به نظر می رسد تعدد مراکز و سازمان های ثبت و نظارت بر سازمان های مردم نهاد اصلی ترین چالش حقوقی و مانعی بزرگ در رشد کیفی آنهاست.

برای مثال در حوزه افراد دارای معلولیت افزون بر وزارت کشور که قاعدتا باید نهاد اصلی ثبت سازمان های مردم نهاد باشد؛ سازمان بهزیستی نیز مدعی اعمال نظارت است. کار به جایی رسیده که بهزیستی سازمان های مردم نهاد ثبت شده در وزارت کشور را هم ردیف سازمان هایی که خود به ثبت آنها اقدام کرده نشناخته و هنگام توزیع امکانات این تفاوت را لحاظ می کند.

به عنوان تجربه شخصی هنگام بحث درباره لایحه بازنگری قانون جامع حمایت از حقوق معلولان در وزارت تعاون، کار ورفاه اجتماعی که خوشبختانه کارشناسانه و دقیق هم به پایان رسید و تقدیم دولت شد وجای امید است وزیر جدید نیز پیگیر طرح آن در کمیسیون اصلی و تقدیم به مجلس شود؛ نماینده بهزیستی چنان سخن گفت انگار در آن سازمان هیچ مرکز مردم نهادی رسمیت ندارد یا نباید داشته باشد، مگر آنکه در بهزیستی ثبت شود. دولت جدید باید با کنار گذاشتن نگاه ناظر به رشد کمی سازمان های مردم نهاد و یکسان سازی مقررات ناظر به ثبت و نظارت بر آنها، موجبات زدودن پراکندگی نهادهای ناظر را فراهم کند.

افزون بر یکنواخت سازی، تدقیق قانون موجب خواهد شد سازمان هایی به واقع مردم نهاد شناخته شود که ارکان تصمیم گیری در آنها مانند هیات مدیره وغیره انتخابی بوده واز سوی اعضا برگزیده شوند. آفت بزرگ سازمان های مردم نهاد که در دولت های نهم ودهم به آن دامن زده شد، افزون بر پراکندگی نهادهای نظارتی آن است.

در این دوره تشکیل سازمان هایی که با هیات امنای ثابت ودائم اداره می شوند نه تنها تشویق شد، بلکه مورد حمایت نیز قرار گرفت. اما وابسته بودن سازمان های مردم نهاد به ویژه از جهت مالی به دولت آفتی است اجتماعی وفرهنگی که بحث خاص خود را می طلبد.