علامه طباطبائی از نظر عرفان عملی و علمی (نظری) در درجه بسیار ممتازی قرار دارد. وی کتابهای تمهید القواعد ابن ترکه، فتوحات مکیه محی الدین عربی و شرح فصوص الحکم قیصری را به دقت خوانده و هضم نموده است. علاوه بر این زیر نظر استاد بزرگی مانند حاج میرزا علی قاضی به سیرو سلوک پرداخته بودند. با این حال علامه کتاب خاصی در مورد عرفان ندارد اما رساله ای باعنوان ((لب اللباب)) که در آداب سیر و سلوک است از طرف یکی از شاگردان ایشان تدوین و چاپ شده است. این کتاب حاوی مضمون آراء و تعلیمات ایشان می باشد. علاوه بر این علامه طباطبائی در جای جای آثار متعدد خود با جمال یا به تفصیل مباحث عرفانی را مطرح نموده است.