بحث وحدت حوزه و دانشگاه را اغلب ذیل عنوان «نسبت علم و دین» تعریف می کنند، این در حالی است که منازعه بین علم و دین موضوعی است که تنها در غرب موضوعیت داشته و برخی از ما به تقلید از غرب علم و دین را در ایران مطرح کرده ایم. اسلام با علم نه تنها منافاتی ندارد بلکه تاکیدش بر علم است و «هرگز آنان که دانایند با آنان که نادانند یکسان نیستند.» اما در غرب مسیحیت با دانش و اندیشه مخالف بود. لذا، در جامعه ما، نه فیزیک جدید، نه شیمی جدید و نه کیهان شناسی جدید با مشکل مواجه نشد. کار دانش یک چیز است و کار دین چیز دیگری است و هر دو در کنار هم به شکلی یکسان در بهتر زندگی کردن به انسان امروز کمک می کنند.