رئیس سازمان میراث فرهنگی وگردشگری که در مرداد ماه سال 1384 کار خود را در این سازمان آغاز کرد می توانست در پرونده کلیساها نقش به سزایی را ایفا کند، اما او معتقد است در زمان گرفتن مسئولیت سازمان، پرونده هنوز آماده نبود و در نتیجه آن موقع ارسال نشد. اسفندیار رحیم مشایی درباره این موضوع به روزهای ورود خود به سازمان میراث فرهنگی و گردشگری اشاره کرد و به ایسنا گفت: با ورود من در مرداد ماه و شروع کار و روی غلتک افتادن کارها در شهریور ماه، زمان ارائه پرونده برای بررسی نواقص و اعلام آن ها به منظور رفع آن نواقص رسید که چون پرونده هنوز آماده نبود در آن موقع ارسال نشد. وی با اشاره به زمان ارسال پرونده در بهمن ماه افزود: در آخرین ثانیه ها به زور پرونده به یونسکو فرستاده شد. ولی به دلیل نداشتن کارکارشناسی و انجام نشدن کار مطالعاتی درست و مناسب روی پرونده، آن گونه که باید منحصر به فرد نشد. او با دارای ارزش خواندن پرونده ای که منحصر به فرد است، اظهار کرد: چون این پرونده منحصر به فرد نبود مورد قبول واقع نشد و رد شد. رئیس سازمان میراث فرهنگی و گردشگری تاکید کرد: زمانی که یک اثر جهانی ثبت می شود باید برای حفاظت آن تضمین داد، در نتیجه باید مجموعه مطالعات تاریخی و اقلیمی روی این پرونده انجام می شد اما این پرونده عظیم در مدت دو ماه کامل نمی شد. وی با اشاره به بحث هایی که درباره پرونده قره کلیسا مبنی بر ارزش جهانی نشدن وجود دارد، گفت: پرونده کلیساها در حال حاضر به گونه ای تکمیل و به یونسکو فرستاده شده است. هرچند در زمان رد شدن، سه اثر را در خود جای داده بود، ولی اکنون دارای 12 اثر است و به جز قره کلیسا، مجموعه یازده عبادتگاه مسیحی را نیز در بر می گیرد.