نام روستای مالوجه در گویش محلی «مالجا» تلفظ می شود و بر گرفته از کلمه «مالچای» که به معنای رودخانه، ثروت و دارایی است، اما به مرور زمان به نام رسمی مالوجه تغییر پیدا کرده است.

در این بین برخی بر این باورند که نام روستا به معنی مال و جاه یا مال و مقام است. گروهی دیگر ادعا می کنند برای درخواست کمک جلال الدین خوارزمشاه بعد از حمله مغولان یا سیدجلال الدین از نوادگان امام صادق(ع) مردم مالوجه، هم مال دادند و هم جان.

از نظر ادبیات و فرهنگ ترکی «مالجا» ترکیبی از مال است به معنای دولت و ثروت و جاه(جه) که پسوند ظرف مکان است.

درباره تاریخچه و قدمت روستا نیز نظر و دیدگاه های مختلفی وجود دارد. عده ای باور دارند قدمت روستا 800 سال است و دلیل آنها وجود قبرهای زرتشتیان در مالوجه است.

برخی نیز معتقدند قدمت روستا 600 سال است و دلیل آنها وجود تاریخ های حک شده روی سنگ قبرهای قدیمی در دو قبرستان قدیمی روستاست که روی آن تاریخ 909 و960 هجری قمری به زبان عربی حک شده است. اما بتازگی اشیای تاریخی (سرنیزه و انگشتر منقش به مهر) در روستای مالوجه کشف شده که کارشناسان میراث فرهنگی، قدمت آن را به هزاره اول قبل از میلاد نسبت می دهند. به این ترتیب قدمت روستا را باید حدود 3000 سال دانست.