ساختار بودجه ریزی در ایران دارای مشکلات و ایرادات اساسی است. بسیاری از کارشناسان روند تهیه، تدوین، تصویب و اجرای آن را بسیار طولانی می دانند.فرآیندی که در پس هر کدام از آن ها، باید شاهد تغییراتی اساسی در مبنای اولیه آن بود. سرانجام آن چه که از این روند و پس از تصویب بیرون می آید، آن چیزی نیست که کارشناسان پس از ماه ها بررسی کارشناسی آن را نوشته بودند.عده ای دیگر نیز این نوع بودجه بندی را مناسب کشور نمی دانند و سرانجام بودجه بندی بر مبنای صفر را پیشنهاد کردند.بودجه ریزی بر مبنای صفر با واقع بینی بیش تری نسبت به آن گروه از عملیات و فعالیت های دستگاه های اجرایی که می توانند جابه جا شده و نتایج