThe prevalence of MBLs-producing A. baumannii strains detected in this study is a major concern and highlights the need for infection control measures such as antibiotic management protocols and rapid identification of resistant strains.Keywords: Acinetobacter baumannii, Metallo, beta, lactamase, Antibiotic Resistance
-
Pages 40-46Background And AimPseudomonas aeruginosa is an opportunist pathogen. The infections due to biofilm are difficult to eradicate with current antimicrobial agents. In this study, we investigated the antimicrobial and antibiofilm activity of the honey against 40 Pseudomonas aeruginosa isolates.Materials And MethodsTo assess antimicrobial activity, the MIC and MBC assays were used. Antibiofilm activity of tested honey evaluated using the MTP, Congo Red Agar, and tube methods.ResultsThe initial screening demonstrated that 40 of 80 Pseudomonas aeruginosa isolates were biofilm- producer. The honey exhibited a significant antibacterial activity against the planctoninc form of Pseudomonas aeruginsa. The MIC of Polak, Baboneh and Yonjeh honeys against Pseudomonas aeruginsa were 6.25-25, 12.5-25, and 12.5-25% w/v, respectively. The results indicated that the tested honey also had significant antibiofilm activity.ConclusionAntibacterial effects of honey are observed in both planctonic and biofilm forms. However, higher concentrations of honey have needed to inhibit biofilm. These findings indicate the potential antimicrobial of Azerbaijan honey and, it can be used in the treatment of bacterial infections diseases due to Pseudomonas aeruginosa.Keywords: Honey, Biofilm, Pseudomonas aeruginosa
-
Pages 47-54BackgroundProbiotic are live microbial food supplement which bestows beneficial effects on the host by creating intestinal microbial balance. In this research, we aimed to identify locally isolated LAB with probiotic potentials by phenotypic and genotypic methods.
Material andMethodsA number of locally isolated LAB identified by phenotypic characteristics were selected and screened for their probiotic properties. The isolates were tested for their acid and bile resistance, antibacterial activity, cholesterol reducing. The selected probiotic LAB were identified to species level by using universal primers and 16S rRNA sequencing.ResultsAmong the 20 LAB isolates, only 3 isolates resisted low pH value of 2.5, while 5 isolates resisted 0.3 to 1% bile salt. Among these 5 isolates, 3 isolates showed the ability to lower cholesterol significantly as they reduced 94.8, 95.73 and 97.82 % of cholesterol within 2 hours of incubation. All isolates except for 24SN hydrolyzed bile salt. Based on 16S rRNA sequencing these 5 isolates were identified as Lactobacillus plantarum (22SN, 24SN, NPN0022, 10SN), and Lactobacillus rhamnosus (30SN).ConclusionThe LAB isolates in this study possessed significant probiotic properties and might be used as a probiotic in human, livestock, and poultry products in the future.Keywords: Probiotic, Lactic Acid Bacteria, PCR, 16SrRNA -
Cloning, expression and purification of Pseudomonas aeruginosa pilin protein in the prokaryotic hostPages 55-62BackgroundPathogenic Pseudomonas aeruginosa strains produce polar pili has required for motility, adhesion, and invasion. The main aims of the present study are to identify, clone, express and purify the recombinant pilin protein of P. aeruginosa in the prokaryotic host.
Material andMethodsThe recombinant pilin gene (pilA) was isolated from P. aeruginosa PAO1 strain by PCR and cloned into pET-22b vector. The recombinant plasmid was subsequently verified by restriction analysis, and DNA sequencing. The recombinant vector was transformed into E. coli BL21 (DE3) strain, then the recombinant pilin overexpressed and affinity purified by Ni-NTA agarose-affinity chromatography.Western blot analysis was performed using anti-6His tag antibody.ResultsThe PCR and enzymatic digestion results showed the accuracy of the pilA gene cloning. The protein electrophoresis showed that the molecular weight of recombinant pilin is about 19 kDa. Western blot analysis also confirmed the production of recombinant protein. The amount of produced protein was measured by the direct spectrophotometery method, which was 2/58 mg/mL.ConclusionWestern blot and ELISA results along with that of sequencing ensure accurate production of recombinant pilin, retaining its partial epitopes.Keywords: Pseudomonas aeruginosa pilin protein, Cloning, Expression -
Pages 63-72BackgroundEnvironmental pollution by petroleum compounds have turned into one of the global concerns. The aim of the present research was evaluation of the indigenous fungal strains of Iran to remove crude oil pollutants.Materials And MethodsFirst, the contaminated soil samples were collected. The samples were enriched in minimal salts medium (MSM) medium with 1% crude oil and chloramphenicol for 3 weeks and the isolates were purified. The crude oil degradation was measured by total petroleum hydrocarbon (TPH) assay method at 420 nm. In order to confirm the amount of oil degradation by selected isolate, the residual hydrocarbon content was evaluated by FT-IR. Laccase activity in the presence of 1% crude oil was measured. Finally, the selected isolate was identified using morphological molecular (18s rRNA gene sequence analysis) methods.ResultsIn this study 30 fungal strains were isolated. The isolate G-05 was selected as a premium isolate by TPH test. This strain showed that 66% degradation of petroleum hydrocarbons after 15 days. Residual crude oil analysis with FT-IR spectrophotometry showed that G-05 is able to degrade 90% of aliphatic compounds. Evaluation of laccase activity showed that this isolate can produced 1440 U/l of enzyme after 15 days. Presence of laccase activity in G-05 was showed that using of non-specific ligninolytic enzymes are the main mechanisms of oil hydrocarbons degradation in mentioned strain. The strain was identified as a member of Phaeosphaeria genus by molecular and morphological tests.ConclusionFungi have high potential in bioremediation of contaminants such as crude oil pollutants; however, few studies have been carried out in this field. For the first time, the results of this study showed that Phaeosphaeria has a high potential in bioremediation of the oil contaminated soils.Keywords: Bioremediation, Crude oil, Phaeosphaeria spp
-
Pages 73-78Background And AimIn hepatitis B Virus, one of major problem associate lamivudine therapy is the emergence of YMDD motif mutation in Polymerase gene leading to lamivudine resistance mutations. The aim of this study was evaluation of the incidence of the YMDD mutants among patients with chronic hepatitis B and Renal transplant recipients (RTRs).Materials and MethodsIn this study, 80 chronic hepatitis B patients who received renal transplants at Tehran city were selected. The patients serum samples were collected for molecular evaluation by nested PCR assays were used for the direct identification of hepatitis B Virus surface antigen (HBsAg). After laboratory tests the results were analyzed by using molecular software.ResultsIn this study, of the 80 patients, 30 patients were positive for HBV DNA. They were between 28 to 74 years old with the mean of 23 ± 51.The frequency of lamivudine resistance mutations in YMDD region was detected in 12 (40%) of chronic hepatitis B patients.ConclusionMuch is still unknown about Lamivudine therapy among chronic hepatitis B RTR patients. But most studies have confirmed Lamivudine therapy in these patients is safe and it is better to use it before renal transplantation. It is suggested to follow up patients in terms of immunosuppressive therapy and HBV molecular analysis in different status of disease. Therefore, it will be possible to investigate the effect of these mutations in chronic hepatitis B RTR patients who receive immunosuppressive drugs.Keywords: Hepatitis B Virus_transplant recipients_mutation
-
Pages 79-86BackgroundNearly 350 million people worldwide are carriers of the Hepatitis B virus (HBV). A medical worker is one of the most important occupational groups at risk for the virus. Despite vaccination, in many of them, antibody reduced and if the exposure to infected materials, there is a possibility of infection to HBV. This study, examines some of hepatitis B serologic markers among students in Babol University of Medical Sciences.Materials And Methods236 students in Babol University of Medical Sciences were enrolled to our study. For all students participating in the study, a questionnaire including demographic information, history of the first and last dose vaccination for Hepatitis B, blood transfusion and blood products and surgical history were completed. 5 ml of venous blood was taken from each student and serum was separated and stored in -20 oC. For all samples, ELISA test operated for Anti-HBs and Anti-HBc and HBsAg.ResultsOf the 236 students, 155 (65.7%) were female and 81 (34.3%) were males; of which 194 cases (82.2%) completed the vaccination period, 22 (9.3%) incomplete vaccination or Not vaccinated and others students (8.5%) were unaware of their vaccination status. The presence of Anti-HBs, 202 cases (85.6%) were positive and 34 (14.4%) were negative and Anti-HBc were positive in 4 students (1.7%). Also, all samples were negative by the presence of HBsAg.ConclusionAbout 15% of students are susceptible to HBV; therefore, screening for antibody to be recommended, before enter to university. Serological studies in preclinical years are necessary to ensure adequate protection before the students are in close contacts to patients.Keywords: hepatitis B, serologic markers, vaccinations, medical students
-
Pages 87-94BackgroundMarine actinomycetes, gram positive bacteria, have been prolific sources of novel secondary metabolites with a range of biological antibacterial activities. Marine sediments are potential sources for isolation of novel actinomycetes yielding new products and are recognized as source of novel antibiotic. In this study, we reported the isolation, characterization and antifungal activities of 8 actinomycetes isolated from Deylam nearshore sediments.Materials And MethodsThe marine soil sediment samples were collected from Deylam nearshore at the depth of 10 cm. The treated samples were serially diluted and used starch casein agar as a culture medium. Morphological and biochemical characterization of isolated strain was carried out by using standard methods. Antifungal assay of the bacterial extracts was performed using standard well diffusion assay.ResultsIn this study, 8 marine actinomycetes were isolated from Deylam near shore sediments according to their morphology. All of isolate was belonged to Streptomyces genus. Differential analyses results for catalase and Gram test were positive for all isolates, the positive isolates for TSI, simmon citrate and ornitin decarboxylase were 1, 2 and 5 respectively, all isolates were negative for lysine decarboxylase, VP, MR and indol test, SIM test results showed that all isolates were non-motile, one isolate was produced H2S and some isolates formed pigmented colony. Most isolates showed antifungal activity against tested pathogenic fungi.ConclusionResults of this investigation revealed that the marine actinomycetes of Deylam nearshore sediments were potent source of bioactive compounds with antifungal activity.Keywords: Marine actinomycetes, Deylam nearshore, Antifungal activity
-
Isolation and determine antibiotic susceptibility of Campylobacter jejuni in poultry feces in kermanPages 95-98Background And AimCampylobacter spp are pathogenic for human and animals. They are transmitted from animals and animal products to human and cause diarrhea and systemic disease. Campylobacter jejuni is the main species and the most common human pathogen. The aim of this study is the isolation of Campylobacter jejuni from the poultry feces and determination of their antibiotic susceptibility pattern.Materials And MethodsIn this study, within 2 years, 600 poultry feces samples randomly were collected from Islamkish in kerman. Collected samples were from secome section of poultry. The feces containment were inoculated into campylobacter selective medium containing antibiotics and sheep blood agar and then were incubated in microaerophilic condition in 42 ºc. The resulted colonies were confirmed to the species level using diagnostic tests. Drug resistance pattern against three antibiotics including tetracycline, ampicillin and co-trimoxazole was determined by disk diffusion method.
Results andConclusionIn this survey, 190 (31.66%) Campylobacter jejuni were isolated. Drug resistance pattern showed that the prevalence of resistance to tetracycline, ampicillin and co trimoxazole were 54%, 54, and 91%, respectively. Regarding to the results, Campylobacter jejuni isolated in this study in Kerman had been more resistant to co-trimoxazole.Keywords: Poultry disease, Campylobacter spp, antibiotic susceptibility pattern -
Pages 99-104Background And AimsOne of the most important childhood infections is urinary tract infection (UTI). In order to prevent serious complications of UTI in children such as hypertension and renal failure¡ definitively diagnose and prompt treatment are essential. Since bacteria of the family Enterobacteriaceae are known to be the most common causes of UTI¡ the present study aimed to determine the frequency and antimicrobial resistance patterns of them in children with UTI.Materials And MethodsThe present study was conducted on urine samples of children with UTI referred to Children`s Medical Center of Tehran during one year. The urine samples were cultured on selective media and the bacteria were identified by biochemical tests. Antibiotic resistance pattern of isolates were investigated by disk diffusion method.Results And DiscussionOut of 1348 positive urines for Enterobacteriaceae bacteria¡ more cases of UTI were observed in outpatient (1050¡ 77.89%) than in hospitalized patients (298¡ 22.11%). E.coli was the most common bacteria isolated among family Enterobacteriaceae¡ with prevalence of 76%. The clinical isolates had the most sensitivity to Amikacin and Piperacillin-Tazobactam¡ respectively (93%)¡ and (98%) and resistance to Cephalothin (80%). Considering the prevalence of urinary tract infections¡ especially in children under 2 years and also in girls¡ the knowledge of local resistance pattern and well-timed eligible treatment are imperative. Accordingly¡ Amikacin and Piperacillin-Tazobactam are recommended for empirical treatment in children with UTI.Keywords: Urinary Tract Infections, pediatrics, Enterobacteriaceae, Disk Diffusion Antimicrobial tests