در دوران مسئولیت دکتر لاریجانی در پرونده هسته ای، سازمان اطلاعات مرکزی امریکا (سیا) ادعاهایی مبنی بر وجود اسنادی دال بر اینکه ایران برنامه ساخت سلاح هسته ای داشته را نزد البرادعی، مدیرکل وقت آژانس پیگیری کرد. البرادعی اسناد مورد ادعا را مطالبه کرد اما سازمان سیا مدعی بدون ارائه هرگونه سندی، صرفا موارد را شفاهی به اطلاع آژانس رساند. این سناریو درست در مقطعی مطرح شد که پیشرفت های اساسی برای حل ابهامات آژانس به دست آمده بود و پرونده هسته ای ایران در مسیر بسته شدن قرار گرفته بود. آژانس و ایران توانسته بودند با یک همکاری فوق العاده موضوعات کلیدی همچون: ابهامات مربوط به غنی سازی سطح پایین و بالا،