در دوره حاکمیت دوگانه عملا ارتش از چند ضعف اساسی رنج می برد، اولا صدای مذهبی انقلاب، اغلب خانواده های ارتش را به خود مجذوب کرده بود. قره باغی رئیس ستاد مشترک می گوید: «مساله اینجا است که اینها غانقلابیونف از راه مذهب وارد شدند در نیروهای مسلح خب، نیروهای مسلح ما مثل اکثریت شیعه بودند، مسلمان بودند، اعتقاد داشتند، پدر مادرهاشون معتقد بودند، یعنی وقتی که - فرض بفرمایید در ده - آخوند ده جمع می کرد، باهاشون صحبت می کرد، پدر و مادر تحت تاثیر قرار می گرفت. مادر نامه می نوشت که پسرم من شیرم را به تو حلال نمی کنم، اینا تمام گزارشاتی بود که اون زمان به ما می رسید، در داخل غالب خانواده ها جنگ و جدال بود،