فهرست مطالب

زیست فناوری دانشگاه تربیت مدرس - پیاپی 1 (پاییز 1389)

نشریه زیست فناوری دانشگاه تربیت مدرس
پیاپی 1 (پاییز 1389)

  • تاریخ انتشار: 1389/10/11
  • تعداد عناوین: 7
|
  • سید شهریار عرب، مهدی صادقی، چنگیز اصلاح چی، حمید پزشک صفحه 1
    در این مقاله پیشگویی انعطاف پذیری قطعات پروتئینی بر پایه توالی اسید های آمینه آن ارائه خواهد شد. برای تعریف فاکتوری به منظور تشخیص میزان انعطاف پذیری از انرژی دو اسید آمینه متوالی استفاده شد. با استفاده از تحلیل های آماری برروی این انرژی، عددی بین صفر و صد به هر جفت اسید آمینه تعلق می گیرد که آنرا عدد انعطاف پذیری می نامیم. در نظر گرفتن اثرات همسایه ها تا چهار همسایه اسید آمینه باعث بهبود پیشگویی انعطاف پذیری قطعات پروتئین می گردد. برای ارزیابی پیشگویی انعطاف پذیری قطعات پروتئینی از پروتئین هایی که ساختمان آنها توسط NMR تعیین ساختار شده بود استفاده شد. عدم قطعیت در تعیین ساختار مناطقی که انعطاف پذیری بالایی دارند، مثل سر و ته زنجیره و حلقه ها باعث ایجاد مدل های مختلف ساختمانی می شود. مقایسه بین پیشگویی و پراکندگی زوایا در مدل های مختلف همبستگی بالایی را نشان می دهد که حاکی از دقت قابل اعتماد روش پیشگویی می باشد.
    کلیدواژگان: انعطاف پذیری ساختمانی، پیشگویی عملکرد پروتئین، پیشگویی انعطاف پذیری قطعات پروتئین، پیشگویی ساختمان پروتئین
  • صباح مظفری، محمد امین شرافت، محمد جوان*، سید جواد میرنجفی زاده صفحه 9

    بیماری مولتیپل اسکلروزیس سبب بروز اختلالات نورولوژیکی بیشتری در زنان نسبت به مردان میشود. هورمونهای گنادی نقش بالقوه ای در بلوغ و تمایز سلولهای عصبی و گلیالی دارند. اثر برخی هورمونهای گنادی نظیر پروژسترون بروی دمیلیناسیون و رمیلیناسیون بخوبی مشخص شده است. نقش آندروژنها نیز در تکوین سیستم عصبی و میلیناسیون گزارش شده است. ما در مطالعات قبلی مشاهده کردیم که گنادکتومی حیوانات نر توان مغز را جهت مقاومت در برابر آسیبهای دمیلینه کننده و نیز ترمیمهای بعدی می کاهد. در این گزارش با القا دمیلیناسیون در دستگاه بینایی سعی نمودیم اثرات حذف هورمونهای گنادی بر الگوی دمیلیناسیون و رمیلیناسیون در موشهای نر گنادکتومی را با موشهای ماده مقایسه کنیم.
    تغییرات ایجاد شده در امواج پتانسیلهای برانگیخته بینایی (VEP) و در رنگپذیری میلین بدنبال القا مدل دمیلیناسیون موضعی توسط لیزولسیتین در بین موشهای نر گنادکتومی و ماده در روزهای 2،7،14 و 28 پس از آسیب ارزیابی و مشاهده شد که دمیلسناسیون در هر دو گروه در روز 2 آغاز شد، در روزهای 7 و 14 به بالاترین مقدار خود رسید و نهایتا در روز 28 ترمیم نسبی ناکامل اگرچه معنی داری رخ داد.
    فرایندهای دمیلیناسیون و رمیلیناسیون به لحاظ زمانی و کیفی در گروه های گنادکتومی و ماده الگوی مشابهی نشان داد. به نظر می رسد تفاوتهای اساسی بین دمیلیناسیون و رمیلیناسیون در موشهای نر و ماده عمدتا بدلیل حظور آندروژنهای گنادی در نرهاست. نتایج این پژوهش می تواند در فهم بیشتر نقش هورمونهای جنسی در بیماری های دمیلینه کننده مفید باشد و اطلاعات مهمی جهت فراهم نمودن درمانهای ترمیمی ارائه دهد.

    کلیدواژگان: دمیلیناسیون، ترمیم میلین، لیزولسیتین، گنادکتومی، عصب و کیاسمای بینایی، آندروژنهای گنادی، موش صحرایی نر و ماده
  • فائزه قناتی، سمیه بختیاریان، پرویز عبدالمالکی صفحه 21
    به منظور بررسی تاثیر متیل جاسمونات بر متابولیتهای ثانویه گیاه همیشه بهار(Calendula officinalis L.)، گیاهان به مدت 10 روز در کشت هیدروپونیک با محلول غذایی هوگلند(2/1) قرار گرفتند وسپس با 50 و 100 میکرومول در لیتر متیل جاسمونات تیمار شدند. محتوای لیگنین در ریشه گیاهان تیمار شده، کاهش و دربخش هوایی افزایش معنی داری، درمقایسه با گیاهان شاهد، نشان داد. محتوای کل فنل های متصل به دیواره در ریشه در مقایسه با گیاهان شاهد افزایش و در بخش هوایی کاهش نشان داد. محتوای آنتوسیانین های ریشه تنها با متیل جاسمونات 50 میکرومولار کاهش یافت ولی در بخش هوایی کاهش معنی دار محتوای آنتوسیانین در هر دو غلظت، در مقایسه با گیاهان شاهد مشاهده شد. محتوای کل فلاونوئید در اندام هوایی گیاهان تیمار شده کمتر از گیاهان شاهد بود. میزان پراکسید شدن لیپیدهای غشا هم در ریشه و هم در اندام هوایی در تیمارها در مقایسه با گیاهان شاهد تغییر معنی داری نداشت. ترکیب غالب مشاهده شده در اسانس Cadinol –α بود. القای سسکوئی ترپن ضد قارچ α-Muureloene در تیمار با متیل جاسمونات و افزایش آن در غلظتهای بالاتر پیشنهاد می کند که می توان از متیل جاسمونات در جهت القای تغییر در مسیر بیوسنتز ایزوپرنوئیدها و تولید فیتو الکسینهای خاص استفاده نمود.
    کلیدواژگان: اسانس، متابولیتهای ثانویه، متیل جاسمونات، همیشه بهار
  • مجتبی سعادتی، ملیحه اسماعیل زاده خراسانی، خسرو آقایی پور صفحه 35
    مقدمه
    ویروس سرخک عضو خانواده پارامیکسو ویروسها و از جنس موربیلی ویروسها است که دارای ژنوم RNA با قطبیت منفی است.
    روش
    در این طرح ابتدا اقدام به استخراج RNA از محیط حاوی ویروسهای سرخک سوش واکسینال AIK-C که روی سلولهای MRC-5 رشد کرده بودند٬ گردید.RNA استخراج شده فورا «جهت ساخت cDNA تک رشته ای با استفاده از واکنش نسخه برداری معکوس مورد استفاده قرار گرفت. cDNA تک رشته ای بعنوان رشته الگو جهت تکثیر ژن F بوسیله پرایمرهای اختصاصی در واکنش PCRاستفاده شد. محصول PCR با طول مورد نظرbp 1662 درون وکتورهای بیانی pET-28a(+) و pET-22b(+) کلون گردید. جهت تایید کلونینگ٬ پلاسمیدهای نوترکیب بدرون سلولهای مستعد E.coli DH5α ترانسفورم شدند وکلونی های بدست آمده با استفاده از PCR مستقیم غربالگری شدند. سپس پلاسمیدهای نوترکیب بروش لیز قلیایی استخراج شدند
    یافته ها
    هضم آنزیمی پلاسمیدهای نوترکیب با استفاده از آنزیمهای محدود الاثر Nde I وHindIII انجام گرفت که قطعه DNA بطول bp 1662 جداسازی شد. پلاسمید نوترکیب pET-28aF توسط شرکت MWG آلمان تعیین توالی شد. مقایسه این توالی با توالی ژن F ویروس سرخک از بانک ژن (سوش واکسینال ادمونستون (AIK-C) با Accession number: AF266286) انجام گرفت و همولوژی بالایی برای این ژن مشاهده گردید.
    نتیجه گیری
    نتایج این تحقیق نشان داد ژن F بسیار حفاظت شده و پایدار است. این پایداری باعث اهمیت بررسی این ژن در تهیه واکسن نوترکیب شده است.
    کلیدواژگان: ویروس سرخک، ژن F، پلاسمید، کلونینگ
  • زهرا سالمی صفحه 45
    استرس اکسیداتیو مشکل عمده قرن و منشاء ظهور بیماری های گوناگون از کاتاراکت تا سرطان است. استرس اکسیداتیو زمانی ایجاد می شود که میزان رادیکالهای آزاد در بدن از میزان آنتی اکسیدانها بیشتر باشد. مطالعات بر این موضوع دلالت دارند که مارگارین، بدلیل داشتن اسیدهای چرب ترانس مولد رادیکالهای آزاد بوده و در افزایش مارکرهای استرس اکسیداتیو موثر است. اما مطالعات دیگر با تاکید بر وجود افزاینده-های آنتی اکسیدان، مانند آلفا و بتا کاروتن، ویتامین C، D و بویژه ویتامین E به مارگارین، نشان داده اند که مصرف مارگارین در حذف رادیکالهای آزاد و کاهش استرس اکسیداتیو موثر است. گزارشات متناقض، ما را بر آن داشت که اثرات مارگارین را بر استرس اکسیداتیو بررسی نماییم. بدین منظور دو گروه کنترل و آزمایش هر یک شامل ده موش نر از نژاد ویستار بمدت 4 ماه بترتیب با غذای استاندارد و غذای استاندارد همراه با 15 درصد مارگارین تغذیه شدند و اثرات آن توسط سنجش ظرفیت آنتی اکسیدانهای تام پلاسما، میزان پراکسیدسیون لیپیدی و میزان گروه های تیول پروتئین های پلاسما ارزیابی شد. نتایج نشان می دهد که ظرفیت آنتی آکسیدانهای تام پلاسما (05/0> P) و میزان گروه های تیول پروتئین های پلاسما در موشهای تغذیه شده با مارگارین بیشتر از موشهای کنترل است، همچنین میزان پراکسیداسیون لیپیدی در موشهای دریافت کننده مارگارین کمتر از گروه کنترل است. نتایج فوق بیانگر تاثیر مثبت مارگارین بر کاهش مارکرهای استرس اکسیداتیو است و بنظر می رسد که تقویت سیستم آنتی اکسیدانی با مصرف مارگارین غنی شده در کاهش آسیب ناشی از رادیکالهای آزاد موثر باشد.
    کلیدواژگان: مارگارین، استرس اکسیداتیو، آنتی اکسیدان، موشهای صحرایی
  • عباس رحیمی، موسی گردانه *، مسعود علی پناه، یاسین پناهی صفحه 53

    لنتی ویروسها از جمله موثرترین ویروسهای نوترکیب برای انتقال ژن به سلولها و بافتهای پستانداران بشمار میرود. در این مطالعه، عملکرد لنتی ویروسهای انسانی را در انتقال ژن خارجی به سلولهای طیور بررسی کردیم. سه ناقل لنتی ویروسی بنامهای ناقل انتقال (ناقل ترانسفر حامل ژن گزارشگر GFP)، ناقل بسته بندی و ناقل غشائی را همزمان به سلولهای مولد ویروس (رده HEK-293T) منتقل کردیم. سوپرناتان سلولهای ترانسفکت شده را پس از 24 و 48 ساعت جمع آوری نموده از فیلتر گذراندیم. سپس آن را به ستونهای پروتئینی Amicon حاوی فیلتر 100 کیلو دالتونی منتقل کرده و بخش اعظم سوپرناتان را با استفاده از سانتریفوژ از نمونه ها جدا کردیم. بدین ترتیب استوکی در حجم 500 μl از سوپرناتان غلیظ شده و مملو از ویریونها را بدست آوردیم. برای ترانسدوکشن سلولهای کبدی جوجه رده LMH رقتهای مختلفی از این استوک ویروسی تغلیظ شده را به محیط کشت این سلولهای در حال رشد اضافه کردیم. 48 ساعت بعد آلودگی سلولی و بیان ترانسژنهای گزارشگر را مشاهده کردیم که میزان بیان آنها 96 ساعت پس از آلودگی به 100% افزایش یافت. نتایج مزبور نشان میدهد که سلولهای با منشاء جوجه را نیز میتوان بوسیله لنتی ویروسهای با منشاء انسانی آلوده ساخت. همچنین با توجه به نیاز به تیتر بالای ویروس برای انتقال موفقیت آمیز ژنها، روش فیلتراسیون تیتر بالایی از ویروس را تولید میکند و از نظر کارایی قابل مقایسه با روش های سنتی از جمله روش اولتراساتریفوژ بوده و از نظر هزینه، حجم کار و زمانبری بر آنها ارجحیت دارد.

    کلیدواژگان: لنتی ویروسها، سلولهای LMH، انتقال ژن، ترانسژن
  • سیما افشارنژاد *، آناهیتا معصوم، محمد محمدی، مرضیه لطفی، شادی شهودی فر صفحه 61

    کریستال یا دی متامفتامین یکی از مواد مخدر زیان آوری است که متاسفانه در سالهای اخیر وارد بازار ایران شده است. اعتیاد به کریستال علاوه بر زیانهای جدی روحی، می تواند اثرات مخربی بر روی ارگان های مختلف داشته باشد. بررسی تغییرات آنزیم اغلب می تواند در شناسایی منبع آسیب کمک نماید. هدف از این مطالعه بررسی اثرات احتمالی این ماده مخدر بر میزان آنزیم های کبدی آسپارتات ترانس آمیناز(AST)وآلانین ترانس آمیناز(ALT) و آلکالین فسفاتاز (ALP) در معتادین به آن است.

    مواد و روش ها

    مطالعه حاضر از نوع مطالعات موردی- شاهدی است که به روش مقطعی برروی 105 نفر معتاد به کریستال که در سال 1388-1389 برای اولین بار جهت ترک اعتیاد به مرکز بازپروری مراجعه کرده بودند، صورت گرفته است. سطح فعالیت آنزیم ها با روش کالریمتری - اسپکتروفتومتری اندازه گیری شد. نتایج حاصل باآزمون T-test و به کمک نرم افزار آماری 16 – SPSS مورد ارزیابی قرار گرفت.
    نتایج این تحقیق نشان داد مصرف کریستال سبب افزایش سطح آمینوترانسفرازها و ALP می گردد و بین مصرف کریستال و سطح آنزیم آلکالین فسفاتاز در دو گروه شاهد و معتاد ارتباط معناداری وجود دارد (027/0p=). همچنین بین مدت زمان مصرف کریستال با سطح آلکالین فسفاتاز ارتباط معنی داری حاصل شد (05/ 0 P<).

    نتیجه گیری

    مصرف کریستال به عنوان یکی از عوامل مهم در افزایش میزان آلکالین فسفاتاز در معتادین به کریستال می باشد و نسبت به دو آنزیم دیگر کبدی (AST و ALT) بیشتر سطح ALP را تحت تاثیر قرار می دهد.

    کلیدواژگان: ماده مخدر کریستال، آلانین ترانس آمیناز، آلکالین فسفاتاز، آسپارتات ترانس آمیناز
|
  • Seyed Shahriar Arab, Mehdi Sadeghi, Changiz Eslahchi, Hamid Pezeshk Page 1
    We present a method to predict the flexible and rigid regions based on sequence. We use the free energy of two consequent amino acids to define a factor for distinguishing flexible regions from the rigid ones. Using statistical analysis of this free energy, we assign a normalized number between zero to one hundred which we call it flexibility number. Taking the effects of up to four neighbors of an amino acid, into account, resulted in an efficient prediction of flexible and rigid regions of a protein.
  • Sabah Mozafari, Mohammad Amin Sherafat, Mohammad Javan, Seyed Javad Mirnajafizadeh Page 9

    Multiple sclerosis (MS) is commonest demyelinating disease among young adults. It demonstrates neurological dysfunctions in females more than males. Gonadal hormones have essential roles in maturation and differentiation of neurons and glial cells in both genders. The role of some gonadal female hormones such as progesterone has been well characterized on demyelination and remyelination in animal models. The role of androgens on neural system development and myelin maturation were identified. We previously observed that castration decreases the brain resistance against demyelinating insults and also reduces the subsequent repair. As the optic nerves and chiasm demyelination shows the hallmark characteristic in MS, inducing demyelination in optic apparatus, we have tried to find whether the effects of elimination of male gonadal hormones using gonadectomy could show the same, more or less changes in patterns of demyelination and repair comparing demyelinated females? Thus, to evaluate these alternations castrated male and female rats were compared by using visual evoked potentials and histological assessments on 2,7,14, and 28 days post lysolecithine (LPC) injection. Interestingly, we observed demyelination was started 2 day post lesion (dpl), reached to a maximum level at 7 and 14 dpl and then it partially but significantly reversed on 28 dpl. Demyelination and subsequent repair processes in both gonadectomized and female groups were shown almost the same patterns temporarily and in quality. Elimination of gonadal androgens could cause the male animals to undergone the same shape of de/remyelination compared female ones. In conclusion, differences between male and female demyelination and remyelination are substantially depending on male gonadal androgens. This work could be useful for understanding of the effects of sex hormones on demyelinating diseases and could offer fundamental information for repairing therapies in Multiple Sclerosis.

  • Parviz Abdolmaleki Page 21
    In order to the investigation on the effects of methyl jasmonate on the secondary metabolites of Calendula officinalis L., the plants were grown in a modified Hogland (1/2) solution and were treated with 50 and 100 µm methyl jasmonate. The results indicated that jasmonate treatment decreased lignin content of root but increased lignin content of shoots, in comparison with those of the control plants. However, total content of wall-bound phenolics of roots increased and those of shoots decreased by jasmonate treatment. Anthocyanin content of shoot, decreased by methyl jasmonate. Likewise, flavonoid contents of shoots in both treatments were lower than those of the control plants. Lipid peroxidation rate of roots and shoots did not show significant changes in jasmonate treatments, compared to the control plants. In both control and jasmonate treated plants, α- Cadinol was the most abundant essential oils component. Induction of α-Muureloene with specific antifungal properties in the jasmonate treated plants and increase of it along with increase of jasmonate concentration, suggested that jasmonate can be used in order to induce modifications in secondary metabolism pathway of Calendula officinalis, resulting to produce desired medicinal compounds.
  • Mojtaba Saadati, Maliheh Esmaeilzadeh Khorasani, Khosro Agaei Pour Page 35
    Introduction
    Measles virus (MV) belongs to the morbilivirus genus of paramyxoviridae family, and has single stranded, negative polarity, non segmented RNA genome.
    Method
    In this research, the total RNA was extracted of measles virus (AIK-C) vaccine strain. The extracted RNA was immediately used in reverse transcription reaction to generate cDNA. The 1st strand cDNA was used to amplify the F gene by specific primers in a reaction PCR. The PCR product with the expected size of 1662 bp was cloned into expression plasmids pET-22b(+) and pET-28a(+). The recombinant plasmids were transformed into competent E.coli DH5α cells and clonies were screened with direct PCR. The recombinant plasmids were extracted by Alkaline lysis and were compared with non- recombinant plasmids in molecular weight.
    Results
    Recombinant plasmids were digested with Nde I and Hind III restriction enzymes. The DNA band with an approximate size of 1662 bp was detected on 1.5% agarose gel. The recombinant plasmid pET-28a(+) was sequenced, comparison of this sequence with the coding sequence F protein of measles virus (AIK-C) in Genbank (AF266286) was revealed high degree of homology and showed that F gene is highly conserved.
    Conclusion
    It was showed that F gene is highly conserved. Thus F gene is important for studing in order to produce recombinant vaccine.
  • Zahra Salemi Page 45
    Oxidative Stress is fast becoming the nutritional and medical buzzword for the 21st century, and imPlicated in a growing list of diseases, from cataract to cancer. Oxidative stress occurs when the amount of free radicals in the body exceeds its pool of available antioxidants. Some researches indicate that margarine contain Trans fatty acids as major sources of dietrary free radicals and oxidative Stress. But other researches has been shown that because of supplementation of mairganie with some antioxidant such as alpha-carotene, beta-carotene, vitamin C and specially vitamin E, significantly decreased free radicals and oxidative stress and increased the levels of the supplied antioxidants in plasma. In this study, we examined the effect of The use fortified margarine on oxidative stress markers in young male, rats. To evaluate the margarine effect, 20 wistar rats were divided into 2 groups and selected as control and marganine groups. In second groups margarine were added to their chow as 15% (w/w). After 4 months blood samples were obtained, Then plasma levels of antioxidant, lipid peroxidation and thiol group of its, has been measured. This experiment showed that margarine intake has a positive effect on markers of oxidative stress, and consumption of antioxidant supplied in a full-fat margarine and consumed as a part of normal diet, effectively increases the blood levels of antioxidant and eliminats of free radicals.
  • Abass Rahimi, Mossa Gardaneh, Mosoud Ali Panah, Yasin Panahi Page 53

    Lentiviruses are considered one of the most effective recombinant viruses for gene transfer to mammalian cells and tissues. In this study, the potential of HIV-1-based lentiviral vector to deliver transgenes into avian cells was examined. We co-transfected human embryonic kidney cell line HEK-293T with three lentivirus vectors called transfer, packaging and envelope vectors. We collected the supernatant from transfected cells 24 and 48 hours post-transfection and filtered them immediately. Then we subjected the filtered supernatant to Amicon protein columns for concentration purposes. Centrifugation removed a larger part of the supernatant presumably free of viruses and left behind a small volume of darken solution full of virions. We thereby produced a 500-µl-volume of virus stock. Various dilutions of this stock were added to chicken liver cell line LMH. The initial sign of infection appeared within 48 hours and by 96 hours post-infection 100% the LMH cells positively expressed transgenes. Our results indicated that the human HIV-1-based lentivirus vectors are capable of transducing and transferring foreign genes into chicken cells. Given the need for a high-titer virus stock for successful target cell transduction, our results indicate that the filtration method of virus concentration is able to produce high virus titer and is cost-effective and less time consuming than ultracentrifugation or other traditional methods.

  • Sima Afsharnezhad, Anahita Masoomi, Mohammad Mohammadi, Marzieh Lotfi, Shadi Shohodi Far Page 61

    Evaluation of Liver Enzymes’ Level in Blood Serum of Crystal Addicts

    Introduction

    Crystal or dimetamphetamine is one of the harmful substances which are imported to Iran in the last few years. Crystal is made of pure heroin. Its harmful effects are more than heroin. Addiction to crystal can produce psychological and organ damage. In order to find out which part of body could be affected, examination of enzymes is useful. Liver is one of the organs which can be infected by drug abuse. Liver function test can be used to show these harmful effects. The aim of the present study is to exanimate of the effects of crystal abuse on liver enzymes such as Aspartat transaminase, Alanine transaminase and Alkaline phosphatase in crystal abusers.

    Materials and Methods

    The current study is a case-control and cross-sectional study on 105 crystal addicted as case group who had referred to addiction treatment center for the first time and 100 healthy people as control group. The activity of enzymes was measured by callorimetery-spectrophotometry method. Results were analyzed by T-test exam and SPSS-16 software.

    Results

    results show that using crystal increases the level of AST, ALT and ALP and there is a significant relationship between crystal abuse and the level of ALP (p=0.027). In addition, there is a significant relationship between duration of crystal use and the level of ALP (p<0.05).

    Conclusion

    comparing with AST and ALT levels, ALP level is more affected by crystal abuse.