دکتر محمدعلی نجفی، سرپرست وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در پیامی از تلاش های مجدانه و فداکارانه دکترمحمود نیلی احمد آبادی در راه خدمت به خلق و اعتلای میهن اسلامی تشکر و قدردانی کرد. متن پیام دکتر نجفی بدین شرح است: پذیرش امر خطیر معرفی به عنوان وزیر پیشنهادی به مجلس شورای اسلامی، در این مقطع از تاریخ آموزش عالی، استمرار ایثارگری های حضرت عالی در راه خدمت به خلق و اعتلای میهن اسلامی مان بود و نشان از حسن اعتماد ریاست محترم جمهور به شخص شما به عنوان دانشمندی والاو مدیری توانا دارد. اینک که تقدیر الهی بر این قرار گرفته است که کماکان در سنگر دانشگاه تهران که نماد آموزش عالی در ایران است، به مجاهدت دلسوزانه خود ادامه دهید بر خود فرض می دانم یک بار دیگر از تلاش های مجدانه و فداکارانه شما سپاسگزاری کرده و از درگاه احدیت برای جناب عالی توفیق و تایید مسالت کنم.