با تشکیل ستادهایی در وزارت علوم انجام می گیرد: ارزیابی کیفیت دانشگاه های غیرانتفاعی، علمی کاربردی، آزاد و پیام نور. سه ستاد در وزارت علوم موظف به ارزیابی و نظارت کیفیت دانشگاه های غیر انتفاعی و علمی کاربردی، دانشگاه آزاد اسلامی، دانشگاه پیام نور و دانشگاه های وابسته به دستگاه های اجرایی می شوند. این گروه ها کار ستادی می کنند و هیات های نظارت در استان ها فعال می شوند. دکتر حسن خالقی در گفتگو با مهر اضافه کرد: با توجه به اهمیت نظارت و ارزیابی آموزشی عالی و دانشگاه ها، طراحی آئین نامه الگوی پیشنهادی برای نظارت بر موسسات و دانشگاه ها صورت گرفته و عده ای نیز برای امر نظارت در نظر گرفته شده اند. کلیات این آئین نامه در شورای معاونان وزارت علوم نیز به تصویب رسیده است. وی اضافه کرد: در شرایطی که بیش از 150 موسسه آموزشی غیر انتفاعی در کشور فعالیت می کنند و 50 موسسه دیگر نیز به این سیستم آموزش عالی اضافه می شود نظارت توسط وزارت علوم به تنهایی میسر نیست. بنابراین تصمیم گرفته شد که دانشگاه های مادر در هر استانی نظارت بر دانشگاه ها را بر عهده داشته باشند. وی اضافه کرد: در هر استانی باید تشکیلات نظارتی وزارت علوم وجود داشته باشد تا دانشگاه مادر استان این نظارت را بر عهده گیرد. البته ستاد مرکزی در تهران تشکیل خواهد شد و چندین گروه و کمیته کار ارزیابی و نظارت را بر عهده خواهند داشت. خالقی تاکید کرد: تاکنون این گونه نبوده که نظارتی انجام نشود اما نظارت بدون عملیاتی شدن انجام شده است. شورای نظارت بر کیفیت ارزیابی دانشگاه ها که ریاست آن به عهده وزیر علوم خواهد بود در آینده این وضعیت را سامان خواهد بخشید.