اگر پارادایم را به عنوان معرفت و ساختار مناسب با هم تعریف کنیم، آنگاه می بایست برای دانشگاه های اسلامی به عنوان یک سازمان آموزش و پژوهش نیز یک معرفت و ساختار متناسب با هم تعریف کرد که اولا: دانش و معرفت و شناخت اسلامی آن حاکم شود و ثانیا: ساختار آن برطبق این دانش شکل بگیرد چرا که در غیر این صورت بحران دامن این دانشگاه ها را خواهد گرفت که به نظر می رسد در حال حاضر چنین بحرانی به وقوع پیوسته باشد. پارادایم معرفتی حاکم بر این دانشگاه ها از نظر محتوایی معقولاتی ثانویه فلسفی است و این معقولات چه ثانویه فلسفی و خودی وعینی (مثل فلسفه مصطلح اسلامی) و چه اعتباری (مثل اصول فقه) همه و همه معنابخش معرفتی