سازمان های مناطق آزاد تجاری – صنعتی بر اساس قانون چگونگی اداره مناطق آزاد که در سال 1372 به تصویب رسیده است، اداره می شوند؛ همان قانونی که در بند الف ماده 65 قانون احکام دائمی برنامه های توسعه کشور مورد تایید و تاکید قرار گرفته، قانونی که اعلام می کند مناطق آزاد باید منحصرا بر اساس قانون چگونگی اداره مناطق آزاد اداره شوند.

با توجه به محدودیت جغرافیایی محدوده مناطق آزاد، طبیعتا مقدار زمین موجود جهت واگذاری به سرمایه گذاران، محدود است بنابراین از یک سو، زمین سرمایه برگشت ناپذیر مناطق آزاد است و حفظ آن در برابر سودجویان ضروری است و از سویی دیگر و در نقطه مقابل آن، واگذاری زمین به سرمایه گذاران واقعی از اهمیت بسزایی برخوردار است و می توان گفت که هر دو موضوع، دو کفه یک ترازو به شمار می آیند، ترازویی که لازم است همواره تراز باشد.