فهرست مطالب
فصلنامه زیست شناسی میکروارگانیسم ها
پیاپی 3 (پاییز 1391)
- تاریخ انتشار: 1391/12/15
- تعداد عناوین: 6
-
-
صفحات 1-12مقدمه
استفاده همزمان گونه های پروبیوتیکی به همراه پربیوتیک های مناسب (سین بیوتیک) به عنوان سوبسترا برای افزایش غالبیت و رشد پایدار باکتری های پروبیوتیکی، به علت ناتوانی گونه های پروبیوتیکی برای تشکیل کلونی پایدار و حفظ غالبیت در میکروبیوتای روده ای آبزیان پیشنهاد شده است. هدف از این مطالعه، بررسی ترکیب های مختلف سین بیوتیکی باکتری پروبیوتیکی Pediococcus acidilactici با پربیوتیک های اینولین، الیگوفروکتوز، زایلوالیگوساکارید به منظور معرفی بهترین ترکیب سین بیوتیکی بود.
مواد و روش هاباکتری P. acidilactici در محیط های حاوی پربیوتیک های اینولین، الیگوفروکتوز و زایلوالیگوساکارید رشد داده شد. میزان رشد باکتری ها و اسیدیته نهایی محیط تحت شرایط کشت بی هوازی بررسی شد. بعلاوه تعیین کمی مقادیر اسیدهای چرب زنجیره کوتاه (بوتریک، پروپیونیک و استیک اسید) تولید شده در هریک از تیمارهای سین بیوتیکی با استفاده از دستگاه کروماتوگرافی مایع با کارایی بالا انجام شد.
نتایجنتایج این مطالعه نشان داد که میزان رشد باکتری P. acidilactici در ترکیب سین بیوتیکی با زایلو الیگوساکارید به طور معنی داری بیشتر از سایر تیمارهای سین بیوتیکی و تیمار شاهد فاقد پربیوتیک بود (P value <0.05). سایر تیمارها تفاوت معنی داری از نظر رشد باکتری نداشتند (P value >0.05). همچنین اسیدیته نهایی محیط نیز در تیمارP. acidilactici با زایلو الیگوساکارید کاهش معنی داری در مقایسه با سایر تیمارها نشان داد (P value <0.05). بیشترین و کمترین اسید چرب زنجیره کوتاه تولیدی در همه تیمار های سین بیوتیکی به ترتیب پروپیونیک و استیک اسید بودند. اگرچه مقادیر تولید شده استیک و پروپیوتیک اسید تفاوت معنی داری بین تیمارهای سین بیوتیکی نشان نداد (P value > 0.05)، بیشترین میزان بوتریک اسید تولید شده مربوط به تیمار P. acidilactici با زایلو الیگوساکارید بود که اختلاف معنی داری با سایر تیمارها داشت (P value <0.05).
بحث و نتیجه گیرینتایج این مطالعه نشان داد که استفاده همزمان از باکتری پروبیوتیکی P. acidilactici و زایلو الیگوساکارید، می تواند به عنوان ترکیب سین بیوتیکی برای آبزیان بهینه مطرح باشد.
کلیدواژگان: پروبیوتیک، P، acidilactici، سین بیوتیک، رشد، اسید چرب زنجیره کوتاه -
صفحات 13-28مقدمهدر این تحقیق، برای تشخیص سریع مقاومت به کانامایسین، آمیکاسین، کاپرئومایسین، چند روش مولکولی طراحی و مقایسه شدند.مواد و روش هااز میان 120 سویه کلینیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس، 70 سویه برای بررسی موتاسیون های احتمالی انتخاب شدند. در روش PCR-RFLP از آنزیم ajii برای تشخیص سویه وحشی و از آنزیم BstFNI برای شناسایی سویه موتانت استفاده شد. علاوه بر این، در طراحی روش آلل اسپسیفیک همزمان (m As PCR) از سه پرایمر اختصاصی برای تعیین حالت های وحشی و نیز موتان کدون های 1401 و 1402 استفاده شد. تعدادی از سویه ها تعیین توالی (سکوئنس) شدند.نتایجدر روش PCR - RFLP از میان 70 سویه مورد بررسی، با آنزیم BstFNI، 17 سویه موتان از میان 24 سویه مقاوم فنوتیپی و 44 سویه غیر موتان از 46 سویه، حساس تشخیص داده شدند. حساسیت این روش 83/70 و ویژگی آن 65/95 درصد بود. آنزیم ajii از میان 52 سویه مورد بررسی، 12 سویه موتان از میان 20 سویه مقاوم و 29 سویه غیر موتان را از میان 32 سویه حساس فنوتیپی تشخیص داد. حساسیت این روش 60 و ویژگی آن 62/90 درصد بوده است. در روش آلل اسپسیفیک 23 سویه بررسی شدند. این روش قادر به تشخیص 3 سویه موتان از میان 6 سویه مقاوم و 12 سویه غیرموتان از میان 17 سویه حساس فنوتیپی شد. حساسیت این روش 50 و ویژگی آن 58/70 درصد بوده است. نتایج تعیین ترادف اثبات کننده صحت نتایج روش های مولکولی استفاده شده، بود.بحث و نتیجه گیریروش PCR - RFLP با آنزیم BstFNI، به عنوان یک روش سریع در تشخیص مقاومت مایکوباکتریوم توبرکلوزیس به داروهای تزریقی خط دوم درمان سل پیشنهاد می شود.کلیدواژگان: کانامایسین، آمیکاسین، کاپرئومایسین، مایکوباکتریوم توبرکلوزیس، مقاومت دارویی، تشخیص، PCR، RFLP، MAS، PCR
-
صفحات 29-40مقدمهپروتئین های شوک حرارتی تولید سایتوکاین های پیش برنده التهاب را مهار می کنند. کاربنوکسولون القا کننده پروتئین های شوک حرارتی به شمار می آید. هدف از این پژوهش، بررسی اثر تجویز این دارو در کاهش شدت التهاب ناشی از تجویز لیپو پلی ساکارید در موش است.مواد و روش هاابتدا دوز کشنده 80 درصد لیپو پلی ساکارید در موش تعیین و سپس دوز مناسب دارو به منظور کاهش میزان مرگ و میر مشخص شد. در نهایت دارو به همراه لیپو پلی ساکارید در گروه های متفاوت با زمان بندی متفاوت تزریق شد. پس از 24 ساعت میزان مرگ و میر محاسبه و کلیه، کبد، طحال، ریه و روده موش های زنده از نظر شدت نکروز بررسی شد. در هر گروه سه ساعت پس از تزریق، مقادیر عامل نکروز توموری سرمی تعیین شد.نتایجتجویز دارو همزمان با لیپو پلی ساکارید میزان مرگ در موش ها را از 80 به 20 درصد کاهش داد. شدت نکروز در کبد وکلیه گروه های دریافت کننده دارو نسبت به کنترل مثبت، کمتر بود. همچنین در گروه دریافت کننده لیپوپلی ساکارید، سطح سرمی عامل نکروز توموری آلفا نسبت به گروه کنترل افزایش معنی دار یافت (032/ 0 P =) ولی در گروه های دریافت کننده دارونسبت به گروه کنترل معنی دار نبود.بحث و نتیجه گیریتزریق داروی کاربنوکسولون دی سدیم سالت باعث کاهش التهاب و آسیب ناشی از شوک آندوتوکسیک می شود.کلیدواژگان: لیپو پلی ساکارید، کاربنوکسولون دی سدیم سالت، عامل نکروز توموری آلفا، التهاب
-
صفحات 41-52مقدمهقرن هاست که باکتری های اسیدلاکتیک در محصولات لبنی تخمیری به دلیل مشارکت در ایجاد عطر و طعم، بافت و در بسیاری موارد خواص پروبیوتیکی اسفاده می شوند. از آن جایی که کشت های آغازگر لاکتیکی در تولید مقدار بهینه اسید لاکتیک در فرآیند تولید انواع پنیر و ماست، استفاده می شوند، بررسی سویه های بومی مولد اسید لاکتیک می تواند با اهمیت باشد.مواد و روش هاجداسازی لاکتوباسیلوس ها با کمک محیط کشت MRS از نمونه های مختلف انجام شد. سپس، بررسی تنوع و ویژگی های لاکتوباسیل های موجود در نمونه های مختلف از لحاظ توانایی تولید دی اکسید کربن از گلوکز، توانایی رشد در اسیدیته های 50/2 تا 50/8، غلظت های مختلف نمک 50/1 تا 10 درصد (وزنی/حجمی) و دماهای 15 و 45 درجه سانتی گراد بررسی شد. همچنین، توانایی حرکت باکتری ها، تولید اندول و تولید سولفید هیدروژن نیز بررسی شد. میزان تولید اسید لاکتیک کل در محیط شیر بدون چربی به روش تیتراسیون با سود یک درصد به شکل کمی محاسبه و میزان حضور ایزومر L -لاکتات با استفاده از کیت رندوکس انگلستان بررسی شد.نتایجدر این بررسی از 30 نمونه ماست و پنیر بومی نقاط مختلف استان 43 جدایه باسیل های گرم مثبت، کاتالاز منفی و اکسیداز منفی جداسازی شدند. همه جدایه ها به اسیدیته 5/2 مقاوم بودند و به ترتیب 30 و 69 درصد نمونه ها به غلظت های 5/7 و 10 درصد نمک حساس بودند. بیشترین تولید اسید لاکتیک در یکی از جدایه ها برابر با 8/1 درصد و L - لاکتات 8/6 گرم بر لیتر بود. این جدایه بر اساس آزمون های بیوشیمیایی به عنوان لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس شناسایی شد.بحث و نتیجه گیریدر اکثر جدایه ها میزان تولید اسید لاکتیک در دمای 37 درجه سانتی گراد بیشتر از دمای 25 درجه سانتی گراد ارزیابی شد که از نظر آماری در سطح یک درصد معنا دار بود. با توجه به تولید مطلوب اسید لاکتیک در جدایه بومی و تحمل مناسب اسیدیته و نمک در آن، زمینه ای مناسب برای مطالعات تکمیلی و زمینه سازی برای کاربرد آن در صنایع غذای ی فراهم است.کلیدواژگان: جداسازی، باکتری های اسید لاکتیک، اندازه گیری اسیدلاکتیک، محصولات لبنی
-
صفحات 53-60مقدمهناباروری و سقط جنین می توانند به زیان های جدی اقتصادی منجر شوند. استافیلوکوکوس اورئوس می تواند ناباروری و سقط جنین ایجاد نماید. با توجه به اهمیت آنچه ذکر شد، مطالعه حاضر برای ردیابی استافیلوکوکوس اورئوس در موارد ناباروری و سقط گاو در شهرکرد انجام شد.مواد و روش هاترشحات واژنی 90 گاو مبتلا به آندومتریت و 26 گاو سقط کرده برای ردیابی استافیلوکوکوس اورئوس بررسی شدند. نمونه ها روی محیط کشت مانیتول سالت آگار کشت داده شدند و در دمای 37 درجه سانتی گراد به مدت 48 ساعت انکوبه شدند. کلونی های مشکوک برای ردیابی استافیلوکوکوس اورئوس به وسیله آزمون های بیوشیمیایی و واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR) ارزیابی شدند.نتایجاستافیلوکوکوس اورئوس از 5/5 درصد (5 از 90) از موارد آندومتریت گاو و از 7/7 درصد (2 از 26) از موارد سقط جداسازی شد.بحث و نتیجه گیریاین مطالعه نشان داد که استافیلوکوکوس اورئوس ممکن است در ایجاد آندومتریت و سقط جنین در گاو در شهرکرد نقش داشته باشد اما نمی توان استافیلوکوکوس اورئوس را عامل اصلی ایجاد آندومتریت و سقط گاو در این منطقه تلقی نمود.کلیدواژگان: استافیلوکوکوس اورئوس، آندومتریت، سقط
-
تجزیه زیستی ترکیبات مورد استفاده در صنایع پتروشیمی توسط باکتری تجزیه کننده تولوئن حاوی سیتوکروم P450صفحات 61-70مقدمهبا توجه به افزایش روزافزون آلاینده هایی نظیر هیدروکربن های آروماتیک و مشکلات زیست محیطی ناشی از انتشار آن ها، تجزیه ی زیستی و پاک سازی این ترکیبات سمی توسط میکروارگانیسم ها از اهمیت بسیار زیادی برخوردار است. تولوئن یکی از مواد اصلی موجود در صنایع پتروشیمی و از مواد آلوده کننده رایج محیط زیست است که آثار مخربی بر سلامتی انسان و سایر موجودات زنده دارد.مواد و روش هادر این تحقیق، به منظور جداسازی باکتری های تجزیه کننده ی تولوئن، از آب های نواحی مختلف از جمله سواحل دریای خزر و خلیج فارس و همچنین فاضلاب شهری نمونه برداری انجام شد. سویه ای که بیشترین توانایی را در تجزیه ی تولوئن داشت، با استفاده از آزمایش های بیوشیمیایی و مولکولی شناسایی و توالی S rDNA 16 آن در بانک ژنی NCBI با عنوان Bacterium Ex-DG74 با شماره HQ414235 ثبت شد. در ادامه میزان حذف تولوئن از محیط کشت با استفاده از دستگاه طیف سنج نوری و کروماتوگرافی گازی، فعالیت آنزیمی سیتوکروم P450 و رشد در حضور آلاینده های نفتی و پتروشیمی بررسی شد.
نتایجپس از انجام مراحل غنی سازی در محیط حاوی تولوئن، در حدود 20 سویه جداسازی شد که در بین آن ها سویه ی جداشده از پساب تصفیه خانه اصفهان توانایی بالایی در تحمل و مصرف تولوئن به عنوان تنها منبع کربن و انرژی داشت. نتایج حاصل از طیف سنج نوری و کروماتوگرافی گازی مشخص کرد که این سویه می تواند تا غلظت (v/v) 25 درصد تولوئن را به خوبی تحمل کند و بیش از 70 درصد از تولوئن (v/v) 1 درصد را به عنوان تنها منبع کربن و انرژی مصرف کند. سویه ی Bacterium Ex-DG74 علاوه بر تولوئن توانست در محیط های حاوی نفت سیاه، نفت سفید، زایلن، نفتالین، اولئیک اسید، استایرن، دی هیدروآبتیک اسید و پلی اکسی اتیلن اکتیل فنل اتر نیز به خوبی رشد کند.بحث و نتیجه گیریبا توجه به نتایج به دست آمده مشخص شد که فعالیت آنزیمی سیتوکروم P450، یکی از عوامل مهم در تجزیه ی آلاینده های مختلف توسط Bacterium Ex-DG74 است. از این باکتری به علت توانایی رشد در غلظت بالای تولوئن و تجزیه ی دامنه ی وسیعی از آلاینده ها، می توان به عنوان بذر سلولی در پاک سازی محیط های آلوده به ترکیبات سمی مختلف استفاده کرد.
کلیدواژگان: پاک سازی زیستی، پساب پتروشیمی، تولوئن، سیتوکروم P450
-
Pages 1-12Introduction
Inability of probiotic bacteria for stable colonization and dominance in intestinal microbiota of aquatic animals، combination of administration with proper prebiotics (Synbiotic) as substrate for increasing growth and stable domination have been suggested. The aim of the present study was determination of the best synbiotic between a probiotic bacteria، P. acidilactici and prebiotics، inulin، oligofructose and xylooligosaccharide. Materials and method s: P. acidilactici was cultured in media containing inulin، oligofructose and xylooligosaccharide as prebiotic. Growth of bacteria and final pH of media were determined in each treatment under anaerobic culture. In addition، short chain fatty acids (Butyric، Propionic and Acetic acid) productions in synbiotic treatments were measured using High Performance Liquid Chromatography (HPLC) system.
ResultsOur results revealed that bacteria growth in P. acidilactici with XOS treatments was significantly higher compared to the other synbiotics and to the control groups (P < 0. 05). There were no significant differences between other treatments regarding bacteria growth (P > 0. 05). Moreover، final pH of media in P. acidilactici with XOS group was significantly lower when compared to the other treatments (P < 0. 05). The highest and lowest SCFA produced in all synbiotic treatments were propionic and acetic acid، respectively. While acetic and propionic production showed no significant variation between treatments (P > 0. 05)، the highest production of butyric acid was observed in P. acidilactici with XOS treatment (P < 0. 05). Discussion and
ConclusionThe results of this study confirmed that simultaneous administration of in P. acidilactici and XOS could be a potential optimum synbiotic.
Keywords: Probiotic, P. acidilactici, Synbiotic, Growth, SCFA -
Pages 13-28IntroductionIn this study، some molecular methods were designed for rapid detection of resistance to kanamycin and amikacin.Materials And MethodsAmong 120 clinical isolates of mycobacterium tuberculosis، 70 strains were selected for evaluation of possible mutations. A PCR-RFLP method was designed for detection of wild type (using enzyme ajii) and mutant from (BstFNI enzyme) of the isolates. Furthermore، allele specific method (as PCR) was designed for detection mutations in codons 1401 and 1402 gene rrs. Some selected isolates were sequenced.ResultsIn PCR-RFLP method، among the 70 strains examined by BstFNI enzyme، could detect 17 mutant strains among 24 phenotypicaly resistant and 44 non-mutant isolates from 46 susceptible isolates. The sensitivity of this method was %70. 83 and specificity was %95. 65 on the other hand، 12 mutant from 20 resistant strains and 29 non-mutant strains from 32 susceptible strains were detected by AjiI enzyme. The sensitivity and specificity of this method was 60 and %90. 62، respectively. In MAS PCR، 3 mutants from 6 resistant strains and 12 non-mutants from 17 resistant strains were detected. The sensitivity of this method was 50 and specificity was 70. 58. Results of sequencing method confirmed the results of molecular methods. Discussion andConclusionPCR-RFLP method by BstFNI enzyme was the best method for rapid detection of Mycobacterium tuberculosis resistant to second-line injectable drugs and was recommended for routine use.Keywords: Mycobacterium Tuberculosis, Kanamycin, Amikacin, resistance, PCR, RFLP
-
Pages 29-40IntroductionHeat shock proteins (HSPs) inhibit production of pro- inflammatory cytokines. Carbenoxolone is regarded to induce the production of HSPs. The aim of this study was the evaluation of the effect of Carbenoxolone in reduction of the severity of systemic inflammation induced by LPS in a murine model.Materials And Methods%80 lethal dose of LPS was determined in balb/C mice، also appropriate dose of drug for efficient reduction in mortality was determined. LPS+D-GalN with drug were injected to different groups، in different times، after 24 hours the mortality rate was calculated and the severity of necrosis measured in the kidney and livers of the survived mice. After 3 hours serum samples were collected and the concentrations of TNF-α were measured in each group.ResultsAdministration of Carbenoxolone with LPS reduced the lethality rate from 80 to %20. The severity of necrosis in the liver and kidney of drug administrated groups decreased significantly in comparison with the positive control group. The concentration of TNF-α in mice received LPS increased significantly in comparison with the control group (P=0. 032)، but in drug received groups no significant differences were seen with respect to the control. Discussion andConclusionCarbenoxolone significantly reduced the severity and damage due to endotoxic shock.Keywords: LPS, Carbenoxolone disodium salt, TNF, α, Inflammation
-
Pages 41-52Introductionthe use of lactic acid bacteria in fermented dairy products due to their effects participation in flavor، texture and most probiotic properties goes back to centuries ago. Optimal amount of lactic starter culture in the production of lactic acid in the production of cheese and yogurt are used.Materials And MethodsIsolation of Lactobacillus in MRS medium from various samples was performed. Then، The variation of different characteristics in terms of the ability of Lactobacilli to produce CO2 from glucose، the ability to grow at pH 2. 5 to 8. 5، different concentration of NaCl، 1. 5 to 10. 0 (percent w / v) and temperatures of 15 ° c، 45° c، the ability to move، indole and H2S production were also studied. The production of lactic acid was assayed in skim milk by titration with %1 NaOH. L-lactate isomer was investigated using UK Randox kit.ResultsIn this study، from 30 samples of different indigenous yoghurt and cheese 43 gram-positive، catalase-negative، oxidase negative lactobacilli were isolated. All isolates were resistant to pH 2. 5 and 30 and %69 of the isolated were sensitive to 7. 5 and %10 concentration of salt respectively. Most of lactic acid production with % 1. 8 and L-lactate 6. 8 g/l were consididered for one isolated. This isolated bacillus based on biochemical tests was identified as Lactobacillus acidophilus. Discussion andConclusionThe amount of lactic acid production at temperature 37°C was found to be higher than the temperature 25°C criteria that were statistically significant at %1 level. The optimal production of lactic acid in the native isolates and tolerance to appropriate pH and salt tolerance، these properties and studies are provided complementary knowledge to be used in the food industry.Keywords: Isolation, Lactic acid bacteria, Lactic acid measurement, Dairy products
-
Pages 53-60IntroductionInfertility and abortion can lead to major economic losses. Staphylococcus aureus can cause infertility and abortion. Considering the importance of what was mentioned، present study was conducted to detect S. aureus in bovine infertility and abortion from Shahrekord، Iran.Materials And MethodsVaginal discharge from 90 cows with endometritis and 26 aborted cows were investigated to detec S. aureus. Samples were streaked on to Mannitol salt agar plates and incubated at 37°C for 48 hours. Suspected colonies were evaluated to detect S. aureus by biochemical and polymerase chain reaction (PCR) methods.ResultsS. aureus was isolated from %5. 5 (5 out of 90) of bovine endometritis and %7. 7 (2 out of 26) of aborted cows. Discussion andConclusionThe study showed that S. aureus might play a role in bovine infertility and abortion in Shahrekord، but S. aureus could not be considered as the major cause of bovine infertility and abortion in the region.Keywords: S. aureus, Endometritis, Abortion
-
Pages 61-70IntroductionOwing to the serious environmental problems which have occurred due to the increasing amount of toxic petroleum hydrocarbons in the environment، bioremediation of these compounds by microorganisms seems to be necessary. Among these، toluene is a common pollutant in petrochemical industry and a serious cause for concern due to its adverse health effects and carcinogenic potential.Materials And MethodsIn this study، to isolate toluene-degrading bacteria، contaminated seawater and wastewater samples were collected from the Caspian Sea، the Persian Gulf and municipal wastewater. The best toluene-degrading bacterial strain was biochemically and molecularly characterized and its 16S rDNA sequence was submitted as Bacterium Ex-DG74 (accession no. HQ414235) in NCBI. Then، toluene removal rate، cytochrome P450 enzymatic activity، and growth rate of the isolate on oil and petrochemical contaminants were determined.ResultsAfter enrichment procedures in toluene-containing medium، about twenty toluene-degrading bacteria were isolated. Among them، a newly isolated strain from wastewater exhibited great ability to utilize toluene as the sole source of carbon and energy. According to the results obtained by spectrophotometer and gas chromatograph، Bacterium Ex-DG74 showed a significant tolerance to organic solvent as it could grow in the medium containing %25 (v/v) toluene and also degraded over 70 of %1 (v/v) toluene as the sole source of carbon and energy. Moreover، this bacterium could grow on different toxic oil and petrochemical compounds. Discussion andConclusionThe results of the present study indicated that cytochrome P450 enzymatic activity can have essential role on biodegradation of different pollutants by Bacterium Ex-DG74. Thus، we suggest this bacterium as a potential biological agent for in situ bioremediation of hydrocarbon-polluted environments.Keywords: Bioremediation, Cytochrome P450, Petrochemical wastewater, Toluene